Nature Research Cancer Community

Ossza meg

Másolja a linket

A magokat a rák kezelésének teljesen új módjára ültették, amelyet a genomika tájékoztatott, több mint egy évtizeddel ezelőtt. Dr. Janessa Laskin, a BC Cancer orvos onkológusa megkérdezte Dr. Marco Marrát, a BC Cancer kanadai Michael Smith Genomatudományi Központ igazgatóját, hogy tehet-e valamit a genomika az egyik páciensének kezelésében, akinek ritka betegsége volt típusú rák. A következő generációs DNS-szekvenálási technológiával felfegyverkezve Dr. Marra és Laskin vezetnék az első ilyen jellegű vizsgálatot, amely a teljes genom és transzkriptóma szekvenálást alkalmazná a rák kezelésének tájékoztatására, amelynek eredményeit a Genome Biology 2010-ben megjelent tanulmányában közölték (Jones és mtsai., Genome Biol. 2010).

A BC Cancer személyre szabott OncoGenomics programjának vezetői; balról jobbra: Dr. Janessa Laskin, orvosi onkológus, Marco Marra és Steven Jones, a kanadai Michael Smith Genomatudományi Központ igazgatói, BC Cancer.

Négy évvel később elindult a Personalized OncoGenomics (POG). A POG, amely a teljes genom és transzkriptóma szekvenálás használatát tanulmányozza a betegek előrehaladott daganatos megbetegedéseinek tájékoztatására, a genomiális információk közös jövőképére épült a rákellátás javítása érdekében. Ennek a jövőképnek a valóra váltásához szükség volt a genomika, az onkológia, a patológia, a radiológia, az örökletes rák és sok más tudományág összefogására. A POG több mint 700 felnőtt és 110 gyermekszekvenciát szekvenál a mai napig, összegyűjtve egy teljes, pontos és állandó adatállományt az emberi tumor genomjairól és transzkriptómjairól (több mint 200 billió bázis), amely több mint 40 vizsgálat gerincét képezte, és számos az egészségügy és a tudomány több tudományterületének szakértői.

A Personalized OncoGenomics Program kiadványai számos szerző közreműködését képviselik, amelyek sokféle háttérrel rendelkeznek, beleértve a bioinformatikát, az onkológiát és a patológiát.

Miben különböznek az előrehaladott daganatok az elsődleges betegségtől? Milyen hatásai vannak a korábbi terápiának a tumorgenomra, amikor az előrehaladott daganatos betegek kezelési rezisztenssé váltak? Az előrehaladott, előzetesen kezelt tumorminták szekvenálásával, valamint a teljes genom és transzkriptóma szekvenálási adatoknak a beteg kezelési előzményeivel és klinikai adataival való integrálásával a POG létrehozza azokat az adatokat, amelyek szükségesek ezekre a kérdésekre való válaszadáshoz. Legfrissebb tanulmányunk: „Az előrehaladott páciensdaganatok rákanalízise feltárja a terápia és a genomi tájak közötti interakciót”, amelyet a Nature Cancer publikált, és amelynek középpontjában a terápia hatása volt a tumorgenomokra és transzkriptómokra. Ez a tanulmány az eddigi legnagyobb együttműködésünk, és hétéves adatgyűjtést és két éven át tartó adatelemzéseket foglal magában, ideértve a szomatikus mutáció és a kópiaszám hívását, a strukturális variánsok detektálását, a csíravonal elemzését, az expressziós klaszterezést, a túlélés elemzését és a mutáció aláírásának felfedezését. Ezeknek az elemzéseknek a szintetizálása bizonyította a mutációk, a kópiaszám-változás és az expresszióváltozások miatti megszerzett kezelési rezisztenciát, valamint ritka, nem kódoló, visszatérő eseményeket, amelyek rákhajtókat jelenthetnek.

A legszembetűnőbb megállapítás az volt, hogy a kezelési expozíció milyen mértékben társult a genom fokozott szomatikus mutációival. Valójában a platina alapú terápiának több mint egy éve kitett betegek átlagosan kétszer annyi mutációval rendelkeznek, mint azok, akik nem voltak kitéve. Megfigyeltük a specifikus gyógyszer-kombinációkkal és a tumor DNS-helyreállítási hibáival kapcsolatos specifikus mutációs aláírásokat is. Ezeknek a megállapításoknak negatív és pozitív következményei is vannak a betegekre nézve - a megnövekedett mutációs teher több lehetőséget kínálhat a daganatok számára a kezelési rezisztencia kialakítására, de növelheti az immunterápiák iránti fogékonyságukat is. Ez egyúttal rámutat az előrehaladott és kezelt rákok tanulmányozásának szükségességére is, amelyek jelenleg alulreprezentáltak a területen, annak ellenére, hogy a legmagasabb a halálozási arány.

Hosszan tartó, együttműködő projektekben, például a POG-ban a mérföldkövek felismerése fontos ünnepi ünnep. Ma alig várjuk, hogy megünnepeljük ennek az adatkészletnek a megjelenését, amikor újra együtt lehessünk, hiszen most mindannyian a saját otthonunkban dolgozunk azon, hogy a COVID-19 terjedésének csökkentése érdekében tegyünk részt.

Rendkívül büszkék vagyunk a POG-ra, és nagyon izgatottak vagyunk, hogy megoszthatjuk ezt az új adatsort a kutatóközösséggel. Amint azt programunkkal bizonyítottuk, az együttműködés elengedhetetlen a kutatás előrehaladásához, és mind a genomi, mind a klinikai adatok széleskörű megosztása elengedhetetlen a rák további megértéséhez és a betegellátás javításához.

Nagyon érdekel bennünket, hogy mások hogyan építik be POG adatainkat a kutatásukba! Kérjük, mondja el nekünk az alábbi megjegyzéssel.

Ami egyszer elkezdődött, hogy személyre szabott terápiás javaslatokat nyújtson egy vancouveri páciensnek, mélyen együttműködő erőfeszítéssé vált, amely több száz beteg és családjuk életét érintette, és segített elindítani a genomika új projektjeinek új generációját. klinikán egész Kanadában, és a globális közösségnek gazdag genomikai és erőforrás-forrást biztosított a fejlett rákos betegekről. Kutatással és innovatív kezeléssel együtt dolgozhatunk a rákterhelés világszerte történő csökkentésén.

Írta: Laura Williamson, Erin Pleasance és Emma Titmuss