Két polimorfizmus asszociációja belül és közelében SOCS3 elhízással rendelkező gén három nemzetiségben Kínában, Hszincsiang tartományban

Absztrakt

SOCS3 a gén fontos szerepet játszik az elhízás patogenezisében állatmodellekben, de az emberi vizsgálatokból származó adatok viszonylag korlátozottak. Ennek a kérdésnek a kezelésére genetikai asszociációs elemzést végeztek különböző genetikai háttérrel rendelkező, hasonló környezeti körülmények között élő nemzetiségekről.

génen

Mód:

Kétezerhétszáz tizenegy alanyot véletlenszerűen toboroztak a kínai Xinjiang kazah, ujgur és hán nemzetiségéből. Az rs4969168 és rs9892622 SNP polimorfizmusai a vagy azon belül SOCS3 gént TaqMan-MGB ™ vizsgálattal genotipizálunk. A két polimorfizmus és az elhízással kapcsolatos jellemzők (testtömeg-index [BMI]; derék-csípő arány [WHR]; súly; magasság, derék és csípő mérések) közötti asszociációs vizsgálatot végeztek).

Eredmények:

Jelentős összefüggést találtak az rs4969168 és az elhízással kapcsolatos jellemzők között, beleértve a BMI-t (25,32 ± 3,49 kg/m 2 AA esetében, 24,60 ± 3,70 kg/m 2 AG esetében, 24,39 ± 3,42 kg/m 2 GG esetén), P= 0,042), súly (65,58 ± 11,42 kg AA esetén, 63,50 ± 11,30 kg AG esetében, 62,00 ± 10,78 kg GG esetén, P= 0,011) a hán nemzetiségben, de a kazah vagy az ujgur nemzetiségben nem. Az Rs9892622 szignifikánsan társult a BMI-vel, a WHR-rel és a WAIST-rel az Uygur hímeknél. Az Rs9892622 a kazah férfiak BMI-jéhez is társult. A lineáris regressziós elemzés igazolta a fenti eredményeket. Azonban a két polimorfizmus egyikét sem hozták összefüggésbe az elhízással kapcsolatos jellemzőkkel a teljes populációban.

Következtetés:

Az rs4969168 polimorfizmus a SOCS3 a génnek jelentős hatása van a hán nemzetiségre, míg az rs9892622 az elhízással járt együtt a kínai Xinjiang uigur és kazah nemzetiségében.

Bevezetés

Az elhízás világszerte jelentős közegészségügyi probléma, és minden korosztályt és etnikumot érintő embereket érint 1. Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) adatai szerint világszerte legfeljebb egymilliárd túlsúlyos ember él, amelyek közül 300 milliót klinikailag elhízottnak minősítenének (www.who.int). Sőt, a legtöbb fejlett országban a helyzet súlyosabb. Az elhízás számos egészségügyi probléma vezető kockázati tényezője, mint például a szívbetegségek, a 2-es típusú cukorbetegség és a legtöbb rák 2; ezenkívül a fejlett országokban az összes egészségügyi kiadás 7,8% -át teszi ki. Számos tanulmány próbálta bemutatni az elhízás patogenezisét.

Ez a jelentés a SOCS3 gén és elhízással kapcsolatos tulajdonságok a kazah, uygur és hán nemzetiségekben a kínai Hszincsiang tartományból. Két SNP polimorfizmust választottunk ki a HapMap projekt tag-polimorfizmusainak és az SOCS3 és a 2-es típusú diabetes mellitus korábbi G-tanulmányainak adatai alapján: négy független vizsgálati populáció metaanalízise. PLoS One 2008; 3: e3852. "Href ="/articles/aps201184 # ref-CR11 "> 11, 12. Az egyik polimorfizmus az A + 930 → G (rs4969168) polimorfizmus, amely a SOCS3 gén, amely az SNP-t jelölő haplotípus (htSNP), amely kellően lefedi az egész gén genetikai variációját. A másik SNP, amelyet erre a vizsgálatra választottak ki, az rs9892622 A → G, egy nagy frekvenciájú variáns a gén közelében, amely a SOCS3 gén és ésszerű funkcionális jelöltnek tűnik a SOCS3 lokusz és elhízás.

