Az étrend-összetétel befolyásolja a máj- és emlőszövet transzkripciót a primiparous holstein tejelő teheneknél

A Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) útvonalainak fő kategóriáinak és alkategóriáinak összefoglalása a kukoricaállomány (CS) emlő (M) és máj (L) szövetének transzkripptikus hatásának eredményeként a kevert takarmányhoz (MF) képest tejelő tehenek aránya a dinamikus hatás megközelítés elemzésével. A jobb oldalon található a sáv, amely az összhatást jelzi (kék színnel), és az árnyék az útvonalra gyakorolt ​​hatást jelzi (a zöldtől - gátolt - pirosig - aktiválva). Sötétebb színnel nagyobb az út aktiválása (ha piros) vagy gátlása (ha zöld).

A 10 leghatékonyabb út a májban (CS/MF máj), az emlőben (CS/MF emlő), valamint a máj és az emlő (CS/MF) kukoricaállományban (CS) összehasonlítva a tejelő tehenek vegyes takarmány (MF) adagjával a Dynamic Impact Approach fedi fel. A jobb oldalon található a sáv, amely az összhatást jelöli (kék színnel), és az árnyék az útvonalra gyakorolt ​​hatást jelzi (a zöldtől - gátolt - pirosig - aktiválva). Sötétebb színnel nagyobb az út aktiválása (ha piros) vagy gátlása (ha zöld).

A Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) elemzésével feltárt funkcionális elemzési eredmények a kukoricaállomás (CS) által szabályozott feliratok felfelé (az ábrán piros árnyalatban) vagy lefelé (az ábrán kék árnyalatban) összehasonlítva kevert takarmányhoz (MF) mind a májban, mind az emlőben (CS/MF), önmagában a májszövetben (CS/MF máj) vagy önmagában az emlőszövetben (CS/MF emlő). GO_MF: gén ontológia molekuláris funkció; GO_CC: génontológiai sejtkomponens; GO_BP: Génontológiai biológiai folyamat; KEGG: Kiotói gének és genomok enciklopédiája.

A máj és az emlő funkcionális annotációja CS-ben (kukoricakutya) a ClueGO által feltárt MF-hez (kevert takarmány) képest. Az alábbiakban bemutatjuk a gazdagított kifejezéseket DEG-ben a CS és az MF között. Különösen: (A) lefelé szabályozott DEG a májban; (B) felfelé szabályozott DEG a májban; C: lefelé szabályozott DEG az emlőszövetben; (D) felfelé szabályozott DEG az emlőszövetben. A csomópontok mérete tükrözi az egyes kifejezések statisztikai szignifikanciáját. Nagyobb a csomópont mérete, kisebb a P értéke. Az egyes csoportok nevét a csoport legjelentősebb kifejezés/útja adja. A csomópontokat a hozzájuk tartozó gének hasonlósága szerint csoportosítjuk. A hatszögben lévő csomópontok a GO Cellular Component kifejezéseit jelentik; a nyolcszögletű csomópontok a GO molekuláris függvény kifejezéseit képviselik; a téglalap alakú csomópontok a KEGG útvonalat képviselik. A piros betűs szimbólumokkal ellátott kis körök a megfelelő kifejezésekhez vagy utakhoz tartozó géneket jelentik.

Egyszerű összefoglalás

Absztrakt

teljes

A Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) útvonalainak fő kategóriáinak és alkategóriáinak összefoglalása a kukoricaállomány (CS) emlő (M) és máj (L) szövetének transzkripptikus hatásának eredményeként a kevert takarmányhoz (MF) képest tejelő tehenek aránya a dinamikus hatás megközelítés elemzésével. A jobb oldalon található a sáv, amely az összhatást jelzi (kék színnel), és az árnyék az útvonalra gyakorolt ​​hatást jelzi (a zöldtől - gátolt - pirosig - aktiválva). Sötétebb színnel nagyobb az út aktiválása (ha piros) vagy gátlása (ha zöld).

A 10 leghatékonyabb út a májban (CS/MF máj), az emlőben (CS/MF emlős), valamint a máj és az emlő (CS/MF) kukoricaállományban (CS) összehasonlítva a tejelő tehenek vegyes takarmány (MF) adagjával a Dynamic Impact Approach fedi fel. A jobb oldalon található a sáv, amely az összhatást jelöli (kék színnel), és az árnyék az útvonalra gyakorolt ​​hatást jelzi (a zöldtől - gátolt - pirosig - aktiválva). Sötétebb színnel nagyobb az út aktiválása (ha piros) vagy gátlása (ha zöld).

A Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) elemzésével feltárt funkcionális elemzési eredmények a kukoricaállomás (CS) által szabályozott feliratok felfelé (az ábrán piros árnyalatban) vagy lefelé (az ábrán kék árnyalatban) összehasonlítva kevert takarmányhoz (MF) mind a májban, mind az emlőben (CS/MF), önmagában a májszövetben (CS/MF máj) vagy önmagában az emlőszövetben (CS/MF emlő). GO_MF: gén ontológia molekuláris funkció; GO_CC: génontológiai sejtkomponens; GO_BP: Génontológiai biológiai folyamat; KEGG: Kiotói gének és genomok enciklopédiája.

A máj és az emlő funkcionális annotációja CS-ben (kukoricakutya) a ClueGO által feltárt MF-hez (kevert takarmány) képest. Az alábbiakban bemutatjuk a CS és az MF közötti gazdagított kifejezéseket DEG-ben. Különösen: (A) lefelé szabályozott DEG a májban; (B) felfelé szabályozott DEG a májban; C: lefelé szabályozott DEG az emlőszövetben; (D) felfelé szabályozott DEG az emlőszövetben. A csomópontok mérete tükrözi az egyes kifejezések statisztikai szignifikanciáját. Nagyobb a csomópont mérete, kisebb a P értéke. Az egyes csoportok nevét a csoport legjelentősebb kifejezés/útja adja. A csomópontokat a hozzájuk tartozó gének hasonlósága szerint csoportosítjuk. A hatszögben lévő csomópontok a GO Cellular Component kifejezéseit jelentik; a nyolcszögletű csomópontok a GO molekuláris függvény kifejezéseit képviselik; a téglalap alakú csomópontok a KEGG útvonalat képviselik. A piros betűs szimbólumokkal ellátott kis körök a megfelelő kifejezésekhez vagy útvonalakhoz tartozó géneket jelentik.