Szerin/treonin-protein-kináz mos

Megjegyzés pontszáma: 2 az 5-ből

Az annotációs pontszám heurisztikusan méri az UniProtKB bejegyzés vagy proteom annotációs tartalmát. Ez a pontszám nem tud felhasználható az annotáció pontosságának mérésére, mivel egyetlen fehérjéhez sem tudjuk meghatározni a „helyes annotációt”.

- A homológiából kikövetkeztetett fehérje i

Ez azt jelzi, hogy milyen típusú bizonyíték támasztja alá a fehérje létezését. Ne feledje, hogy a „fehérje létezés” bizonyíték nem ad információt a megjelenített szekvencia (k) pontosságáról vagy helyességéről.

A tartalom megtekintéséhez válasszon egy bal oldali részt.

Ez a szakasz hasznos információkat nyújt a fehérjéről, főleg biológiai ismeretekkel.

A Funkció szakasz ez az alfejezete leírja egy enzim katalitikus aktivitását, azaz egy kémiai reakciót, amelyet az enzim katalizál.

Katalitikus aktivitás i

Webhelyek

A Funkció szakasz ezen alfejezete leírja az egyetlen aminosav és egy másik kémiai entitás közötti kölcsönhatást. Elsőbbséget élvez a fiziológiai ligandumok annotációja.

Manuálisan hitelesített információ, amelyet az UniProtKB automatikus feliratozó rendszer generált.

Kézi állítás a szabályok szerint i

A Funkció szakasz ezen alfejezete enzimekre vonatkozik, és jelzi a katalízisben közvetlenül részt vevő maradékokat.

Kézi állítás a szabályok szerint i

Régiók

A Funkció szakasz ezen alfejezete leír egy olyan régiót a fehérjében, amely megköti a nukleotid-foszfátokat. Mindig több aminosavat tartalmaz, és magában foglalja a nukleotidkötésben részt vevő összes maradékot.

Kézi állítás a szabályok szerint i

A Gene Ontology (GO) projekt hierarchikus vezérlésű szókincset kínál, 3 kategóriára osztva:

GO - molekuláris funkció i

ATP-kötés Forrás: UniProtKB-KW
fehérje szerin/treonin kináz aktivitás Forrás: UniProtKB-KW

Az UniProtKB kulcsszavak hierarchikus felépítésű vezérelt szókincset alkotnak. A kulcsszavak összefoglalják az UniProtKB bejegyzés tartalmát, és megkönnyítik az érdekes fehérjék keresését.

Ez a szakasz információkat tartalmaz a fehérje és gén nevéről (neveiről) és szinonimáiról (szinonimáiról), valamint arról a szervezetről, amely a fehérjeszekvencia forrása.

Nevek és rendszertan i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete kimerítő felsorolást tartalmaz a fehérje összes nevéről, az általánosan használtaktól az elavultig, lehetővé téve a fehérje egyértelmű azonosítását.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete a bejegyzésben leírt fehérje szekvenciát kódoló gén (ek) nevét (neveit) jelöli. Négy különálló token létezik: 'Név', 'Szinonimák', 'Rendezett helynév' és 'ORF nevek'.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete információt nyújt a fehérjeszekvencia forrását jelentő szervezet nevéről (neveiről).

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete megmutatja az egyedi azonosítót, amelyet az NCBI a fehérje forrásszervezetéhez rendelt. Ezt „taxonómiai azonosítónak” vagy „taxidnak” nevezik.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete tartalmazza a forrásszervezet rendszertani hierarchikus osztályozási vonalát. Felsorolja a csomópontokat, amint azok felülről lefelé jelennek meg a taxonómiai fában, az általánosabb csoportosítással először.

Ez a szakasz a poszttranszlációs módosításokat (PTM) és/vagy a feldolgozási eseményeket ismerteti.

PTM/feldolgozás i

Molekulák feldolgozása

A „PTM/Feldolgozás” szakasz ezen alfejezete leírja a polipeptidlánc mértékét az érett fehérjében a feldolgozást vagy a proteolitikus hasítást követően.

Ez a szakasz információt nyújt a szekvenciák más fehérjékkel és a fehérjében lévő domén (ek) hasonlóságaival kapcsolatban.

Család és domainek i

Domainek és ismétlések

A Family and Domains szakasz ezen alfejezete leírja a tartomány helyzetét és típusát, amelyet a másodlagos struktúrák sajátos kombinációjaként definiálunk, jellegzetes háromdimenziós struktúrává vagy hajtássá szerveződve.

Kézi állítás a szabályok szerint i

A „Család és domének” szakasz ezen alfejezete információt nyújt a szekvencia hasonlóságáról más fehérjékkel.

