Fokozott minikromoszóma veszteség 1, D izoform

Megjegyzés pontszáma: 2 az 5-ből

minichromosoma

Az annotációs pontszám heurisztikusan méri az UniProtKB bejegyzés vagy proteom annotációs tartalmát. Ez a pontszám nem tud felhasználható az annotáció pontosságának mérésére, mivel egyetlen fehérjéhez sem tudjuk meghatározni a „helyes annotációt”.

- Kísérleti bizonyítékok fehérje szinten i

Ez azt jelzi, hogy milyen típusú bizonyíték támasztja alá a fehérje létezését. Ne feledje, hogy a „fehérje létezés” bizonyíték nem ad információt a megjelenített szekvencia (k) pontosságáról vagy helyességéről.

A tartalom megtekintéséhez válasszon egy bal oldali részt.

Ez a szakasz hasznos információkat nyújt a fehérjéről, főleg biológiai ismeretekkel.

A Gene Ontology (GO) projekt hierarchikus vezérlésű szókincset kínál, 3 kategóriára osztva:

GO - molekuláris funkció i

Ez a szakasz információkat tartalmaz a fehérje és gén nevéről (neveiről) és szinonimáiról (szinonimáiról), valamint arról a szervezetről, amely a fehérjeszekvencia forrása.

Nevek és rendszertan i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete kimerítő felsorolást tartalmaz a fehérje összes nevéről, az általánosan használtaktól az elavultig, lehetővé téve a fehérje egyértelmű azonosítását.

Információk, amelyeket egy másik adatbázisból importáltak automatikus eljárásokkal.

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete a bejegyzésben leírt fehérje szekvenciát kódoló gén (ek) nevét (neveit) jelöli. Négy különálló token létezik: 'Név', 'Szinonimák', 'Rendezett helynév' és 'ORF nevek'.

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete információt nyújt a fehérjeszekvencia forrását jelentő szervezet nevéről (neveiről).

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete megmutatja az egyedi azonosítót, amelyet az NCBI a fehérje forrásszervezetéhez rendelt. Ezt „taxonómiai azonosítónak” vagy „taxidnak” nevezik.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete tartalmazza a forrásszervezet rendszertani hierarchikus osztályozási vonalát. Felsorolja a csomópontokat, amint azok felülről lefelé jelennek meg a taxonómiai fában, az általánosabb csoportosítással először.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete azoknál a bejegyzéseknél található meg, amelyek egy proteom részét képezik, vagyis egy olyan fehérjegyüttesnek, amelyről azt gondolják, hogy olyan organizmusok expresszálják, amelyek genomja teljesen szekvenálva van.

Az UniProt proteom több komponensből állhat.
A komponens neve a fehérjék halmazát kódoló genomi komponensre utal.

Szervezet-specifikus adatbázisok

Drosophila genom adatbázis

Ez a szakasz információt nyújt az érett fehérje helyéről és topológiájáról a sejtben.

Szubcelluláris hely i

Egyéb helyszínek

Nyomon követhető szerzői nyilatkozat

Felülvizsgálati cikkek információinak felhasználására szolgál, ahol az eredeti kísérletek nyomon követhetők a cikk segítségével, valamint tankönyvekből vagy szótárakból származó információkhoz.

További információ a GO bizonyíték kód útmutatójában

Nyomon követhető szerzői nyilatkozat i

A Direct Assay-ből következtetett

A GO kifejezéssel jelölt funkció, folyamat vagy komponens közvetlen vizsgálatának jelzésére szolgál.

További információ a GO bizonyíték kód útmutatójában

A közvetlen vizsgálatból következtetett i

Ez a szakasz információt nyújt egy gén expressziójáról mRNS vagy fehérje szinten a sejtekben vagy a többsejtű szervezetek szöveteiben.

Génexpressziós adatbázisok

Bgee dataBase for Gene Expression Evolution

Az Atlas, a Differenciál és az Alapszintű kifejezés

Ez a szakasz információt nyújt a fehérje tercier és szekunder szerkezetéről.

3D struktúra adatbázisok

SWISS-MODEL Repository - a jegyzetekkel ellátott 3D fehérjeszerkezeti modellek adatbázisa

Összehasonlító fehérje-szerkezeti modellek adatbázisa

Ez a szakasz információt nyújt a szekvenciák más fehérjékkel és a fehérjében lévő domén (ek) hasonlóságaival kapcsolatban.

