ASAP (amint kiadható)

Leírás:
2020. december 7
Intrastrand fotoléziós képződés tio-szubsztituált DNS-ben: Esettanulmány, amely magában foglalja az egyszeres és több referencia módszereket
  • Vos Éva,
  • Thais R. Scott,
  • Jesús González-Vázquez*,
  • Inés Corral*,
  • Donald G. Truhlar*, és
  • Laura Gagliardi*

A kanonikus nukleobázisok thiált analógokkal történő helyettesítését a természetes DNS-ben a farmakológiában, a fotokemoterápiában és a strukturális biológiában használták fel. A tionukleobázisok a szomszédos timinekkel reagálva 6-4 pirimidin-pirimidon fototermékhez (6-4PPs) vezetnek, amelyek a DNS fotokárosodásának, különösen a földön belüli térhálós fotolionok egyik fő forrását jelentik. Itt kvantummechanikai számításokkal tanulmányozzuk a 6-4PP-k képződésének mechanizmusát a tionukleobázisokban. Többkonfigurációs pár-sűrűségű funkcionális elméletet, teljes aktív tér másodrendű perturbációs elméletet és Kohn – Sham sűrűség-funkcionális elméletet használunk. A tionukleobázisok fotokémiájának vizsgálata tisztázhatja ezen prodrogok reakciómechanizmusát, és meghatározhatja azt a szerepet, amelyet a triplett gerjesztett állapotok játszanak a természetes biopolimer fotolécióinak kialakulásában. Három különböző lehetséges mechanizmust mutatunk be a 6-4PP előállítására, és arra a következtetésre jutunk, hogy a többreferenciás megközelítések használata elengedhetetlen a potenciális energiafelület fontos jellemzőinek megragadásához.

physical

Elektrospray-tolókerekekből előállított ionos folyadékcsoportok: Mérettől függő sav-bázis kölcsönhatások hidegion-spektroszkópos aláírásai
  • Helen J. Zeng,
  • Thien Khuu,
  • Steven D. Chambreau*,
  • Jerry A. Boatz,
  • Ghanshyam L. Vaghjiani, és
  • Mark A. Johnson*

Meghatározzuk a 2-hidroxi-etil-hidrazinium-nitrát (HEHN) ionos folyadék (IL) hajtóanyagának játék közbeni intramolekuláris torzulásait, ami azt az érdekes esetet mutatja be, hogy a HEH + kationnak több helye van (azaz hidroxi-, primer amin- és szekunder ammóniumcsoportok) H-kötés a nitrát-anionnal. Ezeket a kölcsönhatásokat a hideg kationos klaszterek (HEH +) n (NO3–) n − 1, n = 2–6) rezgéssáv-mintáinak elemzésével számszerűsítjük, amelyeket a kriogén hűtésű, tömegesen kiválasztott ionok IR fotodisszociációjával kapunk. Az erős kölcsönhatás, amely magában foglalja a savas N – H proton részleges protontranszferjét a HEH + kationban a nitrát anionhoz, erősen fokozott a ternáris n = 2 klaszterben, de növekvő klasztermérettel elnyomott. A klaszter-spektrumok n = 5-ig visszanyerik az ömlesztett folyadék által megjelenített sávokat, ezáltal meghatározva a makroszkopikus viselkedés ezen aspektusának megragadásához szükséges minimális tartományt.

