Hosszú, nem kódoló RNS expresszió profilálás elhízási egerekben folsav kiegészítéssel

Biokémiai Tanszék, Fővárosi Gyermekgyógyászati ​​Intézet, 2. út, Yabao,

hosszú

Peking 100020, (Kína)

Kapcsolódó cikkek a következőhöz: "

  • Facebook
  • Twitter
  • LinkedIn
  • Email

Absztrakt

Bevezetés

A közelmúltbeli elhízási járvány jelentősen hozzájárul a metabolikus és a szív- és érrendszeri betegségek növekvő előfordulásához [1]. Számos krónikus gyulladásos betegségben a genetikai és környezeti tényezők elengedhetetlenek az elhízás és az azzal összefüggő betegségek kialakulásához [2, 3]. A folsav (FA) kiegészítés hatékonyan csökkentheti az elhízott gyermekek homocisztein szintjét és inzulinrezisztenciáját, és ennek következtében megelőzheti az elhízással összefüggő szövődményeket, beleértve a szív- és érrendszeri és anyagcserezavarokat [4]. Az FA-val dúsított étel segít csökkenteni a specifikus veleszületett szívhibák (CHD) születési prevalenciáját [5].

Az interferon béta, egy immunmoduláló citokin túlzott expressziója valószínűleg gyengíti a magas zsírtartalmú étrend (HFD) által kiváltott zsírgyulladást és megvédi az állatokat az elhízás kialakulásától [6]. Az eikozapentaénsav (EPA), egy omega-3 zsírsav, javítja a telített zsírnak és gyulladásnak kitett egér vázizomsejtjeinek regenerációs képességét [7]. Ezért az elhízás krónikus alacsony fokú gyulladással jár, és a gyulladásos válaszok káros metabolikus hatásokat válthatnak ki. Elhízás esetén krónikus alacsony fokú gyulladás fordul elő számos szervben, beleértve, de nem kizárólag, a fehér zsírszövetet (WAT), a barna zsírszövetet, a hasnyálmirigyet, a májat, az agyat, az izmokat és a beleket [8] [9].

Ebben a vizsgálatban az lncRNS-ek és mRNS-ek expressziós mintáit a HFDF-del és HFD-vel táplált egerek szívében mutattuk ki és validáltuk kvantitatív reverz transzkripció-polimeráz láncreakcióval (qRT-PCR). A gén-lncRNS ko-expressziós hálózatokat tovább építettük annak érdekében, hogy meghatározzuk a kölcsönhatás mintázatait a gének és a hozzájuk kapcsolódó együttesen expresszált lncRNS-ek között. Eredményeink szerint az FA jelentősen befolyásolhatja az elhízás kardiovaszkuláris működését.

Anyagok és metódusok

Etikai nyilatkozat

C57BL/6 háttérrel rendelkező hím vad típusú (WT) egereket tenyésztettek és tartottak fenn a kínai pekingi Fővárosi Gyermekgyógyászati ​​Intézet állatkísérleti laboratóriumában. A tanulmányt a Fővárosi Gyermekgyógyászati ​​Intézet Etikai Bizottsága hagyta jóvá.

Állati modellek

Tömb hibridizáció előkészítése

Az SBC 4x180K egér lncRNS mikrorayákat egyedi tervezéssel készítettük az Agilent eArray alkalmazásával a gyártó ajánlásai szerint (https://earray.chem.agilent.com/earray). A mikroarray 20 145 mRNS-próbát és 58 952 lncRNS-próbát tartalmazott. Az lncRNS-szekvenciát négy adatbázisból, nevezetesen a GENCODE v21, Ensembl, Noncode v4 és UCSC-ből származtuk. Miután a jelölt cRNS-eket megtisztítottuk, mindegyik tárgylemezt hibridizáltuk és mossuk a gyártó utasításainak megfelelően (Agilent Technologies). A nyers adatokat normalizáltuk kvantilis algoritmussal és limma csomagokkal R-ben. A differenciálisan expresszált lncRNS-eket és mRNS-eket a p-érték és a szeres változás szempontjából azonosítottuk. A kísérleteket és elemzéseket a Shanghai Biotechnology Corporation végezte.

Kvantitatív valós idejű PCR

A teljes RNS-t az egerek szívéből TRIzol-reagenssel (Invitrogen, USA) extraháltuk, majd reverz átírással nagy kapacitású RNS-cDNS készlettel (Invitrogen, USA) írtuk le a gyártó ajánlása szerint. A szignifikánsan eltérő lncRNS-ek és mRNS-ek expresszióját a vizsgálatba bevont összes alanyban valós idejű PCR-rel határoztuk meg SYBR Select Master Mix-el (Invitrogen, USA), és belső kontrollként a GAPDH-t használtuk. A kvantitatív eredményekhez az egyes lncRNS-ek expresszióját 2-ΔΔCt módszerek alkalmazásával hajtottuk végre. Az lncRNS expressziójának HFDF és HFD közötti különbségeit Student t-tesztjével elemeztük. P