Glükagon-1

Megjegyzés pontszáma: 2 az 5-ből

Az annotációs pontszám heurisztikusan méri az UniProtKB bejegyzés vagy proteom annotációs tartalmát. Ez a pontszám nem tud felhasználható az annotáció pontosságának mérésére, mivel egyetlen fehérjéhez sem tudjuk meghatározni a „helyes annotációt”.

- Kísérleti bizonyítékok fehérje szinten i

Ez azt jelzi, hogy milyen típusú bizonyíték támasztja alá a fehérje létezését. Ne feledje, hogy a „fehérje létezés” bizonyíték nem ad információt a megjelenített szekvencia (k) pontosságáról vagy helyességéről.

A tartalom megtekintéséhez válasszon egy bal oldali részt.

Ez a szakasz hasznos információkat nyújt a fehérjéről, főleg biológiai ismeretekkel.

A Gene Ontology (GO) projekt hierarchikus vezérlésű szókincset kínál, 3 kategóriára osztva:

GO - molekuláris funkció i

Az UniProtKB kulcsszavak hierarchikus felépítésű vezérelt szókincset alkotnak. A kulcsszavak összefoglalják az UniProtKB bejegyzés tartalmát, és megkönnyítik az érdekes fehérjék keresését.

Ez a szakasz információkat tartalmaz a fehérje és gén nevéről (neveiről) és szinonimáiról (szinonimáiról), valamint arról a szervezetről, amely a fehérjeszekvencia forrása.

Nevek és rendszertan i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete kimerítő felsorolást tartalmaz a fehérje összes nevéről, az általánosan használtaktól az elavultig, lehetővé téve a fehérje egyértelmű azonosítását.

Manuálisan kurált információk, amelyek tudományos cikkekben szereplő állításokon alapulnak, és amelyekre nincs kísérleti támogatás.

Véleményen alapuló kézi állítás az i

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete információt nyújt a fehérjeszekvencia forrását jelentő szervezet nevéről (neveiről).

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete megmutatja az egyedi azonosítót, amelyet az NCBI a fehérje forrásszervezetéhez rendelt. Ezt „taxonómiai azonosítónak” vagy „taxidnak” nevezik.

A Név és taxonómia szakasz ezen alfejezete tartalmazza a forrásszervezet rendszertani hierarchikus osztályozási vonalát. Felsorolja a csomópontokat, amint azok felülről lefelé jelennek meg a taxonómiai fában, az általánosabb csoportosítással először.

Ez a szakasz információt nyújt az érett fehérje helyéről és topológiájáról a sejtben.

Szubcelluláris hely i

Extracelluláris régió vagy szekretált

Automatikus számítási állítás

Christian Stolte és Seán O’Donoghue grafikája; Forrás:

Extracelluláris régió vagy szekretált

Kulcsszavak - Celluláris komponens i

Ez a szakasz a poszttranszlációs módosításokat (PTM) és/vagy a feldolgozási eseményeket ismerteti.

PTM/feldolgozás i

Molekulák feldolgozása

A „PTM/Processing” szakasz ezen alfejezete leírja az aktív peptid helyzetét és hosszát az érett fehérjében.

Manuálisan kurált információk, amelyekről kísérleti bizonyítékot tettek közzé.

Manuális állítás kísérlet alapján i

Ez a szakasz információt nyújt egy gén expressziójáról mRNS vagy fehérje szinten a sejtekben vagy a többsejtű szervezetek szöveteiben.

A „Kifejezés” szakasz ezen alfejezete az induktorok és represszorok (általában kémiai vegyületek vagy környezeti tényezők) kísérletileg bizonyított hatásait ismerteti a fehérje (vagy mRNS) expressziójának szintjén (felfelé szabályozás, lefelé szabályozás, konstitutív expresszió).

Ez a szakasz információt nyújt a fehérje kvaterner szerkezetéről és a más fehérjékkel vagy fehérjekomplexekkel való kölcsönhatás (ok) ról.

GO - molekuláris funkció i

Ez a szakasz információt nyújt a fehérje tercier és szekunder szerkezetéről.

3D struktúra adatbázisok

SWISS-MODEL Repository - a jegyzetekkel ellátott 3D fehérjeszerkezeti modellek adatbázisa

Összehasonlító fehérje-szerkezeti modellek adatbázisa

Ez a szakasz információt nyújt a szekvenciák más fehérjékkel és a fehérjében lévő domén (ek) hasonlóságaival kapcsolatban.

