Laminin alfa-4 alegység

LAMA4

Annotációs pontszám: 5 az 5-ből

Az annotációs pontszám heurisztikusan méri az UniProtKB bejegyzés vagy proteom annotációs tartalmát. Ez a pontszám nem tud felhasználható az annotáció pontosságának mérésére, mivel egyetlen fehérjéhez sem tudjuk meghatározni a „helyes annotációt”.

- Kísérleti bizonyítékok fehérje szinten i

Ez azt jelzi, hogy milyen típusú bizonyíték támasztja alá a fehérje létezését. Ne feledje, hogy a „fehérje létezés” bizonyíték nem ad információt a megjelenített szekvencia (k) pontosságáról vagy helyességéről.

A tartalom megtekintéséhez válasszon egy bal oldali részt.

Ez a szakasz hasznos információkat nyújt a fehérjéről, főleg biológiai ismeretekkel.

Vigyázat

A Gene Ontology (GO) projekt hierarchikus vezérlésű szókincset kínál, 3 kategóriára osztva:

GO - molekuláris funkció i

GO - Biológiai folyamat i

sejtadhézió Forrás: UniProtKB-KW
extracelluláris mátrixszervezés Forrás: Reactome
a hideg okozta termogenezis negatív szabályozása Forrás: YuBioLab

A szekvencia vagy a strukturális hasonlóság alapján következtetett
Bármely elemzéshez alkalmazható, amely a szekvencia összehangolása, a struktúra összehasonlítása vagy a szekvencia jellemzőinek, például az összetételének az értékelése alapján történik.

További információ a GO bizonyíték kód útmutatójában

Szekvenciából vagy strukturális hasonlóságból következtetünk, i

Az UniProtKB kulcsszavak hierarchikus felépítésű vezérelt szókincset alkotnak. A kulcsszavak összefoglalják az UniProtKB bejegyzés tartalmát, és megkönnyítik az érdekes fehérjék keresését.

Enzim és útvonal adatbázisok

Pathway Commons webes erőforrás a biológiai útvonal adatokhoz

Reaktóm - a biológiai utak és folyamatok tudásbázisa

SIGNOR jelző hálózati nyílt erőforrás

Ez a szakasz információkat tartalmaz a fehérje és gén nevéről (neveiről) és szinonimáiról (szinonimáiról), valamint arról a szervezetről, amely a fehérjeszekvencia forrása.

Nevek és rendszertan i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete kimerítő felsorolást tartalmaz a fehérje összes nevéről, az általánosan használtaktól az elavultig, lehetővé téve a fehérje egyértelmű azonosítását.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete a bejegyzésben leírt fehérje szekvenciát kódoló gén (ek) nevét (neveit) jelöli. Négy különálló token létezik: 'Név', 'Szinonimák', 'Rendezett helynév' és 'ORF nevek'.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete információt nyújt a fehérjeszekvencia forrását jelentő szervezet nevéről (neveiről).

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete megmutatja az egyedi azonosítót, amelyet az NCBI a fehérje forrásszervezetéhez rendelt. Ezt „taxonómiai azonosítónak” vagy „taxidnak” nevezik.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete tartalmazza a forrásszervezet rendszertani hierarchikus osztályozási vonalát. Felsorolja a csomópontokat, amint azok felülről lefelé jelennek meg a taxonómiai fában, az általánosabb csoportosítással először.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete azoknál a bejegyzéseknél található meg, amelyek egy proteom részét képezik, vagyis egy olyan fehérjegyüttesnek, amelyről azt gondolják, hogy olyan organizmusok expresszálják, amelyek genomja teljesen szekvenálva van.

Az UniProt proteom több komponensből állhat.
A komponens neve a fehérjék halmazát kódoló genomi komponensre utal.

Szervezet-specifikus adatbázisok

Eukarióta kórokozók és gazdagépek erőforrásai

Az emberi génnómenklatúra adatbázisa

Online mendeli örökség az emberben (OMIM)

neXtProt; az emberi fehérje ismeretek platformja

Ez a szakasz információt nyújt az érett fehérje helyéről és topológiájáról a sejtben.

