Az új modell protonjának genomelemzései Euplotes vannus a genom átrendeződésére és a környezeti stresszorokkal szembeni ellenálló képességre összpontosítva

Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézet, Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kína

Genetikai és Fejlesztési Tanszék, Columbia University Medical Center, New York, New York

Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézet, Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kína

A Kínai Óceán Egyetem (Csingtao, Kína) Mariculture fő laboratóriuma (Oktatási Minisztérium)

Levelezés

Feng Gao, a Kínai Óceán Egyetem Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézete, Qingdao, Kína.

Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézet, Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kína

Számítástudományi és Információs Rendszerek Tanszék, Bradley Egyetem, Peoria, Illinois

Biológiai Tanszék, Bradley Egyetem, Peoria, Illinois

Genetikai és Fejlesztési Tanszék, Columbia University Medical Center, New York, New York

Biológiai Tudományok Tanszék, Smith College, Northampton, Massachusetts

Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézet, Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kína

Tengeri biológiai és biotechnológiai laboratórium, Qingdao Nemzeti Tengeri Tudományi és Technológiai Laboratórium, Qingdao, Kína

Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézet, Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kína

Genetikai és Fejlesztési Tanszék, Columbia University Medical Center, New York, New York

Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézet, Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kína

A Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kínai Köztársaság Mariculture kulcsfontosságú laboratóriuma (Oktatási Minisztérium)

Levelezés

Feng Gao, a Kínai Óceán Egyetem Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézete, Qingdao, Kína.

Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézet, Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kína

Számítástudományi és Információs Rendszerek Tanszék, Bradley Egyetem, Peoria, Illinois

Biológiai Tanszék, Bradley Egyetem, Peoria, Illinois

Genetikai és Fejlesztési Tanszék, Columbia University Medical Center, New York, New York

Biológiai Tudományok Tanszék, Smith College, Northampton, Massachusetts

Evolúciós és Tengeri Biológiai Sokféleség Intézet, Kínai Óceán Egyetem, Qingdao, Kína

Tengeri biológiai és biotechnológiai laboratórium, Qingdao Nemzeti Tengeri Tudományi és Technológiai Laboratórium, Qingdao, Kína

Adatok rendelkezésre állási nyilatkozata: Az összes Illumina szekvenálási adatot az NCBI Short Read Archive (SRA) BioProject PRJNA474770 címen tárolja. Euplotes vannus A MAC és MIC genom-összeállítások és a gén annotációs adatok, beleértve a kódoló régiókat és a megjósolt fehérjeszekvenciákat, a következő címen érhetők el: Euplotes vannus DB (EVDB, http://evan.ciliate.org). Az egyéni szkriptek a GitHub webhelyen érhetők el (https://github.com/seanchen607/Evannus).

Intézményi bejelentkezés

Jelentkezzen be a Wiley Online Könyvtárba

Ha korábban hozzáférést kapott személyes fiókjához, kérjük, jelentkezzen be.

Vásároljon azonnali hozzáférést

Tekintse meg a PDF cikket, valamint a hozzá tartozó kiegészítéseket és ábrákat 48 órán keresztül.
A cikk nem nyomtatható.
A cikk nem tölthető le.
A cikk nem osztható újra.

A cikk, valamint a kapcsolódó kiegészítők és ábrák korlátlan megtekintése.
A cikk nem nyomtatható.
A cikk nem tölthető le.
A cikk nem osztható újra.

A cikk/fejezet PDF és a kapcsolódó kiegészítők és ábrák korlátlan megtekintése.
Cikk/fejezet kinyomtatható.
Cikk/fejezet letölthető.
A cikk/fejezet nem osztható újra.

Absztrakt

Mint sejtorganizmus a sejt- és környezeti biológia tanulmányozásához, a szabadon élő és a kozmopolita csilló Euplotes vannus olyan érdekes tulajdonságokat mutat, mint a kettős genom architektúra (azaz külön csíravonal és szomatikus sejtmag minden sejtben/organizmusban), a „gén nagyságú” kromoszómák, a kodon átcsoportosításának leállítása, a programozott riboszomális kereteltolódás (PRF) és a környezeti stresszorokkal szembeni erős ellenállás. Azonban ezek a figyelemre méltó tulajdonságokat okozó molekuláris mechanizmusok nagyrészt ismeretlenek. Itt számolunk be a de novo által összeállított kiváló minőségű makronukleáris (MAC; azaz szomatikus) és részleges mikronukleáris (MIC; azaz csíravonal) genomszekvenciák kombinált elemzéséről E. vannus, és átírási profilalkotási adatok változó körülmények között. Az eredmények azt mutatják, hogy: a) a MAC genom több mint 25 000 teljes „génméretű” nanokromoszómát tartalmaz (

85 Mb haploid genomméret) az N50-gyel

2,7 kb; (b) bár az UAA és az UAG stopkodonokban nagy a képváltás gyakorisága, a PRF következtében nem figyeltünk meg károsodott transzkriptumdússágot ebben a fajban, amint arról más euplotidoknál beszámoltak; (c) az 5′-TA ‐ 3 ′ szekvencia motívum konzerválódik a MIC genomjában szinte minden, belső úton eliminált szekvencia (IES) határon, és a kromoszóma törés helyei (CBS) megismétlődnek és megmaradnak a MAC genomban; (d) a MAC-ban található gének súlyozott korrelációs hálózatának profilozásával különböző környezeti stresszorok mellett, beleértve a tápanyaghiányt, a szélsőséges hőmérsékletet, a sótartalmat és az ammónia jelenlétét, azonosítottunk olyan géncsoportokat, amelyek reagálnak ezekre a külső fizikai vagy kémiai stimulációkra, és (e ) a HSP70 gén transzkripciójának drámai növekedését figyeltük meg sótartalom és kémiai igénybevételek mellett, de meglepő módon nem a hőmérséklet változásai alatt; ezt a hőmérséklet-ellenállást összekapcsoljuk a hőmérsékleti stressz-érzékeny elemek fejlett veszteségével a szabályozó régiókban. A jelen tanulmányban létrehozott genomforrásokkal együtt, amelyek online elérhetőek a következő címen: Euplotes vannus Genomadatbázis (http://evan.ciliate.org), ezek az adatok molekuláris bizonyítékokat szolgáltatnak a rendkívül alkalmazkodó mikroorganizmusok egyedi biológiájának megértéséhez.

Fájlnév Leírás

men13023-sup-0001-Supinfo.pdfPDF dokumentum, 1,9 MB

men13023-sup-0002-TableS4.xlsxapplication/xlsx, 752,9 KB

men13023-sup-0003-TableS5.xlsxapplication/xlsx, 7,2 MB

men13023-sup-0004-TableS6.xlsxapplication/xlsx, 2,8 MB

men13023-sup-0005-TableS7.xlsxapplication/xlsx, 36,6 KB

Kérjük, vegye figyelembe: A kiadó nem felelős a szerzők által szolgáltatott bármilyen kiegészítő információ tartalmáért vagy működéséért. Bármilyen kérdést (a hiányzó tartalom kivételével) a cikk megfelelő szerzőjéhez kell irányítani.