metaRE R csomag a transzkriptóm adatok metaanalíziséhez, a cis-szabályozási kód azonosításához a transzkripciós újraprogramozás mögött

A metaRE modulok vázlata, amely megvalósítja a cis-elemek keresésének ötlépéses folyamatát, amely jelentősen összefügg a differenciál gén expresszióval több adatkészleten keresztül. DEG-ek - differenciálisan expresszált gének. A különböző modulok négyzetekkel vannak kiemelve; a p-értékek végleges halmaza zöldre van festve. A módszerekben leírtak szerint az ábrán felsoroljuk a lépéseket.

A metaRE-vel megjósolt cisz-szabályozó elemek szisztematikusan gazdagodtak az Arabidopsis hidegindukált génjeinek szabályozási régióiban. (A) A hexamerek feljegyzése az Arabidopsis thaliana ismert kötőhelyeire a TOMTOM eszköz segítségével [24]. Csak szignifikáns legjobb egyezések (E-érték B) Anotáció részletei bizonyos hexamerekhez, amelyek korai, késői, vagy korai és késői válaszokkal társulnak. A hexamerek legjobb szignifikáns egyezései az ismert kötődési helyekkel, amelyek a hideg stressz hatására a szabályozáshoz kapcsolódnak.