Útmutató a GO alcsoportokhoz

A részhalmazokról

Mik a GO részhalmazok?
  • A GO részhalmazok (más néven GO slims) a GO kivágott változatai, amelyek a kifejezések egy részhalmazát tartalmazzák. Az ontológián belüli címkék adják meg őket, amelyek jelzik, hogy egy adott kifejezés egy adott részhalmaz tagja-e.
Miért lehet hasznos a GO részhalmaz?
  • A GO részhalmazok különösen hasznosak, ha áttekintést nyújtanak az adott klád vagy szervezet genomjában található funkciók és folyamatok köréről. Tekintve az ontológiai tartalom durva szemléletét a konkrét finomszemcsés kifejezések részletezése nélkül, ezek a karcsúságok átfogó képet adhatnak a legfontosabb biológiai funkciókról, amelyek létfontosságúak egy szervezet számára. Például az opszin gének korlátozott száma a poloskákban, vagy a kininek bősége a kullancsokban.
  • A GO részhalmazok a biológia bizonyos területein felmerülő specifikus kutatási igények kielégítésére is hasznosak. Például, ha a kutatót csak a biológia egy bizonyos ága érdekli, esetleg az öregedés vagy a gyümölcs érése, akkor nincs szükségük más ágakból származó kifejezésekre, és kizárólag ezekre a kifejezésekre koncentrálhatnak az ontológia egyik ágában.
  • A GO részhalmazok szintén hasznosak lehetnek a keresések vagy az annotációs műveletek egyszerűsítéséhez. A felhasználó számára bemutatott választások számának csökkentésével általános hatékonyságuk javítható.
Ki hozhat létre részhalmazt?
  • A GO egy olyan általános részhalmazt nyújt, amely, mint maga a GO, nem fajspecifikus, és amelynek a legtöbb célra alkalmasnak kell lennie. Ezen túlmenően a GO konzorcium tagjai számos organizmus-specifikus részhalmazt hoztak létre, és letölthetők az alábbiakban felsoroltak szerint.
  • Alternatív megoldásként a felhasználók és a felhasználói közösségek létrehozhatják saját GO-részhalmazaikat. A GO alcsoportok létrehozásával és beküldésével kapcsolatos további információkért vegye fel a kapcsolatot a GO ügyfélszolgálatával.
Hogyan tartják fenn a GO részhalmazokat?
  • Azoknak a személyeknek a feladata, hogy létrehoztak egy GO részhalmazot, hogy fenntartsák-e vagy sem, ha megismételhetőségi okokból meg akarják tartani. Ha egy GO részhalmaz fejlesztői naprakészen akarják tartani a GO-val, akkor rendszeresen felül kell vizsgálniuk a GO-t új feltételek és egyéb változások tekintetében.

Töltse le a GO részhalmazokat

A GO részhalmazok az ontológia részét képezik, de külön fájlként is letölthetők az ontológia letöltése szakaszban.

teljes útmutató

Kapcsolódó eszközök

Map2Slim opció az OWLTools-ban: Tekintettel egy GO-részhalmazra, egy aktuális ontológiára és specifikus géntermék-asszociációkra a jelenlegi kifejezések pontos fogalmaihoz, a Map2Slim szkript feltérképezi ezeket a kifejezés-asszociációkat a GO-részhalmaz tágabb értelmeihez. Ez a szkript az OWLTools egyik opciója, és fel lehet használni egy új génasszociációs fájl létrehozására, amely ugyanazokat a jegyzeteket tartalmazza, de az alkészlet kifejezésekhez készült; vagy számlálási módban, ebben az esetben az egyes részhalmazokhoz külön géntermékszámot ad. Az OWLTools letöltésével, telepítésével és megvalósításával kapcsolatos háttérinformációk és részletek, valamint a Map2Slim parancsfájl futtatására vonatkozó utasítások elérhetők az OWLTools Wiki oldalról.

Az interneten: Hasonlóképpen van néhány online eszköz, amelyek hasznosak lehetnek. Az első a Princeton karcsúsító eszköz, a második a régi AmiGO karcsúbb. Meg kell jegyezni, hogy az online eszközök gyakran tartalmaznak korlátozásokat és időtúllépéseket.