Ami Bhatt

Orvostudomány (hematológia) és genetika adjunktus

Orvostudomány - Hematológia

Weboldal: http://bhattlab.com

Örök félelmében, hogy az „egyszerű” mikrobiális organizmusok miként képesek megzavarni a komplex, többsejtű eukarióta organizmusokat, Ami Bhatt úgy döntött, hogy kutatási programját a mikroba és az ember közötti interfész vizsgálatára, jellemzésére és boncolására fordítja. A gazdasejtek és a mikrobák közötti interakció sehol sincs potenciálisan hatásosabb, mint immunhiányos gazdanövényekben és globális körülmények között, ahol a fertőző és környezeti expozíció drasztikus és néha végzetes egészségügyi következményekkel jár.

bhatt

Ami csoportja azonosítja a rutin klinikai ellátás során felmerülő problémákat és kérdéseket. Gyakran a stanfordi és azon kívüli kutatókkal együttműködve a csoport modern genetikai, molekuláris és számítási technikákat alkalmaz, hogy válaszokat keressen ezekre a kérdésekre, jobban megértse a gazda-mikroba kölcsönhatásokat, és megfejtje, hogy ezeknek az interakcióknak a zavarása hogyan eredményezheti az emberi betegség fenotípusait.

Klinikai fókusz

Akadémiai kinevezések

Adminisztratív kinevezések

Elismerések és díjak

Testületek, tanácsadó bizottságok, szakmai szervezetek

Szakmai oktatás

Közösségi és nemzetközi munka

Téma

A rákos eredmények javítása elszegényedett körülmények között

Szolgáltatott népességek

Rákos betegek korlátozott erőforrásokkal

Elhelyezkedés

Folyamatban lévő projekt

A hallgatók bevonásának lehetőségei

Kapcsolatba lépni

További információ

Linkek

Jelenlegi kutatások és tudományos érdeklődés

Laboratóriumunk kimerítően kívánja jellemezni a nem fertőző betegségekben (rák, kardiometabolikus betegség) szenvedő betegek mikrobiomjának dinamikáját, és feltárja, hogy a mikrobióm változásai hogyan kapcsolódnak a klinikai eredményekhez ebben a populációban.

Laboratóriumunk céljai és célkitűzései:
a) Arra törekszünk, hogy jobban megértsük, mit csinálnak a mikrobiális gének, és hogyan szabályozzák ezeket a géneket
b) Reméljük, megértjük, hogy a mikrobiom elmozdulása összefügg-e az emberi betegség fenotípusaival.
c) Ha a mikrobiom változásai összefüggenek az emberi betegség fenotípusaival, dolgozzon ki módszereket a mikrobióm összetételének módosítására, vagy célozza meg a specifikus mikrobiális géntermékeket e betegség fenotípusainak enyhítése reményében.

Klinikai vizsgálatok

  • A Peginterferon Lambda-1a egyetlen dózisának egyszeres vak vizsgálata a placebóval összehasonlítva enyhe COVID-19 toborzó járóbetegekben

180 ug Peginterferon Lambda-1a szubkután injekció egyszeri dózisának hatékonyságának értékelése a placebóval összehasonlítva a komplikáció nélküli COVID-19 betegségben szenvedő betegeknél a SARS-CoV-2 vírus vírusos leadásának időtartamának csökkentésében.

1703: A vizsgálatot randomizált, III. Fázisú, multicentrikus vizsgálatként tervezték, amely két akut graft-versus-host betegség (aGVHD) profilaxist hasonlított össze: takrolimusz/metotrexát (Tac/MTX) és transzplantáció utáni ciklofoszfamid/takrolimusz/mikofenolát mofetil (PTCy)./Tac/MMF) csökkent intenzitású kondicionáló (RIC) allogén perifériás vér őssejt (PBSC) transzplantáció hátterében. 1801: Ennek a protokollnak az a célja, hogy tesztelje azt az elsődleges hipotézist, miszerint a beültetett széklet mikrobioma diverzitása egyéves nem relapszus mortalitást jósol a csökkent intenzitású allogén HCT-ben szenvedő betegeknél.

