Monogén elhízás panel

Ideális a monogén elhízás klinikai gyanúja esetén

genetikai

Összegzés

Összegzés

A Blueprint Genetics monogén elhízás panel (KI1701 tesztkód):

ICD kódok

Általában használt ICD-10 kód (ok) a Monogén Obesity Panel megrendelésekor

ICD-10 betegség
E66.9 Monogén elhízás

Mintakövetelmények

  • Vér (min. 1 ml) egy EDTA-csőben
  • Kivont DNS, min. 2 μg TE pufferben vagy azzal egyenértékű anyagban
  • Nyál (lásd az elfogadott nyálkészletek mintakövetelményeit)

Címkézze fel a mintacsőt a beteg nevével, születési dátumával és a mintagyűjtés dátumával.

Nem fogadunk el formalin-fixált paraffinba ágyazott (FFPE) szövetből izolált DNS-mintákat. Ezenkívül, ha a beteget hematológiai rosszindulatú daganat érinti, akkor a nem hematológiai forrásból (például a bőr fibroblasztjaiból) kivont DNS kifejezetten ajánlott.

Felhívjuk figyelmét, hogy ritkán előfordulhat, hogy a mitokondriális genom (mtDNS) variánsai nem mutathatók ki a vérben vagy a nyálban.

Itt olvashat bővebben a minta követelményeiről.

A monogén elhízásról

Az elhízás olyan rendellenes vagy túlzott zsírfelhalmozódás, amely az egészséget veszélyezteti, ami akkor fordul elő, ha a trigliceridek rendellenes mennyiségét adipocitákban tárolják és szabad zsírsavakként szabadítják fel. Az étrendi és életmódbeli tényezők mellett az epigenetikus módosítások szerepet játszanak a zsírfelesleg felhalmozásában. Az elhízás összefüggésben áll a 2-es típusú cukorbetegség, a szív- és érrendszeri betegségek, a rák és a halálozás fokozott kockázatával. Az elhízás és általában a testtömeg örökölhetősége magas. Az elhízás megerősített monogén formáit molekuláris genetikai vizsgálatokkal azonosították. A többnyire adipocitákból származó leptin jóllakottsági hormon veleszületett hiányának azonosítása a rokon családokból származó, rendkívül elhízott gyermekeknél utat nyitott az elhízás első molekuláris genetikai leleteken alapuló farmakológiai terápiájának. A monogén elhízás panel olyan szindrómás állapotokat tartalmaz, mint a Bardet-Biedl-szindróma, a Cohen-szindróma és az Alström-szindróma, ahol az elhízás a komplex fejlődési rendellenességek egyik jellemzője.

