Határok a mikrobiológiában

Élelmiszer mikrobiológia

Szerkesztette
Javier Carballo

Vigo Egyetem, Spanyolország

Felülvizsgálta
Tarique Hussain

Nukleáris Mezőgazdasági és Biológiai Intézet, Pakisztán

Guuan irányítása

Hunan Mezőgazdasági Egyetem, Kína

A szerkesztő és a lektorok kapcsolatai a legfrissebbek a Loop kutatási profiljukban, és nem feltétlenül tükrözik a felülvizsgálat idején fennálló helyzetüket.

magas

  • Cikk letöltése
    • PDF letöltése
    • ReadCube
    • EPUB
    • XML (NLM)
    • Kiegészítő
      Anyag
  • Exportálás
    • EndNote
    • Referencia menedzser
    • Egyszerű TEXT fájl
    • BibTex
OSZD MEG

Eredeti kutatás CIKK

  • 1 Guangdong tartományi állat-táplálkozás-ellenőrző laboratórium, Állattudományi Főiskola, Dél-Kínai Mezőgazdasági Egyetem, Guangzhou, Kína
  • 2 Állattudományi Főiskola és Nemzeti Sertéstenyésztési Kutatóközpont, Dél-Kínai Mezőgazdasági Egyetem, Guangzhou, Kína

Bioinformatikai elemzés

A nyers szekvenciaadatokat a QIIME (Ver. 1.7.0) szoftvercsomaggal (Campbell és mtsai, 2010) vágtuk, szűrtük, igazítottuk és osztályoztuk. Az alappár leolvasását minden olyan helyen megcsonkítottuk, ahol az átlagos minőségi pontszám 1 volt, és a kimérákat eltávolítottuk, hogy megkapjuk a hatékony címkéket (Edgar et al., 2011). Az operatív taxonómiai egységeket (OTU-k) az átlagos szomszédos algoritmus segítségével csoportosítottuk 97% -os hasonlósággal, az UPARSE (Ver. 7.0.1001) 2 felhasználásával. Ezután az egyes OTU-k reprezentatív szekvenciáit a taxonokhoz rendeltük a QIIME 3 és a Ribosomal Database Project (RDA) osztályozó algoritmus (Cole és mtsai, 2009) alapján, a Silva 4 adatbázis alapján, 80% -os megbízhatósági szinten. Az alfa sokféleséget, például a fajgazdagság becslőt (Chao1 és ACE) és a diverzitás indexeket (Shannon és Simpson) a MOTHUR alkalmazásával számítottuk ki (Schloss et al., 2009). Súlyozatlan Unifrac távolság-alapú fő koordináta-analízist (PCoA), amely OTU-kon alapul, és molekuláris variancia-elemzést (AMOVA) végeztek, hogy áttekintést nyújtsanak a kezelésekre adott mikrobiális válaszról.

Az ebben a cikkben szereplő 16S-szekvencia információkat a GenBank Sequence Read Archive adatbázisban rakták le SRP226668 csatlakozási szám alatt.

Korrelációs elemzés

Korábbi vizsgálatunkban a zsírtípusok jelentősen befolyásolták a növekedési teljesítményt és a tápanyagok hasznosulását (Yang et al., 2018). Az EPO-val táplált sertések száma megnőtt (P 0,5 és P 0,5 és P ∗ P ∗∗ P Kulcsszavak: zsírtípus, bél, mikrobiális közösség, emészthetőség, óvodai sertések

Idézet: Yang F, Zhang S, Tian M, Chen J, Chen F és Guan W (2020) A magas zsírtartalmú étrend különböző forrásai markáns változásokat idéznek elő az óvodai sertések bélmikrobiotájában. Elülső. Microbiol. 11: 859. doi: 10.3389/fmicb.2020.00859

Beérkezett: 2020. február 23.; Elfogadva: 2020. április 09 .;
Publikálva: 2020. május 07.

Javier Carballo, Vigo Egyetem, Spanyolország

Guiping Guan, Hunan Mezőgazdasági Egyetem, Kína
Tarique Hussain, Nukleáris Mezőgazdasági és Biológiai Intézet, Pakisztán

† Ezek a szerzők egyformán járultak hozzá ehhez a munkához