MicroRNS-nómenklatúra

A mikroRNS-ek (miRNS-ek) evolúciósan konzervált kis, nem kódoló RNS-molekulák, amelyek utólag transzkripciós úton szabályozzák a génexpressziót az mRNS-ekhez való bázispárosítással. A legújabb bizonyítékok azt mutatják, hogy a miRNS által közvetített génszabályozás kulcsfontosságú a normális sejtfunkciók szempontjából, és az emberi mRNS-ek akár egyharmada is lehet miRNS-célpont.

A mai napig több mint 150 fajban több tízezer miRNS-t fedeztek fel. Ilyen nagyszámú fehérjét kódoló génnel dolgozva a megfelelő nómenklatúra fontos a gén lokuszok, transzkriptum és termékek megkülönböztetéséhez. Ennek megfelelően van egy speciális nómenklatúra a miRNS-ekre is.

A nómenklatúra szabályai

A szakértők egyetértettek azokban a jellemzőkben, amelyeknek meg kell felelniük ahhoz, hogy egy szekvencia miRNS-nek minősüljön. Ezek közé tartozik egy 22 nukleotidos RNS-molekula kimutatása, az adott molekula azonosítása az RNS-ből meghatározott méretű komplementer DNS-készleten, meghatározott méretű, a molekula filogenetikai konzerválása és egy fontos szabályozó szerepű hajtű jelenléte.

Jellemzően mind a gén lokuszát, mind a miRNS prekurzor miRNS-jét (pre-miRNS) "mir" -nek nevezik, míg az érett miRNS-terméket "miR" -nek nevezik. Amikor a miRNS-ek szekvenciájukat tekintve szoros kapcsolatban állnak egymással, további utótagokat kapnak számok és betűk formájában, hogy megkülönböztessék őket (például mir-33 vagy mir-4990).

Ezenkívül az egyes neveket három, az egyes fajokra jellemző betű előzi meg. Embereknél (Homo sapiens) ezek a betűk "hsa" (pl. Hsa-mir-367), egy közönséges patkány (Rattus norvegicus) esetében "rno" (pl. Rno-mir-1), míg a ggo-mir-155 példa a gorilla miRNS nevére.

A több miRNS evolúcióhoz kapcsolódhat, így az utótagban található szám utáni betű felhasználásával különbséget lehet tenni ugyanazon család több tagja között (pl. Hsa-mir-451a és hsa-mir-451b). Ha két különböző lókusz azonos érett terméket állít elő, akkor a teljes név után további számot adunk meg. Például a ggo-mir-515-1 és a ggo-mir-515-2 ugyanazt a végső mikroRNS-terméket termeli: ggo-miR-515.

Kapcsolódó történetek

A genomi lokuszokra utaló neveket dőlt betűvel kell írni, hogy könnyebben meg lehessen különböztetni az érett szekvenciákat. Az is jó gyakorlat, ha egy címkét adunk a névhez, amely jelzi, hogy az érett szekvencia melyik kettős szálú RNS-ből származik (pl. A dme-miR-1-5p a prekurzor 5 'karjából és a dme -miR-1-3p a prekurzor 3 'karjából).

Néhány kivétel létezik azokról a miRNS-ekről, amelyeket felfedeztek, mielőtt a leírt névrendszer szabványossá vált. Neveiket a korábbi mutációs képernyők, például a lin-4 és a let-7 a Caenorhabditis elegans gömbféreg modellből használják. Az ilyen nem szekvenciális azonosítókat nem szabad az újonnan felfedezett miRNS-eknél használni.

MiRNS-szekvenciák adatbázisa

A miRBase adatbázis (korábban microRNA Registry néven ismert) jelenti a miRNS szekvenciák és annotációk elsődleges online tárházát. A kezdeti cél a konzisztens génnevezéktan és a nukleotidszekvencia fenntartása volt mind a publikált, mind a publikálatlan miRNS-szekvenciák esetében. Ma átfogó hozzáférést biztosít az összes közzétett miRNS-hez.

A növekvő számú kis RNS-szekvenálási erőfeszítés eredményeként az adatbázis 2002-es kezdeti közzététele óta exponenciálisan növekedett. Ezenkívül a tömegesen párhuzamos szekvenálás terén elért technikai fejlődés több miRNS-t, de megbízhatóbb szekvenciát eredményezett annotáció is.

Az adatbázis két alapvetően különböző forrásból származó miRNS-t tartalmaz. A kísérletileg igazolt érett miRNS-eket a felfedezéshez használt kísérleti módszerrel és az elsődleges irodalmi hivatkozásokkal jegyzeteltük. Ebben az adatbázisban olyan szekvenciák is megtalálhatók, amelyek egy rokon organizmusban ellenőrzött miRNS-ek javasolt homológjai. Az új miRNS-gének egyedi neveit a génvadászoknak is megadják az eredmények közzététele előtt.

Források

http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml
http://rnajournal.cshlp.org/content/9/3/277.full
http://nar.oxfordjournals.org/content/34/suppl_1/D140.full
http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fgene.2012.00294/full
http://www.mirbasetracker.org/Database-2014-Van%20Peer-database-bau080.pdf
Enright AJ, Griffiths-Jones S. miRBase: a mikroRNS szekvenciák, célok és nomenklatúra adatbázisa. In: Appasani K. MicroRNS-ek: Az alaptudománytól a betegségbiológiáig. Cambridge University Press, 2008; 157-171.

További irodalom

Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović orvos, Ph.D. orvosbiológiai és egészségtudományi szakember, a klinikai mikrobiológia szakterülete és egy adjunktus Horvátország legfiatalabb egyetemén - az Északi Egyetemen. A klinikai, kutatási és előadási tevékenység iránti érdeklődés mellett az orvosi írás és a tudományos kommunikáció iránti hatalmas szenvedélye hallgatói napjaiba nyúlik vissza. Szívesen visszajár a közösséghez. Szabadidejében Tomislav filmkedvelő és lelkes utazó.

Idézetek

Kérjük, használja a következő formátumok egyikét, hogy idézze ezt a cikket esszéjében, dolgozatában vagy jelentésében:

Meštrović, Tomislav. (2018. augusztus 23.). MicroRNS-nómenklatúra. News-Medical. Letöltése 2020. december 10-én: https://www.news-medical.net/life-sciences/MicroRNA-Nomenclature.aspx.

Meštrović, Tomislav. "MicroRNS-nómenklatúra". News-Medical. 2020. december 10. .

Meštrović, Tomislav. "MicroRNS-nómenklatúra". News-Medical. https://www.news-medical.net/life-sciences/MicroRNA-Nomenclature.aspx. (megtekintés: 2020. december 10.).

Meštrović, Tomislav. 2018. MicroRNS Nómenklatúra. News-Medical, megtekintve 2020. december 10-én, https://www.news-medical.net/life-sciences/MicroRNA-Nomenclature.aspx.

A News-Medical.Net ezt az orvosi információs szolgáltatást a jelen feltételeknek megfelelően nyújtja. Felhívjuk figyelmét, hogy az ezen a weboldalon található orvosi információk célja a beteg és az orvos/orvos közötti kapcsolat és az általuk nyújtott orvosi tanácsadás támogatása, nem pedig annak helyettesítése.

News-Medical.net - AZoNetwork webhely