Az ATGL gén a szabad zsírsavakhoz, trigliceridekhez és a 2-es típusú cukorbetegséghez kapcsolódik

Absztrakt

Röviden, 96 alany szekvenálásából és adatbázis-információkból 12 polimorfizmust választottunk ki (1. ábra és az online melléklet 4. táblázat), genotipizálva és elemezve a teljes mintában. Ezen SNP-k elsődleges elemzését és statisztikailag rekonstruált haplotípusaikat az FFA kimenetelével, valamint trigliceridekkel és glükózszinttel végzett másodlagos elemzéseket lineáris regresszióval végeztük az életkor és a nem alapján. Ezeket az elemzéseket azokra az alanyokra korlátozták, akik nem szedtek cukorbetegség elleni gyógyszert. A 2-es típusú cukorbetegség analóg elemzését logisztikai regresszióval végeztük.

trigliceridekkel

EREDMÉNYEK

Genetikai variációk az ATGL génen belül.

Újraszekvenáltuk a teljes ATGL gént 48 normál testsúlyú és 48 elhízott alanyban (1. ábra; PCR és primerek esetében lásd az online függelék 1. és 2. táblázatát). Az észlelt SNP-k közül 12 SNP-t választottak ki, többnyire a lehetséges funkcionális szempontok alapján. A prioritás csökkentésével történő kiválasztási kritériumok az eredményezett aminosavcsere (SNP 4, 7 és 10), inszerciós/deléciós polimorfizmus (SNP 11), elhelyezkedés az intron-exon határon (SNP 6), elhelyezkedés a 3 ′ nem transzlált régióban (SNP) 12.), adatbázis bejegyzés a projekt elején (2004. július) (3., 5., 8. és 9. SNP), vagy címkéző SNP (1. és 2. SNP) (online függelék 3. táblázat). Ezt a 12 polimorfizmust (online függelék 4. táblázat) genotipizálta a teljes, 2434 egyedből álló csoport. A genotipizált SNP-k egyike sem sértette a Hardy-Weinberg egyensúlyt. Az egyik változat (SNP 4) nagyon ritka mutáció volt (n = 1 kisebb alléllel), ezért elvetették az elemzéstől. A genotípus és az allél frekvenciák nem különböztek a három alcsoport között (online melléklet, 4. táblázat).

Az ATGL génszerkezetét, az egyes SNP-k kisebb alléljainak gyakoriságát és az allélok korrelációját a különféle SNP-k között az 1. ábra szemlélteti. Három SNP volt, anélkül, hogy bármilyen mással összefüggés lenne (SNP-k 1, 2 és 7; r 0,60), SNP 6 és 12 (r = 0,94), valamint a 3, 8, 10 és 11 SNP-k (r> 0,90) különösen közel vannak. Lewontin D ′ -je magas volt a gén egészében, a D ′ 0,90 felett volt az egymást követő SNP-k összes párjánál.

Elsődleges elemzés: az ATGL-variációk társulása a plazma FFA-kkal.

Másodlagos elemzés: az ATGL-variációk társulása a plazma trigliceridekkel, a vércukorszinttel és a 2-es típusú cukorbetegséggel.

A mintázat a triglicerid-koncentrációk másodlagos elemzésünkben történő elemzésénél megegyezett (2B. Ábra és az online melléklet 6. táblázata), a P-értékek kevésbé voltak kifejezettek az FFA-szintekhez képest (a legalacsonyabb P-érték = 0,01 az SNP 11 esetében). A trigliceridbecslések heterogenitására vonatkozó bizonyítékot a három alcsoportban nem figyeltek meg. A Spearman-korrelációs együttható az FFA-k és a trigliceridek között 0,29, az FFA-k és a glükóz között 0,17 volt. Az SNP-k egyikének sem találtunk jelentős összefüggést a BMI-vel.

V: Elsődleges elemzés: az ATGL gén 11 elemzett polimorfizmusának társulása jelzi az FFA plazmakoncentrációjának átlagos változását azoknál az alanyoknál, akiknél a kisebb allél egy (világos színű sáv) vagy két (sötét színű sáv) másolata van a vadon élő állatokkal összehasonlítva. típus (az SNP 4 eldobása csak egy egyednél megfigyelhető). Az eredmények egy lineáris regressziós modellből származnak, amely az életkor és a nem alapján állítható be, és a log-transzformált eredmény. Additív öröklődést feltételezve a csillagok jelölik az SNP-ket, amelyeknél az átlagos koncentrációváltozás a vad típushoz képest statisztikailag szignifikánsan különbözik 0-tól 0,05-ig (*) vagy 0,006-ig korrigálva 9,1 effektív lókusszal (**) . B és C: Másodlagos analízis: megegyezik az (A) triglicerid és glükóz plazmakoncentrációval. D: Összefoglalás a P-értékekről, amelyek tesztelik az összefüggést additív öröklődési modell feltételezésével és anélkül (vagyis a P-értékek a kisebb allél példányára eső trendet vagy az összes P-értéket feltételezik). Az egyes SNP-k genotípusainak három tulajdonságának átlagát ± SE-t az online függelék 5–7. Táblázata tartalmazza.

A három felvett alanycsoportból 2434 résztvevő jellemzői