Cél-csalik alapú hamis felfedezési arány becslése a nagyméretű metabolit-azonosításhoz

Publikációs előzmények

Cikk nézetek

Altmetrikus

Idézetek

A cikknézetek a teljes szöveges cikkletöltések COUNTER-kompatibilis összege 2008 novembere óta (mind PDF, mind HTML) az összes intézményben és magánszemélyben. Ezeket a mutatókat rendszeresen frissítik, hogy tükrözzék az elmúlt napokig tartó felhasználást.

Az idézetek a cikkre hivatkozó egyéb cikkek száma, a Crossref által kiszámítva és naponta frissítve. További információ a Crossref hivatkozási számáról.

Az Altmetric Attention Score egy kvantitatív mértéke annak a figyelemnek, amelyet egy kutatási cikk online kapott. A fánk ikonra kattintva az altmetric.com oldal egy oldalt tölt be, amely további részleteket tartalmaz az adott cikk pontszámáról és a közösségi média jelenlétéről. További információ az Altmetric Attention Score-ról és a pontszám kiszámításáról.

Absztrakt

A metabolit-azonosítás a tömegspektrometria (MS) alapú metabolomika döntő lépése. A hozzárendelt metabolitok bizalmának értékelése azonban továbbra is kihívást jelent. Egy új módszerről számolunk be a metabolit-hozzárendelés hamis felfedezési arányának (FDR) becslésére egy cél-csali stratégiával, amelyben a csalik keletkeznek a kémia oktett szabályának megsértésével kis páratlan hidrogénatom hozzáadásával. A cél-csali stratégiát integrálták a JUMPm-be, egy automatizált metabolit-azonosító csővezetékbe a nagyarányú MS-elemzéshez, és két másik metabolomikai eszközzel, az mzMatch és az MZmine 2-vel is értékelték. Az FDR-számítás megbízhatóságát hamis adatsorokkal vizsgálták, amelyek az MS1 vagy MS2 spektrum megváltoztatásával szimulálták. Végül a JUMPm csővezetéket a cél-csali stratégiához kapcsolva használtuk fel a címkézetlen és stabil izotóppal jelölt metabolomikus adathalmazok feldolgozását. Az eredmények azt mutatják, hogy a cél-csali stratégia egyszerű és hatékony módszer a nagy áteresztőképességű metabolitok azonosításának bizalmának értékelésére.

segítő információ

A támogató információk ingyenesen elérhetők az ACS Publications webhelyén, a DOI címen: 10.1021/acs.jproteome.8b00019.

S1. Ábra A cél-csali stratégia értékelése további szimulációs elemzésekkel. S2. Ábra. A cél-csali stratégia értékelése JUMPm, mzMatch és MZmine 2. kiegészítõ szöveggel S1. A JUMPm szoftvereszköz bemutatása. Kiegészítő szöveg S2. Részletes eljárások az mzMatch teszteléséhez. Kiegészítő szöveg S3. Az MZmine 2 tesztelésének részletes eljárásai (PDF)