Ez a kísérleti I. fázisú vizsgálat a fruktooligoszacharidok mellékhatásait és a legjobb dózist tanulmányozza véradóban szenvedő betegek kezelésében, akik donor őssejt-átültetésen esnek át. Előfordul, hogy a donorból átültetett sejtek immunválaszt váltanak ki a szervezet normális sejtjeivel szemben (ún. Graft-versus-host betegség). Az olyan étrend-kiegészítők, mint a fruktooligoszacharidok, csökkenthetik a graft-versus-host betegség előfordulását azokban a vérrákban szenvedő betegeknél, akik donor őssejt-átültetésen esnek át.

Stanford jelenleg nem fogad betegeket erre a vizsgálatra. További információért kérjük, forduljon Courtney Greene-hez (650-723-0387).

A vizsgálat célja az orális favipiravir és a szokásos gondozási kezelés (SOC) hatékonyságának értékelése a placebóval és SOC-val összehasonlítva a SARS-CoV2 vírus elterjedésének időtartamának csökkentésében enyhe vagy tünetmentes COVID-19 betegeknél.

Stanford jelenleg nem fogad betegeket erre a vizsgálatra. További információért vegye fel a kapcsolatot a Tanulmányi Csoporttal, 650-721-5805.

Projektek

A rákellátás, az oktatás és a kutatás fejlesztése korlátozott erőforrásokban a technológiai, tudásmegosztási és kutatási kapacitásépítő nemzetközi együttműködés ösztönzésével (http://globalonc.org).

Elhelyezkedés

Együttműködők

  • Franklin Huang, oktató, orvosi onkológia, Dana-Farber Rák Intézet

További információért:

A húgyhólyag laphámrákos gazdasejtjeinek és parazitáinak genetikai jellemzőinek patogenomikus értékelése Észak- és Nyugat-Afrikában (együttműködés O. Prof. Hammammal és az egyiptomi gízai Bilharz Kutatóintézettel).

Elhelyezkedés

Együttműködők

  • Olfat Hammam, a Bilharz Kutatóintézet professzora

Fejlett molekuláris módszerek és számítási csővezetékek fejlesztése a taxonómiai eloszlás és a biológiai út reprezentációjának megértése érdekében a mikrobák közösségében a hematológiai rosszindulatú daganatok kezelésében részesülő betegeknél.

Elhelyezkedés

Összehasonlító mikrobiális genomikai, mikrobiológiai és genetikai módszerek felhasználásával meghatározzuk a hipervirulencia mechanizmusait specifikus ismert vagy jelölt kórokozókban, mint például a Bacillus cereus és a Bradyrhizobium enterica.

Elhelyezkedés

Együttműködők

  • Chanu Rhee, a massachusettsi általános kórház asszisztense

2020-21 tanfolyamok

  • Haladó szeminárium a mikrobiális molekuláris biológiában
    BIO 346, CSB 346, GENE 346 (Aut, Win, Spr)
  • Genetikai és Fejlődésbiológiai Képzőtábor
    DBIO 200, GENE 200 (automatikus)
  • Gut mikrobiota az egészségügyben és a betegségekben
    BIOE 221G, MI 221 (automatikus)
  • Független tanulmányok (12)
    • Irányított olvasás a genetikában
      GENE 299 (Aut, Win, Spr)
    • Irányított olvasás az orvostudományban
      MED 299 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Korai klinikai tapasztalat az orvostudományban
      MED 280 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Diplomás kutatás
      GENE 399 (Win, Spr, Sum)
    • Diplomás kutatás
      MED 399 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Diplomás kutatás
      MI 399 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Orvosi tudósok kutatása
      GENE 370 (Aut, Win, Spr)
    • Orvosi tudósok kutatása
      MED 370 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Tanszéken kívüli posztgraduális kutatás
      BIO 300X (Aut, Win, Spr)
    • Felügyelt tanulmány
      GENE 260 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Egyetemi kutatás
      GENE 199 (Aut, Win, Spr)
    • Egyetemi kutatás
      MED 199 (Aut, Win, Spr, Sum)
  • Korábbi tanfolyamok

    2019-20 tanfolyamok

    • Haladó szeminárium a mikrobiális molekuláris biológiában
      BIO 346, CSB 346, GENE 346 (Aut, Win, Spr)
    • Genetikai és Fejlődésbiológiai Képzőtábor
      DBIO 200, GENE 200 (automatikus)