Panel tartalma

A monogén elhízás panel génjei és klinikai jelentőségük

Génnel összefüggő fenotípusok Öröklődés ClinVar HGMD
ADCY3 A fejlődés késése, értelmi fogyatékosság, elhízás és diszmorfizmus AR 6.
ALMS1 * Alström szindróma AR 197 302
ARL6 Bardet-Biedl szindróma, Retinitis pigmentosa AR 14 21
BBS1 Bardet-Biedl szindróma AR 66 103.
BBS10 Bardet-Biedl szindróma AR 90 107.
BBS12 Bardet-Biedl szindróma AR 36 58
BBS2 Bardet-Biedl szindróma, Retinitis pigmentosa AR 58 91.
BBS4 Bardet-Biedl szindróma AR 25 53
BBS5 Bardet-Biedl szindróma AR 18. 31
BBS7 Bardet-Biedl szindróma AR 19. 43
BBS9 Bardet-Biedl szindróma AR 27. 52
CEP19 Morbid elhízás és spermatogén kudarc, Bardet-Biedl szindróma AR 2 2
CEP290 * Bardet-Biedl szindróma, Leber veleszületett amaurosis, Joubert szindróma, Senior-Loken szindróma, Meckel szindróma AR 130 289
CPE Elhízás, súlyos és II. Típusú cukorbetegség AR 2
CUL4B Mentális retardáció, szindrómás, Cabezas XL 23 38
DYRK1B Hasi elhízás-metabolikus szindróma HIRDETÉS 2 2
GNAS McCune-Albright-szindróma, progresszív csontos heteroplazia, Pseudohypoparathyreosis, Albright örökletes osteodystrophia HIRDETÉS 64. 274
KSR2 A fejlődés késése, értelmi fogyatékosság, elhízás és diszmorfizmus HIRDETÉS 28.
LEP Leptinhiány AR 5. 20
LEPR # Leptin receptor hiány AR 4 30
MAGEL2 Schaaf-Yang szindróma (Prader-Willi-szerű szindróma) HIRDETÉS 22. 19.
MC3R Elhízás az MC3R hiánya miatt AD/AR 17.
MC4R A fejlődés késése, értelmi fogyatékosság, elhízás és diszmorfizmus HIRDETÉS 37 152
MKKS Bardet-Biedl szindróma, McKusick-Kaufman szindróma AR 21 59
MKS1 Bardet-Biedl szindróma, Meckel szindróma AR 50 52
NR0B2 Elhízás, enyhe, korán kialakuló AD/AR 2 15
NTRK2 Elhízás, hyperphagia és a fejlődés késése HIRDETÉS 4 5.
PCSK1 Proprotein konvertáz 1/3 hiánya AD/AR 5. 37
PHF6 Borjeson-Forssman-Lehmann szindróma XL 22. 29.
PHIP A fejlődés késése, értelmi fogyatékosság, elhízás és diszmorfizmus HIRDETÉS 20 28.
POMC Proopiomelanocortin hiány AR 10. 36
PPARG Inzulinrezisztencia, lipodisztrófia, családi, részleges AD/Digenic (A súlyos diginikus inzulinrezisztencia oka lehet a PPP1R3A és a PPARG digenikus mutációja) 19. 49
SDCCAG8 Bardet-Biedl szindróma, Senior-Loken szindróma AR 14 18.
SH2B1 A fejlődés késése, értelmi fogyatékosság, elhízás és diszmorfizmus HIRDETÉS 1 15
SIM1 6q16 deléciós szindróma, SIM1 hiány miatt kialakuló elhízás, Prader-Willi-szerű szindróma AD/AR 2 44.
TRIM32 Bardet-Biedl szindróma, izomsorvadás, végtag-öv AR 13. 16.
TTC8 Bardet-Biedl szindróma, Retinitis pigmentosa AR 5. 16.
KÁD Retina dystrophia és elhízás AR 1 2
UCP3 Elhízás, súlyos és II. Típusú cukorbetegség AD/AR 2 6.
VPS13B Cohen-szindróma AR 351 203
WDPCP Meckel-Gruber-szindróma, módosító, Bardet-Biedl-szindróma, veleszületett szívhibák, a nyelv hamartómái és a polisyndactylya AR 6. 8.

* A gén egy része vagy egésze megismétlődik a genomban. Olvass tovább.

# A gén nem optimális lefedettségű (20x jelentése térképi minőségi pontszámmal (MQ> 20) olvasható), és/vagy a génnek vannak olyan exonjai, amelyek a Tesztkorlátozások részben vannak felsorolva, és amelyek nem szerepelnek a panelen, mivel nincsenek megfelelően lefedve kiváló minőségű szekvenciával olvassa.

A változók észlelésének érzékenysége korlátozott lehet a csillaggal (*) vagy számjellel (#) jelölt géneknél

A gén a HGNC által jóváhagyott gén szimbólumra utal; Az öröklés olyan öröklési mintákra utal, mint például autoszomális domináns (AD), autoszomális recesszív (AR), mitokondriális (mi), X-kapcsolt (XL), X-kapcsolt domináns (XLD) és X-kapcsolt recesszív (XLR); A ClinVar az ebben az adatbázisban patogénnek vagy valószínűleg patogénnek minősített gén variánsainak számára utal (ClinVar); A HGMD az emberi génmutációs adatbázisban (HGMD) felsorolt ​​gén lehetséges betegség társulásával járó variánsok számára utal. A társított, génspecifikus fenotípusok listáját a CGD vagy a Mitomap adatbázisokból állítják elő.