Szubcelluláris hely i

Extracelluláris régió vagy szekretált

Automatikus számítási állítás

Christian Stolte és Seán O’Donoghue grafikája; Forrás:

Extracelluláris régió vagy szekretált

A Direct Assay-ből következtetett

A GO kifejezéssel jelölt funkció, folyamat vagy komponens közvetlen vizsgálatának jelzésére szolgál.

További információ a GO bizonyíték kód útmutatójában

A közvetlen vizsgálatból következtetett i

Kulcsszavak - Celluláris komponens i

Ez a szakasz információt nyújt a fehérjéhez kapcsolódó betegség (ek) ről és fenotípus (ok) ról.

Pathology & Biotech i

A „Kórtan és biotechnológia” szakasz ezen alfejezete információt nyújt az adott fehérje genetikai variációival összefüggő betegség (ek) ről. Az információkat a tudományos szakirodalomból nyerik ki, és az OMIM adatbázisban is ismertetett betegségeket ellenőrzött szókészlettel a következőképpen ábrázolják:

A betegségben való részvétel i

Kardiomiopátia, dilatált 1JJ (CMD1JJ) 1 publikáció

Manuálisan kurált információk, amelyekről kísérleti bizonyítékot tettek közzé.

Manuális állítás kísérlet alapján i

A „Szekvencia” szakasz ezen alfejezete leírja a fehérje szekvencia természetes változatait.

Manuális állítás kísérlet alapján i

Kulcsszavak - betegség i

Szervezet-specifikus adatbázisok

MalaCards emberi betegségek adatbázisa

Orphanet; a ritka betegségekről és a ritka betegségek gyógyszereiről szóló információkkal foglalkozó adatbázis

A farmakogenetikai és farmakogenomikai tudásbázis

Vegyes adatbázisok

Pharos NIH Druggable Genome Tudástár

Kémiai adatbázisok

ChEMBL adatbázis bioaktív gyógyszerszerű kis molekulákról

Polimorfizmus és mutáció adatbázisok

A BioMuta kurátora egy nukleotid variáció és betegség asszociációs adatbázis

A betegségmutációk doméntérképezése (DMDM)

Ez a szakasz a poszttranszlációs módosításokat (PTM) és/vagy a feldolgozási eseményeket ismerteti.

PTM/feldolgozás i

Molekulák feldolgozása

A „PTM/Processing” szakasz ezen alfejezete egy N-terminális szignálpeptid jelenlétét jelöli.

A „PTM/Feldolgozás” szakasz ezen alfejezete leírja a polipeptidlánc mértékét az érett fehérjében a feldolgozást vagy a proteolitikus hasítást követően.

Aminosav módosítások

A PTM/Processing ":/help/ptm_processing_section szakasz ezen alfejezete leírja a diszulfidkötésekben részt vevő cisztein maradványok helyzetét.

A PTM/Processing szakasz ezen alfejezete meghatározza az egyes kovalensen kapcsolt glikáncsoportok helyzetét és típusát (mono-, di- vagy poliszacharid).

Manuális állítás kísérlet alapján i

Kulcsszavak - PTM i

Proteomikus adatbázisok

Encyclopedia of Proteome Dynamics

jPOST - Japan Proteome Standard Repository/Database

Massive - tömegspektrometria interaktív virtuális környezet

MaxQB - A MaxQuant DataBase

A PaxDb, a fehérje-bőség átlaga az élet mindhárom területén

PRoteomics IDEntifications adatbázis

ProteomicsDB: egy több szervezetből álló proteom erőforrás

PTM adatbázisok

GlyConnect fehérjeglikozilációs platform

GlyGen: Számítástechnikai és informatikai források a glycoscience számára

iPTMnet integrált erőforrás PTM-ekhez a rendszerbiológiai kontextusban

Átfogó forrás a fehérje poszt-transzlációs módosításainak (PTM) tanulmányozására emberben, egérben és patkányban.

Az S-palmitoylation események SwissPalm adatbázisa

Ez a szakasz információt nyújt egy gén expressziójáról mRNS vagy fehérje szinten a sejtekben vagy a többsejtű szervezetek szöveteiben.