Család és domainek i

Vidék

A „Család és domainek” szakasz ezen alfejezete olyan érdeklődési körzetet ír le, amelyet más alfejezetekben nem lehet leírni.

Információ, amelyet az UniProtKB automatikus annotációs rendszer generált, kézi érvényesítés nélkül.

Automatikus állítás a szekvenciaelemzés szerint i

Tekercselt tekercs

A „Család és domének” szakasz ezen alfejezete a tekercselt tekercs régióinak pozícióit jelöli a fehérjében.

Automatikus állítás a szekvenciaelemzés szerint i

Kompozíciós elfogultság

A „Család és domének” szakasz ezen alfejezete leírja a kompozíciós torzítású régiók helyzetét a fehérjében és az adott aminosavakat, amelyek felülreprezentáltak az adott régióban.

Automatikus állítás a szekvenciaelemzés szerint i

Az UniProtKB kulcsszavak hierarchikus felépítésű vezérelt szókincset alkotnak. A kulcsszavak összefoglalják az UniProtKB bejegyzés tartalmát, és megkönnyítik az érdekes fehérjék keresését.

Kulcsszavak - Tartomány i

Automatikus állítás a szekvenciaelemzés szerint i

Filogenomikus adatbázisok

Az ortológusok azonosítása a teljes genomadatokból

Családi és domain adatbázisok

A fehérjecsaládok, domének és funkcionális helyek integrált forrása

A PANTHER osztályozási rendszer

Pfam protein domain adatbázis

Ez a szakasz alapértelmezés szerint a kanonikus fehérje szekvenciát és kérésre megjeleníti az összes izoformát, amelyet a bejegyzés ismertet. Ez magában foglalja a szekvenciákra vonatkozó információkat is, beleértve a hosszúságot és a molekulatömeget. Az információkat különböző alfejezetekben tárolják. A jelenlegi alszakaszokat és azok tartalmát az alábbiakban soroljuk fel:

A Szekvencia szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzésben alapértelmezés szerint megjelenített kanonikus sorrend teljes-e vagy sem.

I szekvencia állapot: teljes.

Ez a bejegyzés 1 leírt izoformát és 3 potenciális izoformát tartalmaz, amelyek számításilag leképezettek.

Az ellenőrző összeg a redundancia-ellenőrzés egyik formája, amelyet a sorozatból számolnak. Hasznos a szekvenciafrissítések nyomon követésére.

Meg kell jegyezni, hogy bár elméletileg két különböző szekvenciának ugyanaz az ellenőrzőösszege lehet, ennek valószínűsége rendkívül alacsony.

Az UniProtKB azonban tartalmazhat azonos szekvenciájú bejegyzéseket több gén (paralóg) esetén.

Az ellenőrző összeget 64 bites ciklikus redundanciaellenőrzési értékként (CRC64) számítják ki a generátor polinomjának felhasználásával: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Az algoritmust az ISO 3309 szabvány írja le.

Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. és Vetterling W.T.
Ciklikus redundancia és egyéb ellenőrző összegek
Numerikus receptek a C 2. kiadásban, pp. 896-902, Cambridge University Press (1993)

Ellenőrző összeg: i 987D391400F01DEE

Az eukarióta referencia proteomokban az áttekintetlen bejegyzéseket, amelyek valószínűleg ugyanahhoz a génhez tartoznak, az Ensembl, az EnsemblGenomes és a modell organizmus adatbázisok génazonosítói alapján számítási módszerrel térképezzük fel.

Számítással feltérképezett potenciális izoform szekvenciák i

Annotációs pontszám: 5 az 5-ből

Az annotációs pontszám heurisztikusan méri az UniProtKB bejegyzés vagy proteom annotációs tartalmát. Ez a pontszám nem tud felhasználható az annotáció pontosságának mérésére, mivel egyetlen fehérjéhez sem tudjuk meghatározni a „helyes annotációt”.

Annotációs pontszám: 2 az 5-ből

Az annotációs pontszám heurisztikusan méri az UniProtKB bejegyzés vagy proteom annotációs tartalmát. Ez a pontszám nem tud felhasználható az annotáció pontosságának mérésére, mivel egyetlen fehérjéhez sem tudjuk meghatározni a „helyes annotációt”.