Nem kódoló variánsok, amelyeket a monogén elhízás panel fed le

Géngenomikus hely HG19 HGVS RefSeq RS-szám
BBS1 Chr11: 66291105 c.951 + 58C> T NM_024649.4
BBS4 Chr15: 73001820 c.77-216delA NM_033028.4 rs113994189
BBS5 Chr2: 170354110 c. 619-27T> G NM_152384.2
CEP290 Chr12: 88462434 c.6012-12T> A NM_025114.3 rs752197734
CEP290 Chr12: 88494960 c.2991 + 1655A> G NM_025114.3 rs281865192
CEP290 Chr12: 88508350 1910-11T> G NM_025114.3
CEP290 Chr12: 88534822 c.103-18_103-13delGCTTTT NM_025114.3
GNAS Chr20: 57478716 c.2242-11A> G NM_080425.2
MC4R Chr18: 58039645 c.-65_-64delTG NM_005912.2 rs1255331292
PHIP Chr6: 79670165 c.3656 + 1242A> T NM_017934.5
POMC Chr2: 25387652 c.-11C> A NM_000939.2 rs753856820
PPARG Chr3: 12421189 c.83-14A> G NM_015869.4 rs371713160

Teszt szilárdsága és korlátai

Teszt erősségei

A teszt erősségei a következők:

  • KAP akkreditált laboratórium
  • CLIA-tanúsítással rendelkező személyzet, aki klinikai vizsgálatokat végez egy CLIA-tanúsított laboratóriumban
  • Erőteljes szekvenálási technológiák, fejlett céldúsítási módszerek és precíziós bioinformatikai csővezetékek biztosítják a kiváló analitikai teljesítményt
  • Klinikailag hatékony és tudományosan igazolt génpanelek gondos felépítése
  • A panelek egy része magában foglalja a teljes mitokondriális genomot (lásd a panel tartalma részt)
  • Nucleus online portálunk átlátható és könnyű hozzáférést biztosít a minőségi és teljesítményadatokhoz a betegek szintjén
  • Nyilvánosan elérhető analitikai validálásunk, amely bemutatja a teszt teljes részletességét

2000 nem kódoló betegséget okozó variáns a panelek klinikai minőségű NGS-vizsgálatában (lásd a panel tartalma című szakaszban a „Nem kódoló betegséget okozó, a panel által lefedett variánsokat” című részt).

  • Szigorú változat-besorolási sémánk
  • Szisztematikus klinikai értelmezési munkafolyamatunk saját szoftver segítségével, amely lehetővé teszi az NGS-adatok pontos és nyomon követhető feldolgozását
  • Átfogó klinikai nyilatkozataink

    • Tesztkorlátozások

    A következő exonok nem szerepelnek a panelen, mivel azokat nem fedik le kellően magas színvonalú szekvenciák: LEPR (NM_001003680: 20). A vizsgálatunkban nem optimális lefedettségű géneket számjellel (#), a géneket pedig részleges vagy teljes génnel, az emberi genom szegmentális duplikációival csillaggal (*) jelöljük, ha átfedik az UCSC pszeudogén régiókat. A gén nem optimális lefedettségűnek tekinthető, ha 20x-os minőségi mutatóval (MQ> 20) olvasható), és/vagy a génnek vannak olyan exonjai, amelyek a Tesztkorlátozások szakaszban vannak felsorolva, és amelyek nem szerepelnek a panelen, mivel nem fedik le őket megfelelően magas színvonalú szekvenciával olvassa. A technológiának korlátozott érzékenysége lehet az ilyen szimbólumokkal jelölt gének variánsainak kimutatására (lásd a fenti panel tartalmi táblázatot).

    Ez a teszt nem fedezi fel a következőket:

    • Komplex inverziók
    • Génkonverziók
    • Kiegyensúlyozott transzlokációk
    • Néhány panel tartalmazza a teljes mitokondriális genomot, de nem az összeset (kérjük, olvassa el a panel tartalma részt)
    • Ismételje meg a tágulási rendellenességeket, hacsak külön nem említik
    • Nem kódoló variánsok, amelyek ± 20 bázispárnál mélyebbek az exon-intron határtól, hacsak másképp nem jelezzük (lásd fent a panel tartalmát/a panel által lefedett nem kódoló variánsokat).

    Ez a teszt nem biztos, hogy megbízhatóan észleli a következőket:

    • Alacsony szintű mozaikosság nukleáris génekben (14,6% -os kisebb allélfrakcióval rendelkező variáns 90% -os valószínűséggel detektálható)
    • A mononukleotid szakaszai ismétlődnek
    • Alacsony heteroplazmia mtDNS-ben (> 90% -ot 5% -os szinten észlelnek)
    • 50 bp-nál nagyobb indelek
    • Egyetlen exon törlése vagy duplikálása
    • Változatok a pszeudogén régiókban/duplikált szegmensek
    • Néhány, az mtDNS-ben előforduló betegséget okozó variáns nem mutatható ki a vérből, így a poszt-mitotikus szövetekre, például vázizomra lehet szükség a molekuláris diagnózis felállításához.