Anyagok és metódusok

Tárgyak

Tárgyak (n= 2711) a kínai Hszincsiang három versenyéből toboroztak. Valamennyi alany megfelelt a normál orvosi vizsgálaton, és véletlenszerűen választották ki őket, köztük 1045 kazah, 804 uygur és 862 han 19–87 éves korosztályt. A helyi etikai bizottság jóváhagyta a tanulmányt, és minden résztvevő megalapozott beleegyezést adott. Stadiométerrel mértük az álló magasságot (magasságot) (0,01 m pontossággal). A testtömeget (súlyt) (0,01 kg pontossággal) mérőgéppel mértük. A testtömeg-indexet (BMI) a kilogrammban kifejezett tömeg osztva a magasság négyzetméterével. Végül a derék kerületét (WAIST), a csípő kerületét (HIP) és a derék és a csípő arányát (WHR) a korábban leírtak szerint határoztuk meg 13 .

DNS előállítás

Az összes minta perifériás vér leukocitáiból genomi DNS-t extraháltunk fenol-kloroform nukleinsav extrakciós módszerrel. A minták genomi DNS-koncentrációját NanoDrop spektrofotométerrel (Thermo Fisher, Boston, MA, USA) mértük, és elemzésre alkalmaztuk, amikor a 260/280 hullámhosszak aránya 1,7–2,0 között mozgott. Ezután a genomi DNS mintákat 10 ng/μL-re hígítottuk munkakoncentrációként.

Polimorfizmusok kiválasztása és genotipizálása

Két SNP változatot választottunk ki: rs4969168 és rs9892622. Az Rs4969198 -t tagSNP-ként választottuk ki, hogy lefedje az összes kapcsolódó polimorfizmust SOCS3 amelyek a nemrég megjelent HapMap adatokon alapulnak. Mivel a közös variánsok fogékonyak a gyakori betegségekre, ezért egy másik, viszonylag nagy gyakorisággal rendelkező funkcionális lokuszt választottunk, az rs9892622-et a SOCS3. A genotipizálást az 5'-nukleáz TaqMan-MGB ™ assay segítségével végeztük 384 lyukú lemezeken és az ABI PRISM 7900HT szekvencia detektáló rendszerrel (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). A nyers adatokat a végpontban olvastuk fel, és három csoportba csoportosítottuk, amelyek a három genotípust reprezentálták.

Statisztikai analízis

Az adatokat SPSS-sel (13.0 verzió) elemeztük. Minden más elemzés előtt az allélfrekvenciák maximális valószínűségének becslését tesztelték a Hardy-Weinberg-egyensúlyi arányoktól (HWE) való eltérések esetében, az illeszkedés khi-négyzet jósági tesztjével, hogy megbizonyosodjanak arról, hogy nincsenek-e tipizálási hibák vagy torzítások a populáció szerkezetéből. Az elhízással kapcsolatos kvantitatív tulajdonságok (BMI, magasság, súly, WHR, WAIST és HIP) megoszlása, jellemző változatok (életkor, nem, stb.) és a három nemzetiség genotípusait egyirányú ANOVA-val elemeztük SNK-vizsgálattal. A t-tesztet (független minták) alkalmaztunk a változatok eloszlásának vizsgálatára a különböző nemekben. A nemzetiség és a nem szerinti rétegzett elemzést végeztük a környezeti és genetikai tényezők kölcsönhatásának feltárására. Ezenkívül lineáris regressziós analízist alkalmaztak az elhízással kapcsolatos tulajdonságok fontosságának meghatározására. A túl sok, az elhízással kapcsolatos tulajdonság mérésével kiváltott túlkorrekció elkerülése érdekében a regressziós elemzésben csak az életkor, a nemzetiség, a nem és a genotípus változatait vonták be. A P-az érték konfidencia szintjét 0,05-re állítottuk be a fenti tesztekhez.

