Az FTO haplotipizálása kiemeli az elhízás kockázatát az európai lakosság körében

Hovatartozások

  • 1 Szövetségi Kutatóközpont Citológiai és Genetikai Intézet SB RAS, Lavrentieva Ave 10, Novoszibirszk, Oroszország, 630090. [email protected].
  • 2 Novoszibirszki Állami Egyetem, 2 Pirogova Str., Novoszibirszk, Orosz Föderáció, 630090. [email protected].
  • 3 Szövetségi Kutatóközpont Citológiai és Genetikai Intézet SB RAS, 10 Lavrentieva Ave, Novoszibirszk, Oroszország, 630090.
  • 4 Novoszibirszki Állami Egyetem, 2 Pirogova Str., Novoszibirszk, Oroszország, 630090.
  • 5 Dél-afrikai Nemzeti Bioinformatikai Intézet/SAMRC Bioinformatikai kapacitásfejlesztési egység, Nyugat-Fokföldi Egyetem, Fokváros, 7535, Dél-Afrika.
  • PMID: 30871540
  • PMCID: PMC6417164
  • DOI: 10.1186/s12920-019-0491-x
Ingyenes PMC cikk

Szerzői

Hovatartozások

  • 1 Szövetségi Kutatóközpont Citológiai és Genetikai Intézet SB RAS, Lavrentieva Ave 10, Novoszibirszk, Oroszország, 630090. [email protected].
  • 2 Novoszibirszki Állami Egyetem, 2 Pirogova Str., Novoszibirszk, Orosz Föderáció, 630090. [email protected].
  • 3 Szövetségi Kutatóközpont Citológiai és Genetikai Intézet SB RAS, 10 Lavrentieva Ave, Novoszibirszk, Oroszország, 630090.
  • 4 Novoszibirszki Állami Egyetem, 2 Pirogova Str., Novoszibirszk, Oroszország, 630090.
  • 5 Dél-afrikai Nemzeti Bioinformatikai Intézet/SAMRC Bioinformatikai kapacitásfejlesztési egység, Nyugat-Fokföldi Egyetem, Fokváros, 7535, Dél-Afrika.

Absztrakt

Háttér: A zsírtömeg és az elhízáshoz társuló (FTO) gén szoros vizsgálat alatt áll, mióta 2007-ben számos publikáció felfedezte annak nagy hatását az elhízás állapotára. Az adipocitákra gyakorolt ​​hatásáról szóló legújabb jelentés hangsúlyozta molekuláris és funkcionális mechanikáját a patológiában. Ennek ellenére a lokuszszerkezet népességspecifikus jellemzőit nem közelítették meg részletesen.

kiemeli

Mód: Elemeztük az FTO genomi lokusz populációspecifikus haplotípusprofiljait, amelyeket a Genome Wide Association Studies (GWAS) azonosított a magas elhízási kockázat szempontjából, 4 kontinentális csoport tizennyolc 1000G populációjának vizsgálatával. A GWAS SNP-klaszter az FTO 1 gén intronjában helyezkedik el, kb. 70 kb.

Eredmények: Rekonstruáltuk a lokusz ősi állapotát, amely az összes populációban megtalálható alacsony kockázatú fő allélt és két kisebb kockázattal összefüggő allélt tartalmazott, amelyek mindegyike specifikusan az afrikai és az európai populációkra vonatkozik. A lokuszszerkezet és allélfrekvencia-eloszlása ​​kiemeli a magas kockázatú allélfrekvenciát, kifejezetten az európai lakosság számára. A dél-ázsiai populációkban a második leggyakoribb a kockázati allél, míg a legkisebb a kelet-ázsiai populációkban. Az afrikai népességspecifikus kisebb allél csak részben társult kockázattal. A vizsgált GWAS SNP-k mindegyike a kontinentális csoportokban alacsony kockázatú allélokként jelenik meg referencia (fő) allélként (p> 0,5). Meglepő módon kiderült, hogy a közelmúltban ok-okozati SNP-ként közölt rs1421085 monomorf az ős (afrikai) populációkban, ami a gyors rögzülés során lehetséges szelekciós seprésre utal, amint arról korábban beszámoltunk.

Következtetés: A megfigyelések hangsúlyozzák a FTO-val összefüggő különböző kockázatokat a genetikailag kötött elhízás népességspecifikus epidemiológiájának megnyilvánulásában. Az eredmények azt sugallják, hogy az FTO lokusz az egyik fő genetikai meghatározó tényező az elhízás kockázatához a GWAS SNP-kből.

Kulcsszavak: FTO gén; Genomika; Haplotípusok; Elhízottság; A populációgenetika.