Két ugyanazon gerincű, de különböző oldalsó csoportokkal rendelkező peptiddendrimerek szerkezetének és lokális dinamikájának összehasonlítása távtartóikban

A Lys-2Lys (a) és a Lys-2Gly (b) dendrimerek kémiai szerkezete. Mindkét dendrimer magját zöld szín, a gerincét fekete szín, a végső lizint pedig piros szín jelöli. A két dendrimer közötti különbség a Lys-2Lys dendrimer lila színnel jelölt oldalsó szegmensei.

Az Rg (t) átlagos négyzet alakú girációs sugár időbeli alakulása a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimereknél T = 310 K hőmérsékleten.

Dendrimerek pillanatképei Rg minimális értékénél: (a) Lys-2Lys (69,7 ns-nál, lásd a 2. ábra a) és (b) Lys-2Gly (155,4 ns-nél, lásd a 2. b ábrát), és maximális Rg-nél: (c) Lys-2Lys (137,3 ns-nál, lásd a 2. ábra a) és (d) Lys-2Gly (78,1 ns-nél, lásd a 2. b ábrát) T = 310 K hőmérsékleten.

Az autokorrelációs függvények (ACF-ek): az R g forgási sugár négyzetének normalizált ACF CR g 2 (t) és az orientált ACF P 1 rot (t) T = 310 K-nál (a) Lys-2Lys és (b) ) Lys-2Gly.

a) az átlagos négyzet alakú girációs sugár Rg a hőmérséklet függvényében; b) a d távolságtartó d hosszának eloszlása ​​g (d) a dendrimerek szomszédos elágazási pontjai között mindkét dendrimer átlagos testhőmérsékletén.

a) az alak anizotropia α és (b) a Kirkwood-i hidrodinamikai sugár jellegzetes aránya az R h/R g girációs sugárhoz közelítve; két elméleti határt ábrázol a grafikon: a Gauss-tekercset és a merev gömböt.

A sűrűség radiális eloszlásfüggvénye a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimerek számára különböző hőmérsékleteken.

Az N atomok számának radiális eloszlása ​​az NH3 + terminális csoportokban az (a) Lys-2Lys dendrimer és (b) Lys-2Gly dendrimer esetében.

Az a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimereknél a belső hőmérsékleten lévő hidrogénkötések számának eloszlási függvénye különböző hőmérsékleteken.

A Cl - -N + ionpárok radiális eloszlásának függvénye különböző hőmérsékleteken lizin alapú dendrimereknél (a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly.

(A) a q (r) teljes töltés, (b) a Q (r) kumulatív töltés és (c) T = 310 K elektrosztatikus potenciál sugárirányú eloszlása ​​mindkét dendrimernél. (d) A relatív effektív töltés Q */Q b a r e a hőmérséklet függvényében a Lys-2Lys és a Lys-2Gly dendrimereknél.

Az (a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimerek szerkezete. A piros körök mutatják a CH-elágazási pontokat a mag, a belső és a terminális szegmensben. A belső és a terminális CH2 csoportokat kék, illetve bíbor színnel jelöltük. A Lys-2Lys-ben a zölden jelölt 2Lys távtartók oldalsó szakaszain CH2 csoportok találhatók. A Lys-2Gly-ben CH2 csoportok vannak minden egyes behelyezett 2Gly távtartóban, amelyet világoskék jelöl. HH vektort (rH H) mutatunk be egy CH2 csoportra.

A P 2 r o t és P 1 r o t 3 autokorrelációs függvények az a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimerek mag-vég vektorához.

P2 (t) időfüggései az (a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly terminális CH2 csoportok, a (c) Lys-2Lys és (d) Lys-2Gly belső CH2 csoportja esetében, (e) a Lys-2Lys oldalsó CH 2 csoportjára és (f) a Lys-2Gly belső-Gly CH 2 csoportjaira.

Az 1/T 1 H frekvenciafüggései az (a) terminális + oldalsó CH 2 csoportok érzékenységi ábrázolásában a Lys-2Lys-ben, (b) a terminális CH 2 csoportok a Lys-2Lys Lys-2Gly csoportban, a belső CH 2 csoportok a (c) pontban Lys-2Lys és (d) Lys-2Gly, valamint a mag-vég vektor az (e) Lys-2Lys és (f) Lys-2Gly vektorokban. A függőleges vonal azt a frekvenciát jelöli (ω H/2 π = 400 MHz), amely megfelel a [63] -ban használt spektrométernek.

A Lys-2Gly belső Gly CH2 csoportjainak 1/T 1 H frekvenciafüggőségei. A függőleges vonal megfelel a [63] -ban használt spektrométer ω H/2 π = 400 MHz frekvenciájának.

A spin-rács 1H NMR relaxációs sebessége 1/T 1 H rögzített frekvencián ω H/2 π = 400 MHz az inverz hőmérséklet 1000/T függvényében (a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimereknél MD szimuláció alapján számítva. A kísérleti pontokat [63] a grafikon is ábrázolja.

