Az Escherichia coli 50S alegység nagy felbontású krio-elektronmikroszkópos szerkezete és a nukleotid módosítások validálása

Keresse meg ezt a szerzőt a Google Tudósban
Keresse meg ezt a szerzőt a PubMed oldalon
Keresse meg ezt a szerzőt ezen a webhelyen
ORCID rekord Adam Frost számára
Levelezés céljából: danica.fujimori @ ucsf.edujfraser @ fraserlab.comadam.frost @ ucsf.edu

Keresse meg ezt a szerzőt a Google Tudósban
Keresse meg ezt a szerzőt a PubMed oldalon
Keresse meg ezt a szerzőt ezen a webhelyen
ORCID rekord Danica Galonić Fujimori számára
Levelezés céljából: danica.fujimori @ ucsf.edujfraser @ fraserlab.comadam.frost @ ucsf.edu

ABSZTRAKT

A poszttranszkripciós riboszomális RNS (rRNS) módosítások minden organizmusban jelen vannak, de ezek pontos funkcionális szerepét és helyzetét még nem kell teljes mértékben jellemezni. A módosított nukleotidok szerepet játszanak az RNS szerkezetének stabilizálásában, a riboszóma biogenezisének és a fehérjeszintézis szabályozásában. Bizonyos esetekben az rRNS-módosítások antibiotikum-rezisztenciát okozhatnak. Nagy felbontású riboszómaszerkezetekre van szükség tehát a módosított nukleotidok helyzetének pontos meghatározásához, ezt a feladatot korábban röntgenkristályográfiával hajtották végre. Itt bemutatjuk az Escherichia coli (E. coli) 50S alegység krio-elektronmikroszkópos (krio-EM) szerkezetét 2,2Å átlagos felbontással, mint további megközelítést a módosítási helyek feltérképezéséhez. Szerkezetünk megerősíti a 23S rRNS-ben található ismert módosításokat, és emellett lehetővé teszi az Mg 2+ ionok és azok koordinált vízmolekuláinak lokalizálását. A krio-EM szerkezetünket tesztágyként használva kidolgoztunk egy programot a poszttranszkripciós rRNS módosítások azonosítására krio-EM térkép segítségével. Ez a program könnyen használható bármely RNS-t tartalmazó krio-EM struktúrán, és a hozzá tartozó Coot plugin lehetővé teszi az érvényesített módosítások vizualizálását, ezáltal rendkívül hozzáférhetővé teszi.