Az Egyesült Államokból és Kanadából származó sertés C csoportú rotavírus VP7 szekvenciák azonosítása, filogenetikai elemzése és osztályozása

Fénypontok

RVC törzseket a sertés széklet- vagy bélmintáinak 46% -ában találtak.

szekvenciájának

A sertés RVC-t az RVA és RVB negatív minták 34% -ában azonosítottuk.

<3 napos sertéseknél az RVC pozitív minták 78% -a negatív volt RVA és RVB szempontjából.

RVC kimutatás sertés tüdőszövetben RT-PCR-rel.

A felülvizsgált RVC VP7 besorolás, 85% -os nukleotid-levágással, 9 G genotípusokat eredményez.

Absztrakt

A rotavírus C (RVC) a sertéseknél a gasztroenteritis fő oka. 2009 decembere és 2011 októbere között 7520 sertésmintát elemeztek az USA-ban és Kanadában található állományokból. A vizsgált minták 46% -ában RVC RNS-t detektáltunk. Nagyon fiatal sertésekben (≤3 naposak) és fiatal malacokban (4–20 naposak) 78%, illetve 65% -ban az RVC pozitív minták negatívak voltak az RVA és az RVB szempontjából. RVC RNS-t a tesztelt tüdőszövetek 10% -ában is kimutattak. Ezenkívül megvizsgáltuk a sertés RVC molekuláris diverzitását 65 minta VP7 génszegmensének szekvenálásával, 70 VP7 génszekvenciát eredményezve. Páros azonosság-gyakorisági profilok és filogenetikai elemzések alapján 85% -os nukleotid-osztályozási küszöbértéket számítottunk ki a tanulmányban létrehozott új szekvenciaadatok (n = 70) és korábban publikált RVC VP7-szekvenciák (n = 82) felhasználásával, amelyek 9 VP7 RVC genotípus azonosítása, G1-G9.

Előző kiadott cikk Következő kiadott cikk