A „Kifejezés” szakasz ezen alfejezete információt nyújt egy gén expressziójáról mRNS vagy fehérje szinten a sejtekben vagy a többsejtű szervezetek szöveteiben. Alapértelmezés szerint az információkat az mRNS-szintű kísérletekből nyerik, kivéve, ha „fehérjeszinten” van megadva.
Példák: P92958, Q8TDN4, O14734

Szövet-specifitás i

Génexpressziós adatbázisok

Bgee dataBase for Gene Expression Evolution

Az Atlas, a Differenciál és az Alapszintű kifejezés

Genevisible keresési portál a Genevestigator normalizált és kurált expressziós adataihoz

Szervezet-specifikus adatbázisok

Emberi fehérje atlasz

Ez a szakasz információt nyújt a fehérje kvaterner szerkezetéről és a más fehérjékkel vagy fehérjekomplexekkel való kölcsönhatás (ok) ról.

Az „Interakció” szakasz ezen alfejezete információt nyújt a fehérje kvaterner szerkezetéről és más fehérjékkel vagy fehérjekomplexekkel való kölcsönhatásairól (kivéve a fiziológiai receptor-ligandum kölcsönhatásokat, amelyeket a „Funkció” szakaszban jegyzeteltek).

Alegység szerkezete i

A laminin egy komplex glikoprotein, amely három különböző polipeptidláncból áll (alfa, béta, gamma), amelyeket diszulfidkötések kötnek egymáshoz kereszt alakú molekulába, amely egy hosszú és három rövid karot tartalmaz, mindkét végén gömbökkel. Az Alpha-4 a laminin-8 (laminin-411), a laminin-9 (laminin-421) és a laminin-14 (laminin-423) alegysége.

Az „Interakció” szakasz ezen alfejezete a bináris fehérje-fehérje kölcsönhatásokról nyújt információkat. Az ebben a szakaszban bemutatott adatok a bináris interakciók minőségszűrt részhalmaza, amely automatikusan az IntAct adatbázisból származik. Minden UniProt kiadáskor frissül.

Bináris kölcsönhatások i

Q16363

3. izoform [Q16363-3]

GO - molekuláris funkció i

Fehérje-fehérje kölcsönhatás adatbázisok

Az interakciós adatkészletek biológiai általános adattára (BioGRID)

ComplexPortal: makromolekuláris komplexek manuálisan kurált erőforrása

Az emlős fehérjekomplexek CORUM átfogó forrása

Fehérje interakciós adatbázis és elemző rendszer

Molecular INTeraction adatbázis

STRING: funkcionális fehérje asszociációs hálózatok

Vegyes adatbázisok

RNAct, Protein-RNS kölcsönhatás előrejelzései a modell organizmusok számára.

Ez a szakasz információt nyújt a fehérje tercier és szekunder szerkezetéről.

3D struktúra adatbázisok

SWISS-MODEL Repository - a jegyzetekkel ellátott 3D fehérjeszerkezeti modellek adatbázisa

Összehasonlító fehérje-szerkezeti modellek adatbázisa

Ez a szakasz információt nyújt a szekvenciák más fehérjékkel és a fehérjében lévő domén (ek) hasonlóságaival kapcsolatban.

Család és domainek i

Domainek és ismétlések

A Family and Domains szakasz ezen alfejezete leírja a tartomány helyzetét és típusát, amelyet a másodlagos struktúrák sajátos kombinációjaként definiálunk, jellegzetes háromdimenziós struktúrává vagy hajtássá szerveződve.

Manuálisan hitelesített információ, amelyet az UniProtKB automatikus feliratozó rendszer generált.

Kézi állítás a szabályok szerint i

Vidék

A „Család és domainek” szakasz ezen alfejezete olyan érdeklődési körzetet ír le, amelyet más alfejezetekben nem lehet leírni.

Tekercselt tekercs

A „Család és domének” szakasz ezen alfejezete a tekercselt tekercs régióinak pozícióit jelöli a fehérjében.

Motívum

A „Család és domének” szakasz ezen alfejezete egy rövid (általában legfeljebb 20 aminosavat tartalmazó) biológiai jelentőségű konzervált szekvencia motívumot ír le.