Eredmények

A minta jellemzői

A hiányzó adatokkal rendelkező minták eltávolítása után a teljes populáció a n= 2667 minta maradt, amely a három versenyt (kazah, uygur és han) tartalmazta; az egyes fajtákból származó minták száma és százalékuk a teljes mintapopulációból 1017 (38,14%), 798 (29,92%), illetve 852 (31,94%) volt. A minta jellemzőinek megoszlását (az elhízással kapcsolatos jellemzők átlag ± SD és az SNP polimorfizmusok genotípusainak megoszlása) az egyes nemzetiségekben az 1. táblázat mutatja. Ezen változatok statisztikai különbségeit a nemzetiségek között Fisher LSD teszttel határoztuk meg. Az adatok azt mutatták, hogy az összes változat (életkor, BMI, súly, magasság, WHR, WAIST, HIP, rs4969168 és rs9892622) statisztikailag különbözött a három nemzetiség között, és jelezték, hogy a génpolimorfizmusok és a környezeti tényezők kölcsönhatásának elemzése a teljes népesség nem lenne megfelelő; inkább az egyes nemzetiségek egyes populációin belüli interakciók hatásainak külön elemzése lenne megfelelőbb.

A változatok eloszlását a polimorfizmusok kivételével a különböző nemekben statisztikailag is elemeztük független mintákkal az a t-teszt (2. táblázat). Megállapították, hogy a variánsok a WHR kivételével szignifikánsan különböztek a hímek és a nők között. A genotípusos polimorfizmusok megoszlását a különböző nemekben square 2 négyzet próbával elemeztük; nem találtunk különbséget a nemek genotípusos gyakoriságában, ami azt jelezte, hogy nem volt tipizálási torzítás vagy hiba.

Genotipizálás és allél frekvenciák

Az rs4969168 és az rs9892622 genotipizálásának sikerességi aránya 97,4% volt. Az allél frekvenciái SOCS3 Összegyűjtöttük az rs4969168 és rs9892622 értékeket a teljes populációra és az egyes alcsoportokra (faj szerint osztályozva) (1. táblázat). A kazah, az Uygur és a Han szubpopulációkban az rs4969168 allélfrekvenciája 0,582, 0,625 és 0,572 volt, az rs9892622 allélfrekvenciája pedig 0,453, 0,499 és 0,452. A Hardy-Weinberg egyensúlytól egyik csoportban sem volt eltérés (P> 0,05). Egyirányú ANOVA-t használtunk annak megállapítására, hogy a polimorfizmusok megoszlása ​​statisztikailag különbözött a három nemzetiség között.

Szövetsége SOCS3 elhízással kapcsolatos kvantitatív tulajdonságokkal rendelkező gén

Általános elemzés

A két polimorfizmus (rs4969168 és rs9892622) és a BMI, a WHR, a magasság, a súly, a WAIST és a HIP kapcsolatát egyirányú ANOVA-val és SNK-vizsgálattal határoztuk meg, de a két polimorfizmus és a meghaladja a teljes népesség mennyiségi jellemzőit.

A nemzetiség rétegzett elemzése

Az rs9892622 esetében a teljes populációban nem figyeltek meg jelentős különbséget az elhízással kapcsolatos jellemzők tekintetében. Statisztikailag értelmes eredmények csak az Uygur csoport férfi szubpopulációjában jelentek meg, de az adatkészletekből nem lehetett nyilvánvaló tendenciát összefoglalni (5. és 6. táblázat).

Lineáris regresszióanalízis

A lineáris regresszióanalízis megerősítette azokat a korábbi eredményeket, amelyekben a nemzetiség és a nem, de az életkor és a két polimorfizmus kizárva szerepelt a modellben. P

Vita

A HapMap III. Fázisú projekt adatainak kiadásával és számos általános betegségre kiterjedő teljes genom-társulási tanulmány befejezésével a tudósok rájöttek, hogy a célgének tagSNP-i választhatók kandidátus lokuszokká, hogy lefedjék a cél haploblokkjaiban részt vevő összes polimorfizmust. gén.

Az rs4969168-hoz hasonlóan a teljes populációban sem volt bizonyíték az rs9892622 és az elhízással kapcsolatos jellemzők közötti összefüggésre, de a rétegzett elemzésben jelentős összefüggés jelent meg. Érdekes, hogy az rs4969168-tól eltérően az rs9892622 a kazah és az ujgur populációkban a BMI-vel, a súlygal és a WAIST-szel társult, nem pedig a han populációval.

