GTP-ciklohidroláz-2

Annotációs pontszám: 5 az 5-ből

törzs

Az annotációs pontszám heurisztikusan méri az UniProtKB bejegyzés vagy proteom annotációs tartalmát. Ez a pontszám nem tud felhasználható az annotáció pontosságának mérésére, mivel egyetlen fehérjéhez sem tudjuk meghatározni a „helyes annotációt”.

- Kísérleti bizonyítékok fehérje szinten i

Ez azt jelzi, hogy milyen típusú bizonyíték támasztja alá a fehérje létezését. Ne feledje, hogy a „fehérje létezés” bizonyíték nem ad információt a megjelenített szekvencia (k) pontosságáról vagy helyességéről.

A tartalom megtekintéséhez válasszon egy bal oldali részt.

Ez a szakasz hasznos információkat nyújt a fehérjéről, főleg biológiai ismeretekkel.

Manuálisan kurált információk, amelyekről kísérleti bizonyítékot tettek közzé.

Manuális állítás kísérlet alapján i

Vegyes

A Funkció szakasz ez az alfejezete leírja egy enzim katalitikus aktivitását, azaz egy kémiai reakciót, amelyet az enzim katalizál.

Katalitikus aktivitás i

A „Funkció” szakasz ezen alfejezete a kofaktorok számára releváns információkat tartalmaz. A kofaktor minden olyan nem fehérje anyag, amely szükséges ahhoz, hogy egy fehérje katalitikusan aktív legyen. Egyes kofaktorok szervetlenek, például a cink, a vas és a réz fématomjai különböző oxidációs állapotban. Mások, például a legtöbb vitamin, szerves.

Manuális állítás kísérlet alapján i

Manuális állítás kísérlet alapján i

A Funkció szakasz ez az alfejezete leírja az enzimek, transzporterek vagy mikrobiális transzkripciós faktorok szabályozási mechanizmusait, és beszámol azokról az összetevőkről, amelyek (aktiválással vagy gátlással) szabályozzák a reakciót.

Tevékenységszabályozás i

Manuális állítás kísérlet alapján i

A „Funkció” szakasz ezen alfejezete olyan biofizikai és kémiai tulajdonságokat ismertet, mint a maximális abszorpció, a kinetikai paraméterek, a pH-függőség, a redoxpotenciálok és a hőmérséklet-függőség.

Manuális állítás kísérlet alapján i

pH-függőség i

Manuális állítás kísérlet alapján i

A „Funkció” szakasz ezen alfejezete leírja a fehérjéhez kapcsolódó metabolikus útvonalat.

I út: riboflavin bioszintézis

Webhelyek

A Funkció szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a fehérje melyik pozícióban kötődik egy adott fémionhoz. A fém jellege a „Leírás” mezőben van feltüntetve.

A Funkció szakasz ezen alfejezete leírja az egyetlen aminosav és egy másik kémiai entitás közötti kölcsönhatást. Elsőbbséget élvez a fiziológiai ligandumok annotációja.

A Funkció szakasz ezen alfejezete enzimekre vonatkozik, és jelzi a katalízisben közvetlenül részt vevő maradékokat.

Régiók

A Funkció szakasz ezen alfejezete leír egy olyan régiót a fehérjében, amely megköti a nukleotid-foszfátokat. Mindig több aminosavat tartalmaz, és magában foglalja a nukleotidkötésben részt vevő összes maradékot.

A Gene Ontology (GO) projekt hierarchikus vezérlésű szókincset kínál, 3 kategóriára osztva:

GO - molekuláris funkció i

A Direct Assay-ből következtetett

A GO kifejezéssel jelölt funkció, folyamat vagy komponens közvetlen vizsgálatának jelzésére szolgál.

További információ a GO bizonyíték kód útmutatójában

A közvetlen vizsgálatból következtetett i

GO - Biológiai folyamat i

A mutáns fenotípusból következtetett

Leírja azokat a megjegyzéseket, amelyek egy géntermék variációinak vagy változásainak - például mutációk vagy kóros szintek - vizsgálatából következnek, és olyan technikákat tartalmaznak, mint a kiütések, a túlzott expresszió, az anti-sense kísérletek és a specifikus fehérje-inhibitorok alkalmazása.

További információ a GO bizonyíték kód útmutatójában

Az i mutáns fenotípusból következtetett

Az UniProtKB kulcsszavak hierarchikus felépítésű vezérelt szókincset alkotnak. A kulcsszavak összefoglalják az UniProtKB bejegyzés tartalmát, és megkönnyítik az érdekes fehérjék keresését.