    2018-19 tanfolyamok

    • Haladó szeminárium a prokarióta molekuláris biológiáról
      BIO 346, CSB 346, GENE 346 (Aut, Win, Spr)
    • Genetikai és Fejlődésbiológiai Képzőtábor
      DBIO 200, GENE 200 (automatikus)
    • Bél mikrobiota az egészségügyben és a betegségekben
      BIOE 221G, GENE 208, MI 221 (Spr)

    2017-18 tanfolyamok

    Stanford Tanácsadók

    • Med Scholar projekt tanácsadó
      Ryan Brewster
    • Doktori értekezés olvasója (AC)
      Brianna Chrisman, Rebecca Culver, Kyomi Igarashi, Bryan Merrill, Ragini Phansalkar, Aparna Rajpurkar
    • Posztdoktori kar szponzor
      Aravind Natarajan, Yishay Pinto, Patrick West, Soumaya Zlitni
    • Doktori disszertáció tanácsadó (AC)
      Matt Durrant, Brayon Fremin, Dylan Maghini, Ben Siranosian
    • Doktori disszertáció társ-tanácsadója (AC)
      Alvin Han, Ann Lin
    • Posztdoktori kutató mentor
      Aravind Natarajan, Yishay Pinto, Patrick West, Soumaya Zlitni

    Diplomás és ösztöndíj programok

    Minden publikáció

    • Mikrobiomákból származó teljes, zárt baktériumgenom nanopórusos szekvenálással. Természeti biotechnológia Moss, E. L., Maghini, D. G., Bhatt, A. S. 2020

    Absztrakt

    A mikrobiális genomokat össze lehet állítani a rövid olvasmányú szekvenálási adatokból, de ezeknek a metagenómával összeillesztett genomoknak az összeállítási összefüggését az ismétlődő elemek korlátozzák. Az ismétlések genomiális helyzetének helyes hozzárendelése elengedhetetlen a genomszerkezet genomfunkcióra gyakorolt ​​hatásának megértéséhez. Nanopórusos szekvenálást és esztergagép-munkafolyamatunkat alkalmaztuk, amely hosszú leolvasású összeállítást és rövid olvasási hibajavítást foglal magában, hogy zárt baktériumok genomjait összetett mikrobiomákból állítsuk össze. 12 baktériumfaj szintetikus keverékével igazoltuk megközelítésünket. Hét genomot állítottak össze teljesen egy folytatásba, három genomot pedig négy vagy kevesebb folytatásba. Ezután módszereink segítségével 13 emberi székletminta metagenomikai adatait elemeztük. Összegyűjtöttünk 20 kör alakú genomot, köztük a Prevotella copri és a Cibiobacter sp. Annak ellenére, hogy az alternatív szekvenálási és összeszerelési módszerekkel összehasonlítva csökkent a nukleotid pontosság, módszereink javították az összeállítási összefüggést, lehetővé téve az ismétlődő elemek mikrobiális funkcióban és adaptációban betöltött szerepének vizsgálatát.

    Absztrakt

    Nem létezik módszer a tenyésztetlen organizmusokban lévő gének nagymértékű transzlációjának mérésére mikrobiómákban. Ennek a korlátnak a kiküszöbölése érdekében kifejlesztjük a MetaRibo-Seq módszert, amely mikrobiom mintákban tíz-száz szervezet egyidejű riboszómaprofilozására szolgál. A MetaRibo-Seq-et összehasonlítottuk az arany-standard Ribo-Seq-vel egy mikrobiális modell közösségben, és öt különböző emberi székletmintára vittük fel. Az RNS-Seq-vel ellentétben a jósolt gén Ribo-Seq szignálja arra utal, hogy egy transzlált fehérjét kódol. Ennek a technikának két alkalmazását mutatjuk be: Először a MetaRibo-Seq azonosítja azokat a kis géneket, amelyek azonosítása mindeddig kihívást jelent. Például a MetaRibo-Seq 2091 lefordított, korábban nem bejegyzett kis fehérjecsaládot azonosít öt székletmintából, ami több mint kétszerese a kisméretű fehérjék számának, amelyekre ebben a fülkében várhatóan léteznek. Másodszor, az RNS-Seq és a MetaRibo-Seq együttes alkalmazása azonosítja az átiratok transzlációjának különbségeit. Összefoglalva, a MetaRibo-Seq átfogó transzlációs profilalkotást tesz lehetővé a mikrobiomákban, és azonosítja a korábban nem jegyzett kis fehérjéket.

