A probiotikus Bifidobacterium longum subsp. Genomszekvenciájának tervezete. longum MC-42 törzs

ABSZTRAKT

Itt közöljük a Bifidobacterium longum subsp. egészséges csecsemő ürülékéből izolált longum MC-42 törzs, amelyet a kereskedelemben kapható Biovestin probiotikus termékben alkalmaztak.

GENOME KÖZLEMÉNY

Az Actinobacteria csoporthoz tartozó bifidobaktériumok Gram-pozitív baktériumok, magas G + C tartalommal, amelyek általában megtalálhatók az emberi gyomor-bél traktusban (1). A Bifidobacterium nemzetség tagjait általában probiotikus szervezetekként használják, amelyek egészségügyi előnyökkel járnak a gazdaszervezet számára (2). A Bifidobacterium longumot széles körben használják probiotikumként, mivel a gyomorszállítás során ellenáll a magas savas környezettel szemben (3, 4). Itt mutatjuk be a B. longum subsp. egészséges csecsemő székletéből izolált longum MC-42 törzs, amelyet a kereskedelemben kapható Biovestin probiotikus termékben használtak.

A B. longum genomi DNS-ét a tenyésztett sejtekből GeneJET genomiális DNS-tisztító készlet (Thermo Scientific) felhasználásával izoláltuk a gyártó utasításainak megfelelően. Ezután a genomi DNS-t levágtuk egy microTUBE AFA szálas pattintósapkában, Covaris S2 eszköz (Covaris) alkalmazásával, közepes méretű fragmentumok eloszlása körülbelül 500 bp. A párosított könyvtárat az Illumina (NEB) NEBNext Ultra DNS könyvtár előkészítő készletével készítettük el. A B. longum könyvtár teljes genom-szekvenálását MiSeq genom-szekvenszeren (2 × 300 ciklus, Illumina) végeztük az SB RAS Genomics Core Facility-ben (ICBFM SB RAS, Novosibirsk, Oroszország). A teljes genomot de novo módon állítottuk össze a CLC Genome Workbench v8.5 szoftverrel (CLC Bio). Az automatikus funkcionális annotációs eredményeket az NCBI Prokarióta Genom Annotációs Pipeline (PGAAP) segítségével nyertük (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/).

Összesen 924 022 leolvasást generáltak a B. longum genomból. Az olvasmányokat 2 287 827 nukleotid vázlatgenomra állítottuk össze 80-szoros lefedettség mellett, 59,8% G + C-tartalommal. A genomszekvencia 29 folytatásból áll. A B. longum MC-42 genom 1827 kódoló szekvenciát, négy rRNS operont és 51 tRNS gént tartalmaz. Összesen 46 pszeudogént, három nem kódoló RNS (ncRNS) gént, két rendszeresen interspace rövid rövid palindromikus ismétlés (CRISPR) rendszer klaszterét és 22 frame shiftelt gént jósoltunk meg PGAAP alkalmazásával.

Hozzáférési szám (ok). A B. longum teljes genomú lövegprojektjét az LNCM00000000 csatlakozási szám alatt helyezték el a GenBankban.

KÖSZÖNETNYILVÁNÍTÁS

Ezt a kutatást a „Biovesta” zárt részvénytársaság (Novoszibirszk, Oroszország) finanszírozta.

LÁBJEGYZETEK

2016. október 21-én érkezett.
Elfogadva 2016. október 24.
Publikálva 2016. december 15.

Ez egy nyílt hozzáférésű cikk, amelyet a Creative Commons Attribution 4.0 International licenc feltételei szerint terjesztenek.