Nem specifikus lipid transzfer fehérjék a Triticum kiharae Dorof-ban. et Migush .: Azonosítás, jellemzés és kifejezésprofil a kórokozókra és rezisztenciainduktorokra adott válaszban

Az egymáshoz igazított nyolc-cisztein motívum (ECM) szekvenciák logó diagramjai minden egyes Triticum kiharae lipid-transzfer fehérje (TkLTP) típushoz. Az aminosavmaradék magassága tükrözi megőrzési szintjét. Az x tengelyen a számok jelzik a maradék helyzetét az ECM-ben. Az y tengelyen az információ tartalma bitben jelenik meg.

A TkLTP1.36 (A), a TkLTP2.21 (B) és a TkLTPd7.1 (C) háromdimenziós szerkezete és cisztein-párosítási mintázata. A diszulfidkötéseket sárga színnel mutatjuk be.

A T. kiharae és az A. thaliana feltételezett nsLTP-jeinek filogenetikus fája. Az érett nsLTP-k aminosav-szekvenciáit használtuk fel a filogenetikai fa felépítéséhez a MEGA7 szoftverrel. A T. kiharae nsLTP-k rózsaszín körökkel vannak jelölve, az A. thalianaé háromszögekkel. Az A. thaliana nsLTP-k csatlakozási számait az S4 táblázat mutatja. Az nsLTPs típusokat különböző színű ágak jelzik: 1. típus - kék, 2. típus - rózsaszín, D típus - zöld, G típus - piros és X típus - fekete. A rendszerindítást 10 000 alkalommal hajtották végre, hogy minden ághoz támogatási értékeket kapjunk.

A differenciálisan expresszált TkLTP gének hőtérképei. (A) 50 CPM alatti expressziós szinttel rendelkező gének az összes transzkriptómban. (B) Gének, amelyek expressziós szintje legalább egy transzkriptómban 50 CPM felett volt. A jelölések a következők: Cont, Ind, Inf és IR, kontroll, indukált, fertőzött és IR-expresszáló palánták.

Differenciálisan expresszált TkLTP gének T. kiharae transzkriptómokban (az expresszált TkLTP gének teljes számának% -ában kifejezve). A szabályozatlan géneket (az expressziós hajtás változása ≥ 2) narancssárga színnel mutatjuk a lefelé szabályozott TkLTP géneket (expressziós hajtásváltozás ≤ 0,5) kék színnel tüntettük fel; A TkLTP gének, amelyek expressziós szintje nem változott, rózsaszínűek. Az ábrák felett a megnevezések a következők: Ind/Cont, elicitor-kezelt versus kontroll; Inf/Cont, fertőzött kontra kontroll, IR/Cont, IR-kijelző versus kontroll; IR/Ind, IR-expresszáló versus elicitor-kezelt; IR/Inf, IR-expresszáló vagy F. oxysporum-fertőzött; Inf/Ind, fertőzött versus elicitorral kezelt.

Venn-diagram, amely bemutatja a specifikusan fel- vagy lefelé szabályozott TkLTP gének számát (összehasonlítva a kontrollal) az elicitorral kezelt (Ind), F. oxysporummal fertőzött (Inf) és IR-t megjelenítő T. kiharae palántákban, valamint a hasonlóan expresszált TkLTP-kben mindhárom transzkriptóm. (A) Felszabályozott TkLTP gének. (B) Alulszabályozott TkLTP gének. Felfelé szabályozott TkLTP gének esetében az expressziós változás változása ≥2, a lefelé szabályozott esetében pedig ≤0,5.

Venn-diagram, amely bemutatja a TkLTP gének számát, amelyek specifikusan fel vagy le vannak szabályozva az IR-t megjelenítő palántákban, összehasonlítva az elicitorral kezelt (Ind) és F. oxysporummal fertőzött (Inf) palántákkal, valamint mindkét transzkriptómban hasonlóan expresszált TkLTP génekkel. (A) Felszabályozott TkLTP gének. (B) Alulszabályozott TkLTP gének. Az uregulált TkLTP gének esetében az expressziós változás változása ≥2, a lefelé szabályozottnál ≤0,5.

qRT-PCR expressziós szintek validálása kiválasztott TkLTP géneknél. A relatív expressziós értékeket normalizáltuk az rli gén felhasználásával belső kontrollként, és a kontroll értékekhez viszonyítva standardizáltuk. Az elemzéseket három példányban hajtották végre; oszlopok a szórást jelentik.