Bilirubin-dipirrinon alegység fotodinamikájának konformációs ellenőrzése: femtoszekundumos spektroszkópia kombinálva nonadiabatikus szimulációkkal
  • Jiří Janoš,
  • Dominik Madea,
  • Sadegh Mahvidi,
  • Taufiqueahmed Mujawar,
  • Jakub Švenda,
  • Jiří Suchan,
  • Petr Slavíček*, és
  • Petr Klán*
2020. december 6
A Tuplewise anyagábrázoláson alapuló gépi tanulás a pontos sávrés-előrejelzéshez
  • Gyoung S. Na,
  • Seunghun Jang,
  • Ja-Lee Lee*, és
  • Hyunju Chang*

A nyílt hozzáférésű anyagadatbázisok lehetővé tették számunkra, hogy a gépi tanulási módszerekkel teljesen új szemszögből közelítsünk a tudományos kérdésekhez. Itt, a nyílt hozzáférésű adatbázisok alapján, a klasszikus sávrés problémára összpontosítunk, hogy pontosan megjósolhassuk egy kristályos vegyület sávhézagját gépi tanulási megközelítéssel, újonnan kifejlesztett, duplán grafikus ideghálózatokkal (TGNN), amelyet automatikusan kitaláltunk. generálja a kristályszerkezetek bemeneti ábrázolását kétféle típusban, és a kristályszintű tulajdonságokat használja az egyik bemeneti jellemzőként. Módszerünk a hibrid funkciósávok és a GW közelítési szintek rendkívül pontos előrejelzését eredményezi több anyagadat számára, nagy számítási költség nélkül. Ezenkívül az előrejelzési modellünk alkalmazhatóságának bemutatásához a TGNN által megjósolt 45835 anyag GW-sávbeli rések adatait adjuk meg, amelyek nagyobb pontosságot mutatnak, mint a szokásos sűrűség-funkcionális elméleti számítások.

2020. december 4
A teljes elektron-ionizációs keresztmetszetek és a GC – MS kalibrációs tényezők előrejelzése a gépi tanulás segítségével
  • Arnab Bose és
  • Phillip R. Westmoreland*

Az elektronionizációs tömegspektrometriával végzett GC – MS koncentrációkat tiszta kalibrációs standardok nélkül lehet meghatározni a relatív teljes ionizációs keresztmetszetek előrejelzésével. Atom- és csoportalapú mesterséges idegháló (FF-NN-AG) modell jön létre az EI keresztmetszetek és kalibrációk előállításához a szerves vegyületek számára. Ez a modell könnyen megvalósítható és pontosabb, mint Fitch és Sauter széles körben alkalmazott atom-additivitáson alapuló korrelációja (Anal. Chem. 1983). A kísérleti EI keresztmetszetek (70–75 eV) kilencvenkét új mérése összekapcsolódik különböző laboratóriumok közötti adatkészletekkel, létrehozva az eddigi legnagyobb 396 vegyületű keresztmetszetű adatbázist. Az FF-NN-AG modell 16 atom típusú leírót, 79 szerkezeti csoport leírót és egy 10 csomóból álló rejtett réteget használ, 500-szor képezve. Minden ciklusban az adatbázisban szereplő vegyületek 96% -át véletlenszerűen választják ki, majd a modellt a fennmaradó 4% -kal tesztelik. Az eredményül kapott r2 0,992, szemben a Fitch és Sauter korreláció 0,904 értékével, a négyzetes középérték eltérése 2,8 és 9,2, a maximális relatív hiba pedig 0,30 és 0,73. A modell használatának példájaként a keresztmetszetek listája készül a különféle cukrok és anhidroszukrok esetében.

A nukleinsavbázisok magassági gerjesztési energiája, a Kohn-Sham Density funkcionális elmélet orbitális energiájaként kifejezve nagy hatótávolságú korrigált funkcionálokkal
  • Kimihiko Hirao*,
  • Takahito Nakajima,
  • Bun Chan,
  • Jong-Won Song, és
  • Han-Seok Bae