    Ennek a tesztnek az érzékenysége csökkenhet, ha a DNS-t nem a Blueprint Genetics laboratóriumával vonják ki.

    További információkért kérjük, olvassa el a Teszt teljesítmény szakaszát, és olvassa el az analitikai validálásunkat.

    Teszt teljesítmény

    A panelen található géneket gondosan kiválasztották a tudományos irodalom, a mutációs adatbázisok és a tapasztalataink alapján.

    Paneljeinket magas színvonalú, klinikai minőségű NGS vizsgálatunkról osztjuk. Kérjük, olvassa el a szekvenálási és detektálási teljesítménytáblázatunkat, amely részletezi a különböző típusú változások észlelésének képességét (táblázat).

    A vizsgálatokat különböző mintatípusokra validálták, beleértve az EDTA-vért, az izolált DNS-t (kivéve a formalinba rögzített paraffinba ágyazott szöveteket), a nyálat és a száraz vérfoltokat (szűrőkártyák). Ezeket a mintatípusokat azért választottuk ki, hogy maximalizálják a jó minőségű DNS-hozam valószínűségét. A diagnosztikai hozam az alkalmazott vizsgálattól függően változik, utalva az egészségügyi szakemberre, a kórházra és az országra. A plusz elemzés növeli annak valószínűségét, hogy genetikai diagnózist találjon a beteg számára, mivel csak a szekvenciaelemzéssel nem lehet nagy deléciókat és duplikációkat kimutatni. A Blueprint Genetics ’Plus elemzés a szekvenálás és a törlés/duplikálás (másolatszám-variáns (CNV)) elemzés kombinációja.

    A Blueprint Genetics kiváló minőségű, klinikai minőségű NGS szekvenálási vizsgálata panelek számára.

    Szenzitivitás% (TP/(TP + FN) specificitás%
    Egyetlen nukleotid variánsok 99,89% (99 153/99 266) > 99,9999%
    Beillesztések, törlések és indelek szekvenciaelemzéssel
    1-10 bps 99,2% (7 745/7 806) > 99,9999%
    11-50 bps 99,13% (2 524/2 546) > 99,9999%
    Számváltozatok másolása (exon szintű dels/dups)
    1 exonszint törlés (heterozigóta) 100% (20/20) NA
    1 exonszint törlés (homozigóta) 100% (5/5) NA
    1 exonszint deléció (het vagy homo) 100% (25/25) NA
    2-7 exonszint deléció (het vagy homo) 100% (44/44) NA
    1-9 exon szintű duplikáció (het vagy homo) 75% (6/8) NA
    Szimulált CNV detektálás
    5 exon szintű törlés/duplikálás 98,7% 100,00%
    Mikrodeletió/duplikáció sdrs (nagy CNV-k, n = 37)
    Mérettartomány (0,1–47 Mb) 100% (25/25)
    A fent bemutatott teljesítményt a Blueprint Genetics kiváló minőségű, klinikai minőségű NGS szekvenálási assay-vel értékeltük, a következő lefedettségi mutatókkal
    Átlagos szekvenálási mélység 143X
    Nukleotidok> 20x szekvenálási lefedettséggel (%) 99,86%

    A Blueprint Genetics mitokondriális szekvenálási vizsgálatának teljesítménye.

    Érzékenység% specifitás%
    ANALITIKAI ÉRTÉKELÉS (NA minták; n = 4)
    Egyetlen nukleotid variánsok
    Heteroplazmatikus (45-100%) 100,0% (50/50) 100,0%
    Heteroplazmatikus (35-45%) 100,0% (87/87) 100,0%
    Heteroplazmatikus (25-35%) 100,0% (73/73) 100,0%
    Heteroplazmatikus (15-25%) 100,0% (77/77) 100,0%
    Heteroplazmatikus (10-15%) 100,0% (74/74) 100,0%
    Heteroplazmatikus (5-10%) 100,0% (3/3) 100,0%
    Heteroplazmatikus (1000x MQ0 szekvencia lefedettség (%) (klinikai) 100%
    rho nulla sejtvonal (= nincs mtDNS), átlagos szekvenálási mélység 12X

    Bioinformatika és klinikai értelmezés

    Bioinformatika