Transposon történet: A TE tartalmától a Drosophila genomok TE dinamikus inváziójáig az Oxford Nanopore egymolekulás szekvenálási technológiájával

A genom összeszereléséhez és a transzponálható elem beillesztés (TEI) detektálásához alkalmazott módszer vázlata. A globális variánsokat (fekete) a genomgyűjteményekből, a kisebb variánsokat (szürke) a leolvasások újrafeltérképezésével detektáltuk ezekben az összeállításokban. A RaGOO állványokhoz használt referencia genomok Dmel_R6.23 voltak G0 és vad típusú D. melanogaster törzsek esetében, Dsim_R2.02 vad típusú D. simulans törzsek esetében, valamint G0 összeállítás G73 és G0-F100 esetében.

transzpozontörténet

A TE-százalék becslése a D. melanogaster és D. simulans genomokban (izogén vad típusú törzsek). (a) A TE-százalék becslése a RepeatMasker (ONT kromoszóma-összeállítások) és a dnaPipeTE vagy a TEcount (Illumina leolvasása) segítségével. b) A jelzett módszerekkel kapott becslések közötti összefüggések.

Az egyes TE-csoportok és kromoszómák helyének beszúrási helyei az Illumina adatok (felső panelek) vagy az Oxford Nanopore Technology (ONT) kromoszóma-összeállításai (alsó panelek) alapján határozva meg.

Globális variáns kópiaszámok vad típusú D melanogaster és D. simulans törzsekben. a) A törzsek között megosztott globális változatok száma. A színskála (az egyes panelek jobb oldalán) megmutatja a távolságot a páronként megosztott beillesztések száma alapján (az ábrán fekete színnel jelezve). A fehér színű értékek megegyeznek a figyelembe vett törzsek azonosított inszercióinak teljes számával. (b) A jelzett TE-csoportok átlagos TEI-száma a vad típusú D melanogaster és D. simulans törzsekben, az ONT kromoszóma-összeállítások alapján.

Globális variánsszekvencia elemzés vad típusú D. melanogaster és D. simulans törzsekben. (a) A TE kópia hosszának (azaz a fragmens méretének) megoszlása ​​bp-ben az összes globális változat esetében a törzsek és a TE-csoportok között. (b) Családon belüli szekvencia divergencia (átlagos Kimura távolság) törzsenként és TE családonként kiszámítva.

piRNS elemzés vad típusú D. melanogaster és D. simulans törzsekben. (a) Normalizált piRNS-szám (log10) az összes törzs és a két faj genom-foglaltságához viszonyítva, valamint a lineáris regressziós görbe. Minden pont egy TE család. (b) A dmgoth63 és dsgoth31 törzsek eredményeit példaként mutatjuk be. A piRNS-ek egyedi leképezése az ONT kromoszóma-együttesei mentén (fekete, normalizált piRNS-szám). Az ONT kromoszóma-együttesei mentén azonosított globális változatok (szürke). A piros nyilak a flamencót (X kromoszóma) és a 42AB-t (2R kromoszóma) jelzik. A többi törzs adatait az S2 ábra tartalmazza. A skálán kívüli csúcsok megfelelhetnek a miRBase-ből hiányzó mikroRNS-eknek.

A hosszú távú ismétlés kisebb inszerciós variánsának (LTR MIV) jellemzése a stabil (G0) és instabil (G73) vonalakban. (a) A ZAM-másolatok fluoreszcens in situ hibridizációval vizualizálódnak a G0 (bal oldali) és a G73 (jobb oldali) politén kromoszómákban. A két globális változat a G0-ban és G73-ban található nem referencia ZAM-másolatoknak felel meg (csillagok a nagyított képeken). A nyílhegyek az új ZAM beillesztéseket mutatják a G73-ban. További példákat az S3. Ábra mutat be. (b) A de novo összerakott G0 genomból hozzáférhető ZAM szekvenciák és a ZAM konszenzus szekvencia közötti szekvencia összehasonlításának pont diagramja. (c) A G0-F100 (stabil) és a G73 (instabil) könyvtárban kimutatott LTR MIV hőtérképe. d) hisztogramok, amelyek az egyes LTR MIV-eket támogató olvasások számát mutatják. (e) A TSD szekvencia logója, amelyet az LTR MIV automatikus észlelési eljárással határoztak meg. f) az automatikus és kézi LTR MIV detektálási eljárásokkal meghatározott ZAM TSM motívum.

A piRNS-klaszterekbe beillesztett és a G0-F100 és G73 vonalakban detektált LTR MIV hőtérképe.