Enzim és útvonal adatbázisok

BioCyc Pathway/Genome adatbázisok gyűjteménye

SABIO-RK: Biokémiai reakció kinetikai adatbázis

UniPathway: erőforrás az anyagcsere-utak feltárására és kommentálására

Ez a szakasz információkat tartalmaz a fehérje és gén nevéről (neveiről) és szinonimáiról (szinonimáiról), valamint arról a szervezetről, amely a fehérjeszekvencia forrása.

Nevek és rendszertan i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete kimerítő felsorolást tartalmaz a fehérje összes nevéről, az általánosan használtaktól az elavultig, lehetővé téve a fehérje egyértelmű azonosítását.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete a bejegyzésben leírt fehérje szekvenciát kódoló gén (ek) nevét (neveit) jelöli. Négy különálló token létezik: 'Név', 'Szinonimák', 'Rendezett helynév' és 'ORF nevek'.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete információt nyújt a fehérjeszekvencia forrását jelentő szervezet nevéről (neveiről).

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete megmutatja az egyedi azonosítót, amelyet az NCBI a fehérje forrásszervezetéhez rendelt. Ezt „taxonómiai azonosítónak” vagy „taxidnak” nevezik.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete tartalmazza a forrásszervezet rendszertani hierarchikus osztályozási vonalát. Felsorolja a csomópontokat, amint azok felülről lefelé jelennek meg a taxonómiai fában, az általánosabb csoportosítással először.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete azoknál a bejegyzéseknél található meg, amelyek egy proteom részét képezik, vagyis egy olyan fehérjegyüttesnek, amelyről azt gondolják, hogy olyan organizmusok expresszálják, amelyek genomja teljesen szekvenálva van.

Az UniProt proteom több komponensből állhat.
A komponens neve a fehérjék halmazát kódoló genomi komponensre utal.

Ez a szakasz információt nyújt az érett fehérje helyéről és topológiájáról a sejtben.

Szubcelluláris hely i

GO - sejtkomponens i

Az ős biológiai vonatkozásaiból következtetett

Olyan filogenetikai bizonyítékok, amelyek alapján az ősgén aspektusainak jellemzésével következtethetünk egy leszármazott aspektusára.

További információ a GO bizonyíték kód útmutatójában

Az ős biológiai aspektusából következtetett i

Ez a szakasz információt nyújt a fehérjéhez kapcsolódó betegség (ek) ről és fenotípus (ok) ról.

Pathology & Biotech i

Mutagenezis

A „Pathology and Biotech” szakasz ezen alfejezete leírja egy vagy több aminosav kísérleti mutációjának a fehérje biológiai tulajdonságaira gyakorolt ​​hatását.

Manuális állítás kísérlet alapján i

Manuális állítás kísérlet alapján i

Manuális állítás kísérlet alapján i

Ez a szakasz a poszttranszlációs módosításokat (PTM) és/vagy a feldolgozási eseményeket ismerteti.

PTM/feldolgozás i

Molekulák feldolgozása

A „PTM/Feldolgozás” szakasz ezen alfejezete leírja a polipeptidlánc mértékét az érett fehérjében a feldolgozást vagy a proteolitikus hasítást követően.

Proteomikus adatbázisok

jPOST - Japan Proteome Standard Repository/Database

A PaxDb, a fehérje-bőség átlaga az élet mindhárom területén

PRoteomics IDEntifications adatbázis

Ez a szakasz információt nyújt a fehérje kvaterner szerkezetéről és a más fehérjékkel vagy fehérjekomplexekkel való kölcsönhatás (ok) ról.

Az „Interakció” szakasz ezen alfejezete információt nyújt a fehérje kvaterner szerkezetéről és más fehérjékkel vagy fehérjekomplexekkel való kölcsönhatásairól (kivéve a fiziológiai receptor-ligandum kölcsönhatásokat, amelyeket a „Funkció” szakaszban jegyzeteltek).

Alegység szerkezete i

Manuális állítás kísérlet alapján i

Az „Interakció” szakasz ezen alfejezete a bináris fehérje-fehérje kölcsönhatásokról nyújt információkat. Az ebben a szakaszban bemutatott adatok a bináris interakciók minőségszűrt részhalmaza, amely automatikusan az IntAct adatbázisból származik. Minden UniProt kiadáskor frissül.