Absztrakt

szerkezetének

A Lys-2Lys (a) és a Lys-2Gly (b) dendrimerek kémiai szerkezete. Mindkét dendrimer magját zöld szín, a gerincét fekete szín, a végső lizint pedig piros szín jelöli. A két dendrimer közötti különbség a Lys-2Lys dendrimer lila színnel jelölt oldalsó szegmensei.

Az Rg (t) átlagos négyzet alakú girációs sugár időbeli alakulása a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimereknél T = 310 K hőmérsékleten.

Dendrimerek pillanatképei Rg minimális értékénél: (a) Lys-2Lys (69,7 ns-nál, lásd a 2. ábra a) és (b) Lys-2Gly (155,4 ns-nél, lásd a 2. b ábrát), és maximális Rg-nél: (c) Lys-2Lys (137,3 ns-nál, lásd a 2. ábra a) és (d) Lys-2Gly (78,1 ns-nél, lásd a 2. b ábrát) T = 310 K hőmérsékleten.

Az autokorrelációs függvények (ACF-ek): az R g forgási sugár négyzetének normalizált ACF CR g 2 (t) és az orientált ACF P 1 rot (t) T = 310 K-nál (a) Lys-2Lys és (b) ) Lys-2Gly.

a) az átlagos négyzet alakú girációs sugár Rg a hőmérséklet függvényében; b) a d távolságtartó d hosszának eloszlása ​​g (d) a dendrimerek szomszédos elágazási pontjai között mindkét dendrimer átlagos testhőmérsékletén.

a) az alak anizotropia α és (b) a Kirkwood-i hidrodinamikai sugár jellegzetes aránya az R h/R g girációs sugárhoz közelítve; két elméleti határt ábrázol a grafikon: a Gauss-tekercset és a merev gömböt.

A sűrűség radiális eloszlásfüggvénye az a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimerek számára különböző hőmérsékleteken.

Az N atomok számának radiális eloszlása ​​az NH3 + terminális csoportokban az (a) Lys-2Lys dendrimer és (b) Lys-2Gly dendrimer esetében.

Az a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimereknél a belső hőmérsékleten lévő hidrogénkötések számának eloszlási függvénye különböző hőmérsékleteken.

A Cl - -N + ionpárok radiális eloszlásának függvénye különböző hőmérsékleteken lizin alapú dendrimereknél (a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly.

(A) a q (r) teljes töltés, (b) a Q (r) kumulatív töltés és (c) T = 310 K elektrosztatikus potenciál sugárirányú eloszlása ​​mindkét dendrimernél. (d) A relatív effektív töltés Q */Q b a r e a hőmérséklet függvényében a Lys-2Lys és a Lys-2Gly dendrimereknél.

Az (a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimerek szerkezete. A piros körök mutatják a CH-elágazási pontokat a mag, a belső és a terminális szegmensben. A belső és a terminális CH2 csoportokat kék, illetve bíbor színnel jelöltük. A Lys-2Lys-ben a zölden jelölt 2Lys távtartók oldalsó szakaszain CH2 csoportok találhatók. A Lys-2Gly-ben CH2 csoportok vannak minden egyes behelyezett 2Gly távtartóban, amelyet világoskék jelöl. HH vektort (rH H) mutatunk be egy CH2 csoportra.

A P 2 r o t és P 1 r o t 3 autokorrelációs függvények az a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimerek mag-vég vektorához.

P2 (t) időfüggései az (a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly terminális CH2 csoportok, a (c) Lys-2Lys és (d) Lys-2Gly belső CH2 csoportja esetében, (e) a Lys-2Lys oldalsó CH 2 csoportjához és (f) a Lys-2Gly belső-Gly CH 2 csoportjaihoz.

Az 1/T 1 H frekvenciafüggései az (a) terminális + oldalsó CH 2 csoportok érzékenységi ábrázolásában Lys-2Lys-ben, (b) terminális CH 2 csoportok a Lys-2Lys Lys-2Gly csoportban, belső CH 2 csoportok a (c) pontban Lys-2Lys és (d) Lys-2Gly, valamint a mag-vég vektor az (e) Lys-2Lys és (f) Lys-2Gly vektorokban. A függőleges vonal azt a frekvenciát jelöli (ω H/2 π = 400 MHz), amely megfelel a [63] -ban használt spektrométernek.

A Lys-2Gly belső Gly CH2 csoportjainak 1/T 1 H frekvenciafüggőségei. A függőleges vonal megfelel a [63] -ban használt spektrométer ω H/2 π = 400 MHz frekvenciájának.

A spin-rács 1H NMR relaxációs sebessége 1/T 1 H rögzített frekvencián ω H/2 π = 400 MHz az inverz hőmérséklet 1000/T függvényében (a) Lys-2Lys és (b) Lys-2Gly dendrimereknél MD szimuláció alapján számítva. A kísérleti pontokat [63] a grafikon is ábrázolja.