Szekvencia hasonlóságok i

Kézi állítás a szabályok szerint i

Családi és domain adatbázisok

A fehérjecsaládok, domének és funkcionális helyek integrált forrása

Pfam protein domain adatbázis

Egyszerű moduláris architektúra-kutatási eszköz; fehérje domén adatbázis

A strukturális és funkcionális annotációk szupercsaládos adatbázisa

PROSITE; fehérje domén és család adatbázis

Ez a szakasz alapértelmezés szerint a kanonikus fehérje szekvenciát és kérésre megjeleníti az összes izoformát, amelyet a bejegyzés ismertet. Ez magában foglalja a szekvenciákra vonatkozó információkat is, beleértve a hosszúságot és a molekulatömeget. Az információkat különböző alfejezetekben tárolják. A jelenlegi alszakaszokat és azok tartalmát az alábbiakban soroljuk fel:

A Szekvencia szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzésben alapértelmezés szerint megjelenített kanonikus sorrend teljes-e vagy sem.

I szekvencia státusz: töredék.

Az ellenőrző összeg a redundancia-ellenőrzés egyik formája, amelyet a sorozatból számolnak. Hasznos a szekvenciafrissítések nyomon követésére.

Meg kell jegyezni, hogy bár elméletileg két különböző szekvenciának ugyanaz az ellenőrzőösszege lehet, ennek valószínűsége rendkívül alacsony.

Az UniProtKB azonban tartalmazhat azonos szekvenciájú bejegyzéseket több gén (paralóg) esetén.

Az ellenőrző összeget 64 bites ciklikus redundanciaellenőrzési értékként (CRC64) számítják ki a generátor polinomjának felhasználásával: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Az algoritmust az ISO 3309 szabvány írja le.

Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. és Vetterling W.T.
Ciklikus redundancia és egyéb ellenőrző összegek
Numerikus receptek a C 2. kiadásban, pp. 896-902, Cambridge University Press (1993)

Ellenőrző összeg: i DDAFE80F62DEED49

Kísérleti információk

A „Szekvencia” szakasz ezen alszekcióját a szekvenciafragmensekhez használják, jelezve, hogy a szekvencia végén található maradék nem a tényleges terminális maradék a teljes fehérjeszekvenciában.

Szekvencia adatbázisok

EMBL nukleotid szekvencia adatbázis

GenBank nukleotid szekvencia adatbázis

Japán DNA Data Bank; egy nukleotidszekvencia-adatbázis

Ez a szakasz olyan fehérjékhez mutat linkeket, amelyek hasonlóak az ebben a bejegyzésben leírt fehérje szekvenciához, a szekvencia azonossági küszöbértékeinek különböző szintjein (100%, 90% és 50%), az UniProt Reference Clusters (UniRef) tagságuk alapján.

Hasonló fehérjék i

Ez a szakasz a bejegyzésekkel kapcsolatos információkra mutat, és az UniProtKB-től eltérő adatgyűjteményekben található.

Szekvencia adatbázisok

3D struktúra adatbázisok

Összehasonlító fehérje-szerkezeti modellek adatbázisa

SVÁJC-MODELL Interaktív munkaterület

Családi és domain adatbázisok

ProtoNet; A fehérjék automatikus hierarchikus osztályozása

MobiDB: a fehérje rendellenességek és a mobilitás annotációk adatbázisa

Ez a szakasz általános információkat tartalmaz a bejegyzésről.

Belépési információk i

A „Bejegyzési információk” szakasz ezen alfejezete mnemonikus azonosítót biztosít az UniProtKB bejegyzéshez, de nem stabil azonosító. Minden felülvizsgált bejegyzéshez egyedi bejegyzésnevet rendelünk, amikor integráljuk az UniProtKB/Swiss-Prot programba.

A „Belépési információk” szakasz ezen alfejezete egy vagy több csatlakozási számot ad meg. Ezek stabil azonosítók, és fel kell használniuk az UniProtKB bejegyzések idézésére. Az UniProtKB-be történő integrálás után minden bejegyzéshez egyedi belépési számot rendelnek, amelyet „Elsődleges (hivatkozható) csatlakozási számnak” hívnak.

A „Bejegyzési információk” szakasz ezen alfejezete megmutatja a bejegyzés UniProtKB-be való integrálásának dátumát, az utolsó sorozatfrissítés és az utolsó annotáció-módosítás („Utolsó módosítás”) dátumát. Megjelenik mind a bejegyzés, mind a kanonikus sorrend verziószáma.

A „Belépési információk” szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzést manuálisan kommentálta és átnézte-e az UniProtKB kurátorai, vagy sem, más szóval, ha a bejegyzés az UniProtKB (áttekintették) vagy a számítógéppel kommentált TrEMBL szakaszra (át nem nézett).

Ez a szakasz tartalmaz olyan releváns információkat, amelyek nem illenek más meghatározott szakaszokba