Bináris kölcsönhatások i

P0A7I7

Fehérje-fehérje kölcsönhatás adatbázisok

Az interakciós adatkészletek biológiai általános adattára (BioGRID)

Kölcsönhatásban lévő fehérjék adatbázisa

Fehérje interakciós adatbázis és elemző rendszer

STRING: funkcionális fehérje asszociációs hálózatok

Ez a szakasz információt nyújt a fehérje tercier és szekunder szerkezetéről.

Másodlagos szerkezet

A „Struktúra” szakasz ezen alszakaszát a kísérletileg meghatározott béta szálak fehérjeszekvencián belüli helyzetének jelzésére használják.

Manuálisan hitelesített információ a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett.

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

A „Struktúra” szakasz ezen alpontja a kísérletileg meghatározott hidrogénhez kötött fordulatok pozícióinak jelzésére szolgál a fehérjeszekvencián belül. Ezek az elemek megfelelnek a DSSP „T” másodlagos szerkezeti kódjának.

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

A „Struktúra” szakasz ezen alpontja a kísérleti úton meghatározott spirális régiók pozícióinak jelzésére szolgál a fehérje szekvencián belül.

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

Kézi állítás a kísérleti és a számítási bizonyítékok kombinációjából következtetett, i

3D struktúra adatbázisok

SWISS-MODEL Repository - a jegyzetekkel ellátott 3D fehérjeszerkezeti modellek adatbázisa

Összehasonlító fehérje-szerkezeti modellek adatbázisa

Fehérje Adatbank Európában - Tudásbázis

Vegyes adatbázisok

Az aminosavak relatív evolúciós jelentősége egy fehérjeszekvencián belül

Ez a szakasz információt nyújt a szekvenciák más fehérjékkel és a fehérjében lévő domén (ek) hasonlóságaival kapcsolatban.

Család és domainek i

A „Család és domének” szakasz ezen alfejezete információt nyújt a szekvencia hasonlóságáról más fehérjékkel.

Szekvencia hasonlóságok i

Filogenomikus adatbázisok

gének evolúciós genealógiája: Nem felügyelt ortológus csoportok

A teljesen szekvenált szervezetek homológ génjeinek HOGENOM adatbázisa

InParanoid: Eukarióta ortológ csoportok

Adatbázis a génfilogenikák teljes gyűjteményéhez

Családi és domain adatbázisok

Conserved Domains adatbázis

A fehérje családok Gene3D strukturális és funkcionális megjegyzései

HAMAP adatbázis a fehérjecsaládokról

A fehérjecsaládok, domének és funkcionális helyek integrált forrása

Pfam protein domain adatbázis

A strukturális és funkcionális annotációk szupercsaládos adatbázisa

TIGRFAM-ok; fehérjecsalád-adatbázis

Ez a szakasz alapértelmezés szerint a kanonikus fehérje szekvenciát és kérésre megjeleníti az összes izoformát, amelyet a bejegyzés ismertet. Ez magában foglalja a szekvenciákra vonatkozó információkat is, beleértve a hosszúságot és a molekulatömeget. Az információkat különböző alfejezetekben tárolják. A jelenlegi alszakaszokat és azok tartalmát az alábbiakban soroljuk fel:

A Szekvencia szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzésben alapértelmezés szerint megjelenített kanonikus sorrend teljes-e vagy sem.

I szekvencia állapot: teljes.

Az ellenőrző összeg a redundancia-ellenőrzés egyik formája, amelyet a sorozatból számolnak. Hasznos a szekvenciafrissítések nyomon követésére.

Meg kell jegyezni, hogy bár elméletileg két különböző szekvenciának ugyanaz az ellenőrzőösszege lehet, ennek valószínűsége rendkívül alacsony.

Az UniProtKB azonban tartalmazhat azonos szekvenciájú bejegyzéseket több gén (paralóg) esetén.

Az ellenőrző összeget 64 bites ciklikus redundanciaellenőrzési értékként (CRC64) számítják ki a generátor polinomjának felhasználásával: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Az algoritmust az ISO 3309 szabvány írja le.

Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. és Vetterling W.T.
Ciklikus redundancia és egyéb ellenőrző összegek
Numerikus receptek a C 2. kiadásban, pp. 896-902, Cambridge University Press (1993)

Ellenőrző összeg: i C22FED98F48098DF

Szekvencia adatbázisok

EMBL nukleotid szekvencia adatbázis

GenBank nukleotid szekvencia adatbázis

Japán DNA Data Bank; egy nukleotidszekvencia-adatbázis

A Protein Information Resource fehérjeszekvencia-adatbázisa

NCBI referencia szekvenciák

Genom annotációs adatbázisok

Ensembl bakteriális és archeális genom annotációs projekt

Az NCBI RefSeq genomokból származó gének adatbázisa

KEGG: Kiotói gének és genomok enciklopédiája

Pathosystems Resource Integration Center (PATRIC)

Ez a szakasz olyan fehérjékhez mutat linkeket, amelyek hasonlóak az ebben a bejegyzésben leírt fehérje szekvenciához, a szekvencia azonossági küszöbértékeinek különböző szintjein (100%, 90% és 50%), az UniProt Reference Clusters (UniRef) tagságuk alapján.

