A proteomika megkülönböztetett változásokat tár fel a fokozott gamma-sugárzási ellenállással a fekete élesztő Exophiala dermatitidisben

A vad típusú (WT) és az evolúciós törzsek rezisztenciája a γ-sugárzással szemben. (A) Túlélési görbe, amely az egyes törzseknél kinyert sejtek százalékos arányát mutatja, növekvő dózisok, legfeljebb 4 kGy expozíció után. (B) Az egyes törzsek túlélése 500 Gy dózisnak való kitettség és friss táptalajban való visszanyerés után 1 órán át, ugyanazon mintákból vett részhalmazból mérve, amelyeket proteomikára feldolgoztak.

Proteomikus válasz γ-sugárterhelésre WT és Evolved Exophiala dermatitidis törzsekben. (A) Az egyes állapotokban azonosított fehérjék teljes száma. * szignifikanciát jelez (ANOVA, p −5). (B) A teljes proteomos adathalmaz PCA-ja. Minden pont egy biológiai replikátumot jelent, színének megfelel a feltétel. (C) Venn-diagram, amely az egyes állapotok több mint 4 ismétlésében azonosított fehérjék átfedését ábrázolja (> 3 az Evolved kontroll esetében). (D) Jelentősen differenciáltan dúsított fehérjék hőtérképe. Minden sor egyetlen fehérjét és minden oszlop egy replikátumot képvisel, k-csoportosítással csoportosítva. A sejtek színei a bőség értékeit mutatják a központosított intenzitáshoz képest. (E) Vulkán-parcellák páronkénti összehasonlítással, –log10 kiigazítatlan p-értékkel ábrázolva a log2-szeres változással. A fekete pontok differenciálisan dúsított fehérjéket képviselnek a = 0,05-nél az FDR beállítás után. (WTc = sugárterhelés nélküli WT kultúrák; WTr = sugárzásnak kitett WT kultúrák; WTEc = fejlődő WT törzs sugárterhelés nélkül; WTEr = sugárzásnak kitett WT törzs).

A fehérjék intenzitása csökkent (A) és nőtt (B) a besugárzás után mind a WT, mind a fejlődő törzsekben. A hibasávok a szokásos hibát jelentik. A csillagok statisztikailag szignifikáns összehasonlításokat mutatnak.

A fehérjék intenzitása csökkent az Evolved törzsekben, összehasonlítva a WT törzsekkel. Ne feledje, hogy az Y tengelynek csak egy része mutatja az intenzitásszint kicsi, de jelentős különbségeit. A hibasávok a szokásos hibát jelentik. A csillagok statisztikailag szignifikáns összehasonlításokat mutatnak.

A nem riboszomális fehérjék intenzitási szintje nőtt az Evolved törzsekben, összehasonlítva a WT törzsekkel. Vegye figyelembe, hogy az Y tengelynek csak egy része látható a felső panelen, hogy kiemelje az intenzitásszint kicsi, de jelentős különbségeit. A hibasávok a szokásos hibát jelentik. A csillagok statisztikailag szignifikáns összehasonlításokat mutatnak.

A riboszomális fehérjék intenzitási szintje a WT törzsekhez képest nőtt az Evolved törzsekben. Vegye figyelembe, hogy az első három panelen csak az Y tengely egy része látható, hogy kiemelje az intenzitásszintek kicsi, de jelentős különbségeit. A hibasávok a szokásos hibát jelentik. A csillagok statisztikailag szignifikáns összehasonlításokat mutatnak.

Absztrakt

1. Bemutatkozás

2. Anyagok és módszerek

2.1. Gombatörzsek fejlődése és növekedése Használt E. dermatitidis

2.2. Az evolúciós törzs genomszekvenciájának gyűjtése és elemzése

2.3. Az E. dermatitidis besugárzása

2.4. Sejthasadás és fehérjekivonás

2.5. Proteolízis

2.6. Folyadékkromatográfia és tandem tömegspektrometria

2.7. Adatelemzés

3. Eredmények

3.1. Vad típusú és kialakult E. dermatitidis törzsek sugárzási ellenállása

3.2. Az E. dermatitidis sejtek nyomássegített lízise a fehérjekivonáshoz és a puskaproteomikához

3.3. Két E. dermatitidis törzs proteom válaszai a γ-sugárterhelésre

3.4. A magasabb sugárrezisztencia evolúciójához kapcsolódó fehérjék

4. Megbeszélés

2500 Gy [9]) sokkal ellenállóbb a γ-sugárzással (pl. Röntgensugarak és γ-sugarak) szemben, mint az A. niger (LD10 =

400 Gy [73,74]) és a még szorosabban kapcsolódó Exophiala lecanii-corni (LD10 =

250 Gy [9]), míg több S. cerevisiae törzset gyűjtöttek össze, amelyek sokféle sugárzási ellenállást mutatnak [10]. Ezek a megfontolások, valamint a legtöbb DNS-javító enzim funkciójának megőrzése nagy evolúciós távolságban [4,67,72,75,76] arra utalnak, hogy a γ-sugárzási rezisztencia megfigyelt sokféleségének megértése kevésbé specifikus mutációk keresése. ahelyett, hogy mélyebben megértenék, hogyan reagálnak bizonyos organizmusok a γ-sugárterhelésre.