Matrix Science

Kabala adatbázis keresés> Súgó> Eredményjelentés áttekintése

A keresés befejezése után megjelenik egy összefoglaló jelentés, amely áttekintést nyújt az eredményekről. Gyakran lehet választani a jelentés formátumát, és minden jelentés tartalmaz linkeket a kísérleti és a kiszámított adatok részletesebb nézeteihez.

Az összefoglaló jelentés típusai

Az alapértelmezett összefoglaló jelentés a peptid tömegű ujjlenyomat-eredményekről a tömör fehérje-összefoglaló. Azok a fehérjék, amelyek megfelelnek ugyanannak a halmaznak vagy a tömegértékek egy halmazának, egyetlen találatba vannak csoportosítva. A szándék egyoldalas összefoglalást nyújt a keresési eredményekről. A formátumvezérlőkkel válthat az eredeti fehérje-összefoglalóra, ahol az egyes fehérje-találatok külön vannak felsorolva, az egyes tömegérték-egyezések részleteivel együtt.

300 spektrumnál kisebb MS/MS keresések esetén az alapértelmezett összefoglaló jelentés a Peptide Summary. Ez világos képet nyújt a peptidegyezésekről, fehérje-találatokra csoportosítva, egyszerű parszimóniás algoritmus segítségével. Ha 300 vagy több spektrum van, az alapértelmezett összefoglaló jelentés a Fehérjecsalád-összefoglaló. Ez egy új hierarchikus klaszterező algoritmus alapján családokba sorolja a fehérjéket, és ezeket az eredményeket egy-egy oldalra mutatja be, kezdetben oldalanként 20 családdal. Ez a jelentés ideális nagyon nagy és összetett MS/MS keresésekhez, ahol nem célszerű az összes eredményt egyetlen HTML oldalon megjeleníteni.

MS/MS eredmények esetén a formátumvezérlőkkel válthat a Select Summary-ra, amely hasonló a Peptide Summary-hoz, de kompaktabb képet nyújt az eredményekről. A Select Summary felosztja a fehérje-találatokhoz rendelt peptid-egyezéseket a nem hozzárendelt peptid-egyezésekből külön jelentésbe. 1000 MS/MS-nél kisebb spektrumú keresések esetén választhat egy fehérje-összefoglalót is, de ezt nem ajánlott megtenni, ha nem egy kombinált keresés eredményeit nézi. Ha a minta keverék, akkor az egyik fehérje-összefoglaló jelentés használata az MS/MS keresési eredmények megtekintéséhez nagyon félrevezető képet adhat.

Ha az MS/MS kereséseket egy házon belüli Mascot szerverre küldi el, akkor lehetősége van Archív jelentés létrehozására is. Ez egyszerűen a Peptide Summary jelentés szerkesztett változata, amely csak az Ön által kiválasztott fehérje találatokat tartalmazza. Ha az MS/MS adatok kereséséből egyáltalán nincsenek peptidszekvencia-egyezések, csak a molekulatömeg egyezik, akkor megjelenik egy Fehérje-összefoglaló jelentés. Ez azt jelzi, hogy a keresés sikertelen volt. Valószínűleg a spektrum nem más, mint zaj, vagy a keresési paraméterek valamilyen módon helytelenek.

Az MS/MS eredmények összefoglaló jelentéseiben, ha az adatbázis nukleinsav volt, és egy vagy több UniGene indexet konfiguráltak a keresett adatbázishoz, akkor lehetőség lesz olyan jelentés készítésére, amelyben a fehérjeegyezések az UniGene családokba vannak csoportosítva.

A jelentésformátumok listájának végső választása mindig a Keresési eredmények exportálása. Ez lehetővé teszi az eredmények sok "géppel olvasható" formátumban történő exportálását, beleértve az mzIdentML-t, a keresési eredmények szabványos csereformátumát.

Fehérje nézet

A találati listán szereplő bejegyzés fehérje nézete az összefoglaló jelentésben szereplő csatlakozási számra kattintva jeleníthető meg.

A fehérjére, az enzimre (ha van ilyen) és az esetleges módosításokra vonatkozó információk az oldal tetején találhatók. Ezt követi a fehérje formázott szekvenciája 1 betűs kódban, illesztett peptidekkel félkövéren, vörös színnel kiemelve.

Ha a szekvencia adatbázis nukleinsav volt, és az egyezések mindegyike egyetlen keretből származott, akkor a jelentés nagyon hasonló lesz a fehérje adatbázis bejegyzéséhez. Ha az egyezések több képkockából származnak, egy képeltolás vagy összekapcsolás miatt, akkor egyszerre csak egy képkocka jelenik meg. A keretek közötti váltáshoz egy legördülő lista használható.

A szekvencia blokkot a peptidegyezések részletes táblázata követi. Enzim emésztéshez választhatja azt is, hogy az összes kiszámított peptid megjelenjen, akár illeszkedik, akár nem, beleértve az összes részarányt is a Missed Cleavages paraméter által megadott határig. Az egyeztetett peptidek félkövéren, piros színnel vannak feltüntetve, a megfelelő peptid nézethez vezető linkkel együtt. Ha nem használtunk enzimet vagy félig specifikus enzimet, ez az opció nem érhető el, és a táblázat csak az egyező peptideket tartalmazza.

Ha az enzim független enzimek keveréke volt, és úgy dönt, hogy a kiszámított peptideket jeleníti meg, akkor ezek egyenként egy enzimkomponensre vonatkoznak. Az enzimek közötti váltáshoz egy legördülő lista használható. A formázott fehérje szekvencia mindig kiemeli az összes mérkőzést.

Az alapértelmezett rendezési sorrend a kezdő maradék sorrend. Kontrollokat biztosítunk a táblázat újbóli megjelenítéséhez a peptid molekulatömegének növelésével vagy csökkentésével rendezve

A grafikon a fehérje egyezésének kiszámított és kísérleti tömegértékei közötti tömegkülönbségeket mutatja ugyanazokban az egységekben, mint amelyeket a peptid tömeghiba toleranciájának meghatározásához használtak. Van egy ábra az egyeztetett tömegértékek halmazának effektív hibájáról is, ppm-ben.

Ha rendelkezésre áll, az oldal alján a sorozat annotációinak teljes szövege reprodukálódik.

Genomikus szekvenciák

Ha az egyezés nagyon hosszú nukleinsavszekvenciára vonatkozik (alapértelmezés szerint meghaladja a 30.000 bázist), akkor a hagyományos Protein View nem praktikus. Ebben az esetben a Mascot automatikusan létrehoz egy DDBJ/EMBL/GenBank formátumú táblázatot. Például:

Alapértelmezés szerint csak a jelentős pontszámokkal egyezik (p http: //local-server/mascot/cgi/master_results.pl? File = ./data/20040121/F001847.dat

A jelentés típusa megváltoztatható a "REPTYPE = protein" hozzáadásával:

A címkék és az értékek nem különböztetik a kis- és nagybetűket. Vegye figyelembe, hogy sok címke aláhúzással kezdődik. Azok az értékek, amelyek nem szó szerinti karakterláncok, dőlt betűvel jelennek meg.

A kvantáláshoz kapcsolódó URL-argumentumokat itt írjuk le