Hasonló fehérjék i

Ez a szakasz a bejegyzésekkel kapcsolatos információkra mutat, és az UniProtKB-től eltérő adatgyűjteményekben található.

Szekvencia adatbázisok

3D struktúra adatbázisok

Protein Data Bank Europe

Protein Data Bank RCSB

Protein Data Bank Japan

Fehérje-fehérje kölcsönhatás adatbázisok

BioGRID i 4263359, 47 interaktor
DIP i DIP-36049N
IntAct i P0A7I7, 2 interaktor
STRING i 511145.b1277

Proteomikus adatbázisok

Genom annotációs adatbázisok

Szervezet-specifikus adatbázisok

EchoBASE - integrált posztgenomikus adatbázis az E. coli számára

Filogenomikus adatbázisok

eggNOG i COG0807, baktériumok
HOGENOM i CLU_020273_2_1_6
InParanoid i P0A7I7
PhylomeDB i P0A7I7

Enzim és útvonal adatbázisok

UniPathway i UPA00275; UER00400
BioCyc i EcoCyc: GTP-CIKLOHIDRO-II-MONOMER
MetaCyc: GTP-CIKLOHIDRO-II-MONOMER
SABIO-RK i P0A7I7

Vegyes adatbázisok

Családi és domain adatbázisok

ProtoNet; A fehérjék automatikus hierarchikus osztályozása

MobiDB: a fehérje rendellenességek és a mobilitás annotációk adatbázisa

Ez a szakasz általános információkat tartalmaz a bejegyzésről.

Belépési információk i

A „Bejegyzési információk” szakasz ezen alfejezete mnemonikus azonosítót biztosít az UniProtKB bejegyzéshez, de nem stabil azonosító. Minden felülvizsgált bejegyzéshez egyedi bejegyzésnevet rendelünk, amikor integráljuk az UniProtKB/Swiss-Prot programba.

A „Belépési információk” szakasz ezen alfejezete egy vagy több csatlakozási számot ad meg. Ezek stabil azonosítók, és fel kell használniuk az UniProtKB bejegyzések idézésére. Az UniProtKB-be történő integrálás után minden bejegyzéshez egyedi belépési számot rendelnek, amelyet „Elsődleges (hivatkozható) csatlakozási számnak” hívnak.

A „Bejegyzési információk” szakasz ezen alfejezete megmutatja a bejegyzés UniProtKB-be való integrálásának dátumát, az utolsó sorozatfrissítés és az utolsó annotáció-módosítás („Utolsó módosítás”) dátumát. Megjelenik mind a bejegyzés, mind a kanonikus sorrend verziószáma.

A „Belépési információk” szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzést manuálisan kommentálta és átnézte-e az UniProtKB kurátorai, vagy sem, más szóval, ha a bejegyzés az UniProtKB (áttekintették) vagy a számítógéppel kommentált TrEMBL szakaszra (át nem nézett).

Ez a szakasz tartalmaz olyan releváns információkat, amelyek nem illenek más meghatározott szakaszokba

Kulcsszavak - szakkifejezés i

Dokumentumok

  1. PATHWAY megjegyzések
    A metabolikus és a bioszintézis útvonalainak indexe
  2. Az EKT kereszthivatkozásai
    Index of Protein Data Bank (PDB) kereszthivatkozások
  3. HASONLÓSÁG megjegyzések
    A fehérje domének és családok indexe
Eszközök
Alapadatok
Támogató adatok
  • Irodalmi idézetek
  • Rendszertan
  • Kulcsszavak
  • Szubcelluláris helyek
  • Kereszthivatkozott adatbázisok
  • Betegségek
Információ
  • Az UniProt-ról
  • Segítség
  • GYIK
  • UniProtKB kézikönyv
  • Műszaki sarok
  • Szakértői biokúrálás
Az UniProt egy ELIXIR alapvető adatforrás

Tájékoztatjuk Önöket, hogy az adatvédelmi közleményünket frissítettük, hogy megfeleljen az új, 2018. május 25-től hatályos általános európai adatvédelmi rendeletnek (GDPR).