Összefoglalva, függetlenül attól, hogy a súlykontrollt különféle patogén tényezőknek vagy az etnikai haploblokkok megoszlásának tulajdonítják-e, úgy tűnik, hogy a genetikai háttér mindenképpen alapvető szerepet játszik. Jelenlegi adataink szerint az rs4969168 és az rs9892622 egyaránt elhízással jár, és az asszociációs hatás nemzetiség és nem szerint eltérő. További tanulmányokra van szükség a kórokozó lokuszok finom feltérképezéséhez és a funkcionális hatások feltárásához SOCS3 elhízásban.

Szerző hozzájárulás

Wei TANG megtervezte a kutatást, elvégezte a kísérleteket és megírta az írást; Yong-quan SHI és Zhi-min LIU megtervezte a kutatást és megírta az írást; Jun-jie ZOU és Jiao-yang ZHENG elemző eszközökkel járult hozzá; valamint Xiang-fang CHEN és Hua-zong ZENG elemezte az adatokat.

Hivatkozások

Marvelle AF, Lange LA, Qin L, Adair LS, Mohlke KL. Az FTO asszociáció az elhízással kapcsolatos jellemzőkkel a Cebu Longitudinal Health and Nutrition Survey (CLHNS) kohortjában. Cukorbetegség 2008; 57: 1987–91.

Mori MA, Araújo RC, Reis FC, Sgai DG, Fonseca RG, Barros CC, et al. A Kinin B1 receptor hiány leptin túlérzékenységhez és elhízással szembeni rezisztenciához vezet. Cukorbetegség 2008; 57: 1491–500.

Hill JO, Wyatt HR, Reed GW, Peters JC. Elhízás és a környezet: hová menjünk innen? Tudomány 2003; 299: 853–5.

Coppari R, Ichinose M, Lee CE, Pullen AE, Kenny CD, McGovern RA, et al. A hipotalamusz íves magja: a leptin glükóz homeosztázisra és mozgásszervi aktivitásra gyakorolt ​​hatásainak közvetítésének kulcsfontosságú helyszíne. Cell Metab 2005; 1: 63–72.

Howard JK, Flier JS. A leptin és az inzulinjelzés gyengítése SOCS fehérjék által. Trendek Endocrinol Metab 2006; 17.: 365–71.

Lebrun P, Van Obberghen E. A SOCS fehérjék problémát okoznak az inzulin működésében. Acta Physiol (Oxf) 2008; 192: 29–36.

Münzberg H, Myers MG Jr. A központi leptin rezisztencia molekuláris és anatómiai meghatározói. Nat Neurosci 2005; 8.: 566–70.

Talbert ME, Langefeld CD, Ziegler J, Mychaleckyj JC, Haffner SM, Norris JM, et al. Az SOCS3 közelében lévő polimorfizmusok az elhízással és a glükóz homeosztázis tulajdonságokkal társulnak a spanyol amerikaiaknál az inzulinrezisztencia ateroszklerózis családi tanulmányból. Hum Genet 2009; 125: 153–62.

Jamshidi Y, Snieder H, Wang X, Spector TD, Carter ND, O'Dell SD. Az SOCS3 általános polimorfizmusai nincsenek összefüggésben a testtömeggel, az inzulinérzékenységgel vagy a lipidprofillal normális nőstény ikreknél. Diabetologia 2006; 49: 306–10.

Hölter K, Wermter AK, Scherag A, Siegfried W, Goldschmidt H, Hebebrand J, et al. A szekvenciaváltozatok elemzése a citokin szignál (SOCS) -3 gén szuppresszorában rendkívül elhízott gyermekeknél és serdülőknél. BMC Med Genet 2007; 8.: 21.

Fischer-Rosinsky A, Fisher E, Kovacs P, Blüher M, Möhlig M, Pfeiffer AF, et al. Az SNP A + 930 -> S SOCS3 és a 2-es típusú diabetes mellitus címkézésének hiánya: négy független vizsgálati populáció metaanalízise. PLoS One 2008; 3: e3852.

Gylvin T, Nolsøe R, Hansen T, Nielsen EM, Bergholdt R, Karlsen AE, et al. Az 1. típusú cukorbetegség jelölt génje és a 3. inzulin szignál szuppresszorának mutációanalízise és inzulinérzékenység. Diabetologia 2004; 47: 1273–7.

