Ensembl Genomes 2016: több genom, több komplexitás

Hovatartozások

  • 1 Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium, Európai Bioinformatikai Intézet, The Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, Egyesült Királyság [email protected].
  • 2 Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium, Európai Bioinformatikai Intézet, The Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, Egyesült Királyság.
  • 3 Cold Spring Harbour Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbour, NY 11724, USA.
  • 4 Cold Spring Harbour Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbour, NY 11724, USA USDA-ARS NAA üzem, Talaj- és Táplálkozási Laboratóriumi Kutatóegység, Cornell Egyetem, Ithaca, NY 14853, USA.
  • PMID: 26578574
  • PMCID: PMC4702859
  • DOI: 10.1093/nar/gkv1209
Ingyenes PMC cikk

Szerzői

Hovatartozások

  • 1 Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium, Európai Bioinformatikai Intézet, The Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, Egyesült Királyság [email protected].
  • 2 Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium, Európai Bioinformatikai Intézet, The Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, Egyesült Királyság.
  • 3 Cold Spring Harbour Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbour, NY 11724, USA.
  • 4 Cold Spring Harbour Laboratory, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbour, NY 11724, USA USDA-ARS NAA üzem, Talaj- és Táplálkozási Laboratóriumi Kutatóegység, Cornell Egyetem, Ithaca, NY 14853, USA.

Absztrakt

Az Ensembl Genomes (http://www.ensemblgenomes.org) egy nem gerinces fajok genomléptékű adatainak integráló erőforrása, amely kiegészíti az Ensembl projekt keretében kifejlesztett gerinces genomikai erőforrásokat (http: //www.ensembl .org). A két erőforrás együttesen programozott és interaktív interfészeket biztosít az adatok gazdag skálájához, ideértve a referenciaszekvenciát, a génmodelleket, a transzkripciós adatokat, a genetikai variációt és az összehasonlító elemzést. Ez a cikk az erőforrásról szóló korábbi publikációk frissítését nyújtja, különös tekintettel a legújabb fejleményekre. Ezek magukban foglalják a poliploid genomokat reprezentáló új elemzések és nézetek kidolgozását (amelyek elsődleges példája a kenyérbúza); és az erőforrás folyamatos bővítése, amely ma már több mint 23 000 bakteriális genomot, 400 gombás genomot és 100 protista genomot tartalmaz, ezen felül 55 gerinctelen metazoa és 39 növényből származó genom. A beépített genomok számának ez a drámai növekedése része annak a szélesebb körű erőfeszítésnek, amely automatizálja az archív adatok (genomszekvencia, de a kapcsolódó RNS-szekvenciaadatok és variánshívások) integrációját a referenciagenomok kontextusába és elérhetővé teszi az Ensembl-en felhasználói felületek.

genomes

Ábrák

A kenyérbúza összehasonlító genomikája,…

A kenyérbúza összehasonlító genomikája, az Ensembl Plants folyóiratban megjelenítve. Panel A mutatja…

A genom teljes összehangolása a…

Teljes genom-összehangolás a három kenyérbúzakomponens-genom között egy készletben…