Annotációs pontszám: 2 az 5-ből

Az annotációs pontszám heurisztikusan méri az UniProtKB bejegyzés vagy proteom annotációs tartalmát. Ez a pontszám nem tud felhasználható az annotáció pontosságának mérésére, mivel egyetlen fehérjéhez sem tudjuk meghatározni a „helyes annotációt”.

Szekvencia adatbázisok

EMBL nukleotid szekvencia adatbázis

GenBank nukleotid szekvencia adatbázis

Japán DNA Data Bank; egy nukleotidszekvencia-adatbázis

NCBI referencia szekvenciák

Genom annotációs adatbázisok

Ensembl metazoa genom annotációs projekt

Az NCBI RefSeq genomokból származó gének adatbázisa

Ez a szakasz olyan fehérjékhez mutat linkeket, amelyek hasonlóak az ebben a bejegyzésben leírt fehérje szekvenciához, a szekvencia azonossági küszöbértékeinek különböző szintjein (100%, 90% és 50%), az UniProt Reference Clusters (UniRef) tagságuk alapján.

Hasonló fehérjék i

Ez a szakasz a bejegyzésekkel kapcsolatos információkra mutat, és az UniProtKB-től eltérő adatgyűjteményekben található.

Szekvencia adatbázisok

3D struktúra adatbázisok

Genom annotációs adatbázisok

Szervezet-specifikus adatbázisok

Összehasonlító toxikogenomikai adatbázis

Filogenomikus adatbázisok

Vegyes adatbázisok

BioGRID ORCS adatbázis a CRISPR fenotípus képernyőkről

Fenotípusok adatbázisa RNS interferencia képernyőkről Drosophila és Homo sapiens

Génexpressziós adatbázisok

Bgee i FBgn0035227, fejben és további 34 szövetben kifejezve
ExpressionAtlas i M9PE64, kiindulási és differenciálérték

Családi és domain adatbázisok

ProtoNet; A fehérjék automatikus hierarchikus osztályozása

MobiDB: a fehérje rendellenességek és a mobilitás annotációk adatbázisa

Ez a szakasz általános információkat tartalmaz a bejegyzésről.

Belépési információk i

A „Bejegyzési információk” szakasz ezen alfejezete mnemonikus azonosítót biztosít az UniProtKB bejegyzéshez, de nem stabil azonosító. Minden felülvizsgált bejegyzéshez egyedi bejegyzésnevet rendelünk, amikor integráljuk az UniProtKB/Swiss-Prot programba.

A „Belépési információk” szakasz ezen alfejezete egy vagy több csatlakozási számot ad meg. Ezek stabil azonosítók, és fel kell használniuk az UniProtKB bejegyzések idézésére. Az UniProtKB-be történő integrálás után minden bejegyzéshez egyedi belépési számot rendelnek, amelyet „Elsődleges (hivatkozható) csatlakozási számnak” hívnak.

A „Bejegyzési információk” szakasz ezen alfejezete megmutatja a bejegyzés UniProtKB-be való integrálásának dátumát, az utolsó sorozatfrissítés és az utolsó annotáció-módosítás („Utolsó módosítás”) dátumát. Megjelenik mind a bejegyzés, mind a kanonikus sorrend verziószáma.

A „Belépési információk” szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzést manuálisan kommentálta és átnézte-e az UniProtKB kurátorai, vagy sem, más szóval, ha a bejegyzés az UniProtKB (áttekintették) vagy a számítógéppel kommentált TrEMBL szakaszra (át nem nézett).

Ez a szakasz tartalmaz olyan releváns információkat, amelyek nem illenek más meghatározott szakaszokba

Kulcsszavak - szakkifejezés i

Az információk kísérleti és számítási bizonyítékok kombinációjából következtetnek, kézi validálás nélkül.

Az automatikus állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, azaz

Az adatbázis-bejegyzésekből következtetett automatikus állítás i

Eszközök
Alapadatok
Támogató adatok
  • Irodalmi idézetek
  • Rendszertan
  • Kulcsszavak
  • Szubcelluláris helyek
  • Kereszthivatkozott adatbázisok
  • Betegségek
Információ
  • Az UniProt-ról
  • Segítség
  • GYIK
  • UniProtKB kézikönyv
  • Műszaki sarok
  • Szakértői biokúrálás
Az UniProt egy ELIXIR alapvető adatforrás

Tájékoztatjuk Önöket, hogy az adatvédelmi közleményünket frissítettük, hogy megfeleljen az új, 2018. május 25-től hatályos általános európai adatvédelmi rendeletnek (GDPR).