Cecil JE, Tavendale R, Watt P, Hetherington MM, Palmer CN. Az elhízáshoz kapcsolódó FTO génváltozat és a megnövekedett energiafogyasztás gyermekeknél. N Engl J Med 2008; 359: 2558–66.

Emanuelli B, Peraldi P, Filloux C, Chavey C, Freidinger K, Hilton DJ, et al. A SOCS-3 gátolja az inzulin jelátvitelt, és az elhízott egerek zsírszövetében a daganat nekrózis-faktor alfa hatására fokozottan szabályozott. J Biol Chem 2001; 276: 47944–9.

Köszönetnyilvánítás

Ezt a tanulmányt a Sanghaji Önkormányzat Tudományos és Technológiai Bizottsága (No 08DJ1400604 és 10ZR1439400).

Szerzői információk

Hovatartozások

Endokrinológiai Osztály, Changzheng Kórház, Második Katonai Orvostudományi Egyetem, Sanghaj, 200003, Kína

Wei Tang, Jun-jie Zou, Xiang-fang Chen, Jiao-yang Zheng, Zhi-min Liu és Yong-quan Shi

Élettudományi és Technológiai Iskola, Tongji Egyetem, Sanghaj, 200003, Kína

A PubMed Google Scholar alkalmazásban is kereshet erre a szerzőre

A PubMed Google Scholar alkalmazásban is kereshet erre a szerzőre

A PubMed Google Scholar alkalmazásban is kereshet erre a szerzőre

A PubMed Google Scholar alkalmazásban is kereshet erre a szerzőre

A PubMed Google Scholar alkalmazásban is kereshet erre a szerzőre

A PubMed Google Scholar alkalmazásban is kereshet erre a szerzőre

A PubMed Google Scholar alkalmazásban is kereshet erre a szerzőre

Levelező szerzők

Jogok és engedélyek

Erről a cikkről

Idézd ezt a cikket

Tang, W., Zou, Jj., Chen, Xf. et al. Két polimorfizmus asszociációja belül és közelében SOCS3 elhízással rendelkező gén három nemzetiségben Kínában, Hszincsiang tartományban. Acta Pharmacol Sin 32, 1381–1386 (2011). https://doi.org/10.1038/aps.2011.84

Beérkezett: 2011. január 07

Elfogadva: 2011. május 9

Publikálva: 2011. szeptember 05

Kibocsátás dátuma: 2011. november

Kulcsszavak

  • elhízottság
  • SOCS3
  • polimorfizmusok
  • rs4969168
  • rs9892622
  • Kínai állampolgárság

További irodalom

A gyümölcs- és zöldségfogyasztás módosítja a 3 genetikai változatot jelző citokin szuppresszor és a 2-es típusú cukorbetegség közötti összefüggéseket

  • Xinling Qian
  • , Xiaotian Liu
  • , Zhenxing Mao
  • , Tanko Abdulai
  • , Xiaokang Dong
  • , Runqi Tu
  • , Yan Wang
  • , Xue Liu
  • , Zhicheng Luo
  • , Dou Qiao
  • , Chongjian Wang
  • & Yuqian Li

European Journal of Nutrition (2020)

A gén – gén és a gén – környezet kölcsönhatások vizsgálata a túlfogyasztás és az elhízással kapcsolatos fenotípusok közötti összefüggésben

  • François Tessier
  • , Bénédicte Fontaine-Bisson
  • , Jean-François Lefebvre
  • , Ahmed El-Sohemy
  • & Marie-Hélène Roy-Gagnon

Határok a genetikában (2019)

A transzkripptika, a metabolomika és a szövettan azt jelzi, hogy a magas szénhidráttartalmú étrend negatívan befolyásolja a tompa ormányos keszeg (Megalobrama amblycephala) máj egészségét

  • Wassana Prisingkorn
  • , Panita Prathomya
  • , Ivan Jakovlić
  • , Han Liu
  • , Yu-Hua Zhao
  • & Wei-Min Wang

BMC Genomics (2017)

A testtömeg-index és a vér DNS-metilációjának epigénszintű vizsgálata a Sister Study kohorsz résztvevőivel

  • L E Wilson
  • , S Harlid
  • , Z Xu
  • , D P Sandler
  • & J A Taylor

International Journal of Obesity (2017)