A timin, az adenin, a citozin és az uracil magelektronkötési energiáit (CEBE) és magszintű gerjesztési energiáit Kohn – Sham (KS) módszerrel vizsgálják, nagy hatótávolságú korrigált (LC) funkcionálokkal. A CEBE-ket a sűrűség-funkcionális elmélet Koopmans-típusú tétele alapján becsüljük meg. A gerjesztési energiákat a magtól a valencia π * és a Rydberg állapotig a semleges szülő/kation magszintű pályái és kationjának nem használt π * vagy Rydberg pályái közötti orbitális energiakülönbségekként számoljuk. A modell intuitív, és a spektrumok könnyen hozzárendelhetők. Az alapvető gerjesztési energiák az oxigén 1-től, a nitrogén 1-től és a szén-1-től a π * és Rydberg állapotig, valamint a kémiai elmozdulások jól egyeznek a korábban közölt elméleti és kísérleti adatokkal. A KS pályák egyszerű használata ebben a sémában azzal az előnnyel jár, hogy hatékonyan alkalmazható olyan nagy rendszereknél, mint a biomolekulák és a nanoanyagok.

Az adszorbeált víz hatása a limonén és hidroxilezett SiO2 kölcsönhatására: A π-hidrogén kötés következményei nedves környezeti felületekre
  • Elianna S. Frank,
  • Hanyu Fan,
  • Mona Shrestha,
  • Saleh Riahi,
  • Douglas J. Tobias*, és
  • Vicki H. Grassian*
A FeFe-hidrogenáz proton redukciójának energetikája
  • Per E. M. Siegbahn* és
  • Rong-Zhen Liao*
Javítás „Az ózon rezgési rezonanciáinak szerepe az izotópcsere reakcióban 16 O 16 O + 18 O → 16 O 18 O + 16 O: Az időtől függő kép”
  • Chi Hong Yuen,
  • David Lapierre,
  • Fabien Gatti,
  • Viatcheslav Kokoouline, és
  • Vladimir G. Tyuterev*
2020. december 3
Karboxilátligandumokkal rendelkező CdS-klaszterek tulajdonságainak szisztematikus vizsgálata a sűrűség-funkcionális elméleti számítások adatai alapján kifejlesztett mély neurális hálózati potenciál felhasználásával
  • Kiet A. Nguyen*,
  • Ruth Pachter*, és
  • N. Pál napja

Noha a CdS szervetlen magjának atomi szempontból pontos kvantumpontjainak struktúrájáról számoltak be, ezekben az anyagokban a fém-karboxilát koordináció jellegének jellemzése továbbra is kihívást jelent a lehetséges izomerek nagy száma miatt. Az első elvek módszerével kiszámított számítási költség egy ilyen konfigurációs keresésnél megfizethetetlen, empirikus lehetőségek nem állnak rendelkezésre. Ebben a munkában mély neurális hálózati algoritmusokat alkalmaztunk a CdS-klaszterek karboxilát ligandumokkal történő potenciáljának képzésére a sűrűség-funkcionális elméleti számításokból nyert energiák és gradiensek adatbázisának felhasználásával. A levezetett potenciál energiákat és gradienseket adott referenciaszerkezetek összessége alapján. Képzett potenciálunkat ezután felgyorsították a genetikai algoritmusok és a molekuladinamikai szimulációk alacsony energiájú struktúrák kereséseinek, amelyeket viszont felhasználtak a röntgendiffrakciós és az elektronikus abszorpciós spektrumok kiszámításához. A karboxilát ligandumokkal rendelkező CdS-klaszterekre vonatkozó, elemzett és a kísérleti eredményekkel összehasonlított eredményeink azt mutatták, hogy egy olyan klaszter szerkezete, amelynek tulajdonságai jobban egyeznek a kísérletekkel, eltérhet a korábban feltételezettektől.