Család és domainek i

A „Család és domének” szakasz ezen alfejezete információt nyújt a szekvencia hasonlóságáról más fehérjékkel.

Szekvencia hasonlóságok i

Családi és domain adatbázisok

A fehérjecsaládok, domének és funkcionális helyek integrált forrása

Pfam protein domain adatbázis

Protein Motif ujjlenyomat-adatbázis; fehérje domén adatbázis

Egyszerű moduláris architektúra-kutatási eszköz; fehérje domén adatbázis

PROSITE; fehérje domén és család adatbázis

Ez a szakasz alapértelmezés szerint a kanonikus fehérje szekvenciát és kérésre megjeleníti az összes izoformát, amelyet a bejegyzés ismertet. Ez magában foglalja a szekvenciákra vonatkozó információkat is, beleértve a hosszúságot és a molekulatömeget. Az információkat különböző alfejezetekben tárolják. A jelenlegi alszakaszokat és azok tartalmát az alábbiakban soroljuk fel:

A Szekvencia szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzésben alapértelmezés szerint megjelenített kanonikus sorrend teljes-e vagy sem.

I szekvencia állapot: teljes.

Az ellenőrző összeg a redundancia-ellenőrzés egyik formája, amelyet a sorozatból számolnak. Hasznos a szekvenciafrissítések nyomon követésére.

Meg kell jegyezni, hogy bár elméletileg két különböző szekvenciának ugyanaz az ellenőrzőösszege lehet, ennek valószínűsége rendkívül alacsony.

Az UniProtKB azonban tartalmazhat azonos szekvenciájú bejegyzéseket több gén (paralóg) esetén.

Az ellenőrző összeget 64 bites ciklikus redundanciaellenőrzési értékként (CRC64) számítják ki a generátor polinomjának felhasználásával: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Az algoritmust az ISO 3309 szabvány írja le.

Press W.H., Flannery B.P., Teukolsky S.A. és Vetterling W.T.
Ciklikus redundancia és egyéb ellenőrző összegek
Numerikus receptek a C 2. kiadásban, pp. 896-902, Cambridge University Press (1993)

Ellenőrző összeg: i 68D3FFC57AA664EF

Ez a szakasz olyan fehérjékhez mutat linkeket, amelyek hasonlóak az ebben a bejegyzésben leírt fehérje szekvenciához, a szekvencia azonossági küszöbértékeinek különböző szintjein (100%, 90% és 50%), az UniProt Reference Clusters (UniRef) tagságuk alapján.

Hasonló fehérjék i

Ez a szakasz a bejegyzésekkel kapcsolatos információkra mutat, és az UniProtKB-től eltérő adatgyűjteményekben található.

3D struktúra adatbázisok

Családi és domain adatbázisok

ProtoNet; A fehérjék automatikus hierarchikus osztályozása

MobiDB: a fehérje rendellenességek és a mobilitás annotációk adatbázisa

Ez a szakasz általános információkat tartalmaz a bejegyzésről.

Belépési információk i

A „Bejegyzési információk” szakasz ezen alfejezete mnemonikus azonosítót biztosít az UniProtKB bejegyzéshez, de nem stabil azonosító. Minden felülvizsgált bejegyzéshez egyedi bejegyzésnevet rendelünk, amikor integráljuk az UniProtKB/Swiss-Prot programba.

A „Belépési információk” szakasz ezen alfejezete egy vagy több csatlakozási számot ad meg. Ezek stabil azonosítók, és fel kell használniuk az UniProtKB bejegyzések idézésére. Az UniProtKB-be történő integrálás után minden bejegyzéshez egyedi belépési számot rendelnek, amelyet „Elsődleges (hivatkozható) csatlakozási számnak” hívnak.

A „Bejegyzési információk” szakasz ezen alfejezete megmutatja a bejegyzés UniProtKB-be való integrálásának dátumát, az utolsó sorozatfrissítés és az utolsó annotáció-módosítás („Utolsó módosítás”) dátumát. Megjelenik mind a bejegyzés, mind a kanonikus sorrend verziószáma.

A „Belépési információk” szakasz ezen alfejezete jelzi, hogy a bejegyzést manuálisan kommentálta és átnézte-e az UniProtKB kurátorai, vagy sem, más szóval, ha a bejegyzés az UniProtKB (áttekintették) vagy a számítógéppel kommentált TrEMBL szakaszra (át nem nézett).

Ez a szakasz tartalmaz olyan releváns információkat, amelyek nem illenek más meghatározott szakaszokba