A „Család és domainek” szakasz ezen alfejezete általános információkat nyújt a domain biológiai szerepéről. A „domén” kifejezés itt széles körben elfogadott, strukturális domén, transzmembrán régió vagy funkcionális domén lehet. Ebben az alszakaszban több domaint írunk le.

Kulcsszavak - Tartomány i

Filogenomikus adatbázisok

gének evolúciós genealógiája: Nem felügyelt ortológus csoportok

A teljesen szekvenált szervezetek homológ génjeinek HOGENOM adatbázisa

InParanoid: Eukarióta ortológ csoportok

Ortológus csoportok adatbázisa

Adatbázis a génfilogenikák teljes gyűjteményéhez

Az állati génfák TreeFam adatbázisa

Családi és domain adatbázisok

A fehérjecsaládok, domének és funkcionális helyek integrált forrása

Pfam protein domain adatbázis

Egyszerű moduláris architektúra-kutatási eszköz; fehérje domén adatbázis

A strukturális és funkcionális annotációk szupercsaládos adatbázisa

PROSITE; fehérje domén és család adatbázis

Ez a szakasz alapértelmezés szerint a kanonikus fehérje szekvenciát és kérésre megjeleníti az összes izoformát, amelyet a bejegyzés ismertet. Ez magában foglalja a szekvenciákra vonatkozó információkat is, beleértve a hosszúságot és a molekulatömeget. Az információkat különböző alfejezetekben tárolják. A jelenlegi alszakaszokat és azok tartalmát az alábbiakban soroljuk fel:

A Szekvencia szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzésben alapértelmezés szerint megjelenített kanonikus sorrend teljes-e vagy sem.

I szekvencia állapot: teljes.

A Szekvencia szakasz ezen alszekciója azt jelzi, hogy a bejegyzésben alapértelmezés szerint megjelenített kanonikus sorrend kiforrott formában van-e, vagy ha ez az előd.

I szekvenciafeldolgozás: A megjelenített szekvenciát tovább feldolgozzuk érett formává.

Ez a bejegyzés leírja 3

A „Szekvencia” szakasz ezen alfejezete felsorolja azokat az alternatív fehérjeszekvenciákat (izoformákat), amelyek ugyanazon génből egyetlen vagy akár négy biológiai esemény (alternatív promóterhasználat, alternatív splicing, alternatív iniciáció és riboszomális kereteltolás) kombinációjával állíthatók elő. ). Ezenkívül ez a szakasz releváns információkat ad az egyes alternatív fehérje izoformákról. Ez a szakasz csak a felülvizsgált bejegyzésekben található meg, azaz az UniProtKB/Swiss-Prot.

által termelt izoformák alternatív illesztés . AlignAdd to basketAdded to basket

Ez a bejegyzés 3 leírt izoformát és 12 potenciális izoformát tartalmaz, amelyek számítási módszerrel vannak feltérképezve.

Ezt az izoformát választották

Mi a kanonikus sorrend?

kanonikus i szekvencia. A bejegyzésben szereplő összes helyzeti információ erre utal. Ez a sorrend jelenik meg a bejegyzés letölthető verzióiban is.

Az ellenőrző összeg a redundancia-ellenőrzés egyik formája, amelyet a sorozatból számolnak. Hasznos a szekvenciafrissítések nyomon követésére.

Meg kell jegyezni, hogy bár elméletileg két különböző szekvenciának ugyanaz az ellenőrzőösszege lehet, ennek valószínűsége rendkívül alacsony.

Az UniProtKB azonban tartalmazhat azonos szekvenciájú bejegyzéseket több gén (paralóg) esetén.

Az ellenőrző összeget 64 bites ciklikus redundanciaellenőrzési értékként (CRC64) számítják ki a generátor polinomjának felhasználásával: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Az algoritmust az ISO 3309 szabvány írja le.

Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. és Vetterling W.T.
Ciklikus redundancia és egyéb ellenőrző összegek
Numerikus receptek a C 2. kiadásban, pp. 896-902, Cambridge University Press (1993)

Ellenőrző összeg: i 25BFB6120C2A86F1

Ennek az izoformának a szekvenciája a következőképpen tér el a kanonikus szekvenciától:
266-272: hiányzik.