Specifikus hálózati helyszínek hozzájárulása az interfaciális víz diffúz rezgésspektrumához hideg klaszterek izotópomer-szelektív spektroszkópiájával
  • Nan Yang,
  • Thien Khuu,
  • Sayoni Mitra,
  • Chinh H. Duong,
  • Mark A. Johnson*,
  • Ryan J. DiRisio,
  • Anne B. McCoy*,
  • Evangelos Miliordos, és
  • Sotiris S. Xantheas*
Két színű, rezonáns, kétfoton foton tömeggel elemzett 2,4-difluor-anizol küszöb-ionizációja és az ionizációs energia additivitási viszonya
  • Sheng Yuan Tzeng,
  • Kaito Takahashi, és
  • Wen Bih Tzeng*

A 2,4-difluor-anizol vibrációs, fotoionizációs hatékonysági és kation-spektrumának rögzítésére a kétszínű rezonáns kétfotonionizálást és a tömegesen elemzett küszöb-ionizációs spektroszkópiai technikákat használtuk. A kation-spektrumokat hét közbenső vibrációs állapoton keresztüli ionizációval nyertük, amelyek síkon kívüli – F, síkbeli – F és gyűrű – OCH3 hajlító rezgéseket, valamint síkbeli gyűrűdeformációs rezgéseket érintettek. A 2,4-difluor-anizol S1 ← S0 elektronikus átmenetének sávos eredete 35 556 ± 2 cm – 1 értéknél jelent meg, és az adiabatikus ionizációs energiát 67 568 ± 5 cm – 1 értékre határozták meg. A kísérleti adatok információkat szolgáltattak a fent említett vegyület aktív rezgéseiről az S1 elektronikusan gerjesztett állapotban és a D0 alapkationos állapotban. Az ebben a vizsgálatban kapott 2,4-difluor-anizolra vonatkozó kísérleti adatok összehasonlítása a korábbi vizsgálatokban más fluor-szubsztituált benzolokkal kapott adatokkal azt mutatta, hogy a szubsztituensek jellege, elhelyezkedése és száma befolyásolja az elektronikus átmeneti energiát, az ionizációs energiát és a molekuláris rezgés. Ezenkívül létezhet egyszerű additási összefüggés a többszörösen szubsztituált benzolszármazékok ionizációs energiájának előrejelzéséhez.

2020. december 2
A radikális – radikális reakció kísérleti és elméleti vizsgálata: N2H3 + NO2
  • Ghanshyam L. Vaghjiani*,
  • Hongyan Sun*, és
  • Steven D. Chambreau
A mag – adszorbát kölcsönhatások mint a heterogén butanol és dietilén-glikol nukleációjának kulcsa az ammónium-biszulfáton és a tetrametil-ammónium-bromidon
  • Fatemeh Keshavarz*,
  • Theo Kurtén,
  • Hanna Vehkamäki, és
  • Juha Kangasluoma
Látható, közeli infravörös és kettős tartományú lumineszcencia, amely a gallium (III)/lantanid (III) fémkoronaszerkezettel érzékenyített 4f sorozatú
  • Elvin V. Salerno,
  • Svetlana V. Eliseeva*,
  • Bernadette L. Schneider,
  • Jeff W. Kampf,
  • Stéphane Petoud*, és
  • Vincent L. Pecoraro*
Spektroszkópiai/kötvénytulajdonság-viszony a 11. csoportban dihidridek relativisztikus négykomponensű módszerekkel
  • Diego Sorbelli,
  • Matteo De Santis,
  • Paola Belanzoni*, és
  • Leonardo Belpassi*
Negatív ionrezonanciaállapotok: A Fock-Space Coupled-Cluster Way
  • Suhita Basumallick*,
  • Y Sajeev*,
  • Sourav Pal*, és
  • Nayana Vaval*
1,3,5-triamino-2,4,6-trinitrobenzol nagynyomású állapotegyenlete: betekintés a monoklinikus fázisátmenetbe, a hidrogénkötésbe és az anharmonicitásba
  • Brad A. Steele,
  • Elissaios Stavrou,
  • Vitali B. Prakapenka,
  • Matthew P. Kroonblawd és
  • I-Feng W. Kuo*
2020. december 1
Diszperzióval korrigált DFT módszerek a nukleáris mágneses rezonancia kristályográfiában
  • Sean T. Holmes,
  • Cameron S. Vojvodin, és
  • Robert W. Schurko*