Absztrakt

kórokozók

Az egymáshoz igazított nyolc-cisztein motívum (ECM) szekvenciák logó diagramjai az egyes Triticum kiharae lipid-transzfer fehérjék (TkLTP) típusokhoz. Az aminosavmaradék magassága tükrözi megőrzési szintjét. Az x tengelyen a számok jelzik a maradék helyzetét az ECM-ben. Az y tengelyen az információ tartalma bitben jelenik meg.

A TkLTP1.36 (A), a TkLTP2.21 (B) és a TkLTPd7.1 (C) háromdimenziós szerkezete és cisztein-párosítási mintázata. A diszulfid-kötéseket sárga szín mutatja.

A T. kiharae és az A. thaliana feltételezett nsLTP-jeinek filogenetikus fája. Az érett nsLTP-k aminosav-szekvenciáit használtuk fel a filogenetikai fa felépítésére a MEGA7 szoftverrel. A T. kiharae nsLTP-k rózsaszín körökkel vannak jelölve, az A. thalianaé háromszögekkel. Az A. thaliana nsLTP-k csatlakozási számait az S4 táblázat mutatja. Az nsLTPs típusokat különböző színű ágak jelzik: 1. típus - kék, 2. típus - rózsaszín, D típus - zöld, G típus - piros és X típus - fekete. A rendszerindítást 10 000 alkalommal hajtották végre, hogy minden ághoz támogatási értékeket kapjunk.

A differenciálisan expresszált TkLTP gének hőtérképei. (A) 50 CPM alatti expressziós szinttel rendelkező gének az összes transzkriptómban. (B) Gének, amelyek expressziós szintje legalább egy transzkriptómban 50 CPM felett volt. A jelölések a következők: Cont, Ind, Inf és IR, kontroll, indukált, fertőzött és IR-expresszáló palánták, ill.

Differenciálisan expresszált TkLTP gének T. kiharae transzkriptómokban (az expresszált TkLTP gének teljes számának% -ában kifejezve). A szabályozatlan géneket (az expressziós hajtás változása ≥ 2) narancssárga színnel mutatjuk a lefelé szabályozott TkLTP géneket (expressziós hajtásváltozás ≤ 0,5) kék színnel tüntettük fel; A TkLTP gének, amelyek expressziós szintje nem változott, rózsaszínűek. Az ábrák felett a megnevezések a következők: Ind/Cont, elicitor-kezelt versus kontroll; Inf/Cont, fertőzött kontra kontroll, IR/Cont, IR-kijelző versus kontroll; IR/Ind, IR-expresszáló versus elicitor-kezelt; IR/Inf, IR-t expresszáló és F. oxysporum-fertőzött; Inf/Ind, fertőzött versus elicitorral kezelt.

Venn-diagram, amely bemutatja a specifikusan fel- vagy lefelé szabályozott TkLTP gének számát (összehasonlítva a kontrollal) az elicitorral kezelt (Ind), F. oxysporummal fertőzött (Inf) és IR-t megjelenítő T. kiharae palántákban, valamint a hasonlóan expresszált TkLTP-kben mindhárom transzkriptóm. (A) Felszabályozott TkLTP gének. (B) Alulszabályozott TkLTP gének. Felfelé szabályozott TkLTP gének esetében az expressziós változás változása ≥2, lefelé szabályozott esetén pedig ≤0,5.

Venn-diagram, amely bemutatja a TkLTP gének számát, amelyek specifikusan fel vagy le vannak szabályozva az IR-t megjelenítő palántákban, összehasonlítva az elicitorral kezelt (Ind) és F. oxysporummal fertőzött (Inf) palántákkal, valamint mindkét transzkriptómban hasonlóan expresszált TkLTP génekkel. (A) Felszabályozott TkLTP gének. (B) Alulszabályozott TkLTP gének. Az uregulált TkLTP gének esetében az expressziós változás változása ≥2, a lefelé szabályozottnál ≤0,5.

qRT-PCR expressziós szintek validálása kiválasztott TkLTP géneknél. A relatív expressziós értékeket normalizáltuk az rli gén felhasználásával belső kontrollként, és a kontroll értékekhez viszonyítva standardizáltuk. Az elemzéseket három példányban hajtották végre; oszlopok a szórást jelentik.