    Absztrakt

    A mobil genetikai elemek (MGE) hozzájárulnak a baktériumok adaptációjához és evolúciójához; a nagy áteresztőképességű, elfogulatlan MGE-detektálás azonban továbbra is kihívást jelent. Leírjuk az MGEfindert, egy bioinformatikai eszköztárat, amely rövid leolvasási szekvenciaadatok felhasználásával azonosítja az integratív MGE-ket és azok beillesztési helyeit. Az MGEfinder azonosítja az egyes MGE inszerciók genomiális helyét, és megállapítja a beillesztett szekvencia azonosságát. MGEfinder-t alkalmazunk 9 elterjedt bakteriális kórokozó, köztük a Mycobacterium tuberculosis, a Staphylococcus aureus és az Escherichia coli, 12 374 szekvenált izolátumára, és több ezer MGE-t azonosítunk, köztük jelölt inszerciós szekvenciákat, konjugatív transzpozonokat és prophág elemeket. Az MGE repertoárja és az inszerciós rátája fajonként változó, és az integrációs helyek gyakran az antibiotikum-rezisztenciával, virulenciával és patogenitással kapcsolatos gének közelében csoportosulnak. Az MGE-inszerciók valószínűleg hozzájárulnak az antibiotikum-rezisztenciához laboratóriumi kísérletek és klinikai izolátumok esetén. Ezenkívül mobilitási gének ezreit azonosítottuk, amelyeknek egy részének ismeretlen funkciója nyitja meg a feltárást. Az MGEfinder jövőbeli alkalmazása kommenzális baktériumokon tovább megvilágítja a baktériumok alkalmazkodását és evolúcióját.

    Absztrakt

    A kis fehérjéket hagyományosan figyelmen kívül hagyják a kimutatásuk számítási és kísérleti nehézségei miatt. A kis fehérjék szisztematikus azonosítása céljából összehasonlító genomikai vizsgálatot végeztünk 1773 emberhez társult metagenómán négy különböző testhelyről. > 4000 konzervált fehérjecsaládot írunk le, amelyek többsége újszerű; Ezen fehérjecsaládok 30% -a várhatóan szekretált vagy transzmembrán. A kis fehérjecsaládok több mint 90% -ának nincs ismert doménje, és csaknem fele nem képviselteti magát a referenciagenomokban. Meghatározzuk a feltételezett háztartási, emlősspecifikus, védekezéssel kapcsolatos és fehérjecsaládokat, amelyek valószínűleg vízszintesen kerülnek átadásra. Bizonyítékot nyújtunk a transzkripcióról és a fordításról ezen családok egy részénél. Vizsgálatunk azt sugallja, hogy a kis fehérjék nagyon bőségesek, és különösen az emberi mikrobióm fehérjéi különböző funkciókat tölthetnek be, amelyekről korábban nem számoltak be.

    Absztrakt

    Az emberi bélmikrobiom (GM) leíró és transzlációs vizsgálata gyorsan bővül; a tanulmányok azonban jórészt az USA és Európa iparosodott lakosságára korlátozódnak. Kevéssé ismert a mikrobiális variabilitás és annak egészségre és betegségekre gyakorolt ​​hatása a világ más részein. Az afrikai népesség különösen alulreprezentált. Amit korlátozott mértékben végeztek, néhány tématerületre összpontosított, ideértve a hosszú távú életmód és táplálkozási tényezők GM-ökológiára gyakorolt ​​hatását, annak csecsemőkori érését, valamint a mikrobiom, a fertőző betegség és az alultápláltság közötti összefüggéseket. A közelmúltban nemzetközi konzorciumok alapozták meg a kontinensen zajló nagyszabású genomikai és mikrobiómás vizsgálatokat, különös figyelmet fordítva a nem fertőző betegségre történő epidemiológiai átmenetre. Itt felmérjük az afrikai GM-ösztöndíj jelenlegi helyzetét, és javaslatot teszünk a kutatási kapacitás és a teljesítmény javítására.

    Absztrakt

    Absztrakt

    Az alacsony és közepes erőforrású környezetben növekvő rákos megbetegedések és mortalitás, valamint tagságának egyre inkább nemzetközi profilja elismeréseként az ASCO prioritásként kezelte a globális szintű elkötelezettségének fokozását. Az ASCO igazgatóságának a Globális Onkológiai Vezetői Munkacsoport 2016. évi jelentésében szereplő ajánlások között szerepel, hogy az ASCO-nak elő kell mozdítania a globális onkológia tudományos területként való elismerését. A jelentés azt sugallta, hogy az ASCO szerepet játszhat a globális onkológia áttérésében a nagyrészt önkéntes tevékenységek informális területeiről egy formálisabb tudományágra, erős kutatással és jól meghatározott képzési elemekkel. Ezen ajánlás eredményeként 2017-ben az ASCO megalakította az Akadémiai Globális Onkológiai Munkacsoportot (AGOTF), hogy irányítsa az ASCO hozzájárulását a globális onkológia területének formalizálásához. Az AGOTF-t arra kérték, hogy gyűjtse össze és elemezze a globális onkológia akadémiai tudományágként való elismerése felé vezető legfontosabb kérdéseket és akadályokat, különös tekintettel a képzésre, a kutatásra és a karrierútra, valamint készítsen egy sor ajánlást az ASCO tevékenységére. Az AGOTF eredményeként olyan ajánlásokat dolgoztak ki, amelyek célja a globális onkológia mint akadémiai tudományág státuszának előmozdítása.

    Absztrakt

    Absztrakt

    Absztrakt

    A CrAss-szerű fágok kettős szálú DNS-vírusok, amelyek elterjedtek az emberi bél mikrobiómáiban. Itt elemezzük az anya-csecsemő párok és a széklet mikrobiota transzplantációján átesett bél metagenomikus adatait, hogy értékeljük a crAss-szerű fágok megszerzésének, transzmissziójának és törzsdiverzitásának mintáit. Megállapítottuk, hogy a crAss-szerű fágok ritkán kerülnek kimutatásra születésükkor, de egyre gyakoribbak a csecsemő mikrobiomjában egy hónapos élet után. Közel azonos genomokat figyelünk meg az esetek 50% -ában, amikor ugyanazt a crAss-szerű kládot észleljük mind az anyában, mind a csecsemőben, ami vertikális átvitelre utal. A prototípusos crAssphage (p-crAssphage) feltételezett átvitelének eseteiben azt tapasztaltuk, hogy az anyában jelen lévő törzsek egy részhalmazát észlelik a csecsemőben, és hogy a csecsemők törzsdiverzitása idővel növekszik. A feltételezett farokrostfehérjék nem szinonim törzsvariációval dúsulnak más génekhez képest, ami potenciális evolúciós előnyre utal a specifikus gének törzsdiverzitásának fenntartása szempontjából. Végül megmutatjuk, hogy a p-crAssphage megszerezhető a széklet mikrobiota transzplantációjával.

    Absztrakt

    A mikrobákban központi szerepet játszanak a kis nyitott olvasókeretek (smORF) és azok kódolt mikroproteinjei. Az emberrel társult mikrobákban azonban a smORF-ek hatalmas, feltáratlan területe van. Egy nemrégiben végzett bioinformatikai elemzés evolúciós konzervációs szignálokat használt a kis fehérjecsaládok jóslásának javítására. A specifikus smORF-ek feljegyzésének megkönnyítése érdekében bevezetjük a SmORFinder-t. Ez az eszköz egyesíti az egyes smORF családok rejtett Markov-modelljeit és a mély tanulási modelleket, amelyek jobban általánosítanak a képzési készletben nem látható smORF-családokra, ami a Ribo-seq transzlációs jelekhez gazdagodott előrejelzéseket eredményez. A jellemző fontossági elemzésből kiderül, hogy a mély tanulási modellek megtanulják azonosítani a Shine-Dalgarno szekvenciákat, az egyes kodonokban a dübörgés helyzetét diszrioritizálni és a kodon táblázatban található kodon szinonimákat csoportosítani. 26 baktériumfaj mag-genom elemzése számos ismeretlen funkciójú mag smORF-et azonosít. Több ezer RefSeq izolátum genom és a Human Microbiome Project metagenómák smORF annotációit előre kiszámítjuk, és ezeket az adatokat egy nyilvános internetes portálon